Борьба этих двух течений и их лидеров кончилась победой Фемистокла, а Аристида в 483 году подвергли остракизму и отправили в изгнание. Возглавив оборону Афин, Фемистокл добился того, что доходы со знаменитых Лаврийских серебряных рудников, распределявшиеся ранее среди граждан Афинского полиса, были направлены на строительство флота. За два следующих года афинский флот увеличился на 100 боевых триер, достигнув 180 единиц. В 481 году по инициативе Афин был образован военно-оборонительный союз греческих полисов, во главе которого встал спартанский главнокомандующий.
Начавшиеся военные действия не позволили Фемистоклу полностью выполнить свою т. н. морскую программу. В 480 году огромная персидская армия, насчитывавшая более 100 тысяч человек и возглавляемая самим персидским царем Ксерксом, переправилась из Малой Азии через пролив Геллеспонт на фракийское побережье Балканского полуострова и двинулась на юг к центру Греции. Чтобы облегчить снабжение армии и разбить греков на море, войска сопровождал большой галерный флот.
Попытка греков во главе со спартанским царем Леонидром сдерживать персов в Фермопильском ущелье, не дав им прорваться в Грецию, закончилась неудачей. Прорыв персов привел к тому, что греческий флот, встретивший персов у мыса Артемизия и вступивший с ними в бой, вынужден был отступить на юг к берегам Аттики.
Очутившись в центральной Греции, персы вторглись в Аттику и в начале сентября 480 года захватили и разрушили Афины. Предвидя такое развитие событий, греческие полководцы незадолго до этого приказали эвакуировать гражданское население Афин на остров Саламин и на Пелопоннес. Туда же отступила и греческая армия. Союзный греческий флот, насчитывавший около 380 триер, укрылся у западного побережья Аттики в узком и извилистом, заполненном подводными камнями Саламинском проливе, разделяющем остров и материк.
Справедливо считая, что греческие сухопутные войска не могут противостоять огромной персидской армии, Фемистокл видел единственное спасение греков в уничтожении персидского флота, который обеспечивал поддержку персидских воинов в Греции и осуществлял связь армии Ксеркса с базами в Малой Азии. Разбить же мощный и многочисленный персидский флот в открытом море у греков не было ни малейших шансов. С большим трудом Фемистоклу удалось убедить спартанского главнокомандующего принять его план действий и отказаться от идеи направить флот на защиту побережья Пелопоннеса и Спарты.
Фемистокл и его сторонники считали, что позиция греческого флота в проливе очень выгодна, и если втянуть персов и их союзников в сражение, шансы на победу греков будут очень высоки. Греки прекрасно знали сложный фарватер пролива, а его узость лишала большие персидские корабли маневра и не давала использовать их численное превосходство.
План и надежды Фемистокла блестяще оправдались. К началу сентября 480 года персидский флот численностью около 800 галер по приказу Ксеркса блокировал греческие корабли в Саламинском проливе. Собственно, это был не персидский, а союзный персам финикийский и малоазийский флот, так как у персов своего военного флота никогда не было. 28 сентября 480 года флот Ксеркса стал входить в пролив, намереваясь окружить и уничтожить греческий флот.
В начавшемся морском сражении небольшие и быстроходные греческие триеры по команде триерархов стали легко маневрировать в знакомой акватории среди больших, тяжелых и неповоротливых финикийских галер, которые быстро загородили друг другу фарватер и сбились в неуправляемую, хаотичную массу, ломая свои собственные длинные весла. Осыпаемые тучей стрел, греки прикрывались бортами триер и щитами и брали корабли противника на абордаж, таранили их борта специальными остроконечными выступами триер, ломали им весла, не давая развернуться в боевой порядок.
В считанные часы греки разбили, потопили и пленили значительную часть финикийско-персидского флота, которым руководил брат Ксеркса Ариомен. По некоторым данным, персы потеряли около 200 кораблей, потери греков составили 40 триер. Оставшимся кораблям персов удалось вырваться в открытое море. Но продолжать сражение они уже не могли и вскоре ушли к берегам Малой Азии. Яркую картину сражения оставил потомкам в поэме «Персы» греческий драматург Эсхил, принимавший участие в этой битве.
Греки победили, но до окончания войны было еще далеко. В одержанной ими победе несомненна огромная заслуга командующего флотом Еврибиада и Фемистокла, которые сумели, используя маневренность греческих кораблей, рассеять и разбить по частям опытный и сильный финикийско-персидский флот. Велико было значение и морального фактора. Греки сражались за свои дома и семьи против агрессора, который оккупировал их страну, надругался над святынями и собирался лишить их столь ценимой эллинами свободы. Эта победа еще сильнее сплотила греков, придав силы для дальнейшего сопротивления, предоставив возможность контролировать и прерывать морские коммуникации персидской армии.