В памяти потомства Аракчеев остался прежде всего как организатор и руководитель военных поселений. Именно здесь его таланты и пороки проявились наиболее ярко. Создание военных поселений было вызвано суровой необходимостью: после войны экономика разоренной страны оказалась в очень тяжелом положении. Бюджет верстался с большим дефицитом. Между тем военные расходы съедали почти половину всех бюджетных поступлений. Тогда у Александра родилась идея поселить часть войск по примеру казачьих полков вдоль западной границы и возложить на них помимо службы земледельческие работы. Такая система должна была значительно сократить государственные расходы на содержание армии. Разработка этого сложного вопроса была поручена Аракчееву. Уже в 1816 г. в Новгородской губернии в военное поселение была обращена целая волость. Тут же были расквартированы батальоны регулярного войска. Солдатам поручили заниматься землепашеством, а мужиков обрили, надели на них мундиры и заставили учиться строевой службе. В последующие годы сеть поселений расширялась. На Украине в поселяне были зачислены 36 батальонов пехоты и 249 эскадронов кавалерии.
На севере числилось 90 батальонов пехоты. Переход к новой организации проходил не без труда. В 1819 г. в Чугуєве среди военных поселенцев вспыхнул бунт, который Аракчееву пришлось усмирять с помощью жестокой порки.
В 1821 г. все военные поселяне были сведены в отдельный подчиненный Аракчееву корпус.
Благодаря энергии и практической хватке Аракчеева фантастический проект Александра был воплощен в жизнь. За десять лет в лесистой и болотистой Новгородской губернии появились ухоженные пахотные поля, пересекаемые ровными шоссе и обсаженные по сторонам подстриженными деревьями. Были воздвигнуты вытянутые в прямую линию длиной от двух до трех верст домасвязи для поселян, здания для штабов, школ, гаупвахт, дома для офицеров, новые церкви и плацы. Аракчеев лично следил за ходом строительства, вникал в каждую мелочь. Все постройки были выполнены основательно и даже с большим художественным вкусом. Однако все это достигалось ценой тяжкого изнурительного труда солдат военно-рабочих батальонов и самих военных поселян, которые с весны до поздней осени корчевали леса, рыли канавы в непроходимых новгородских болотах, проводили дороги, копали ямы, валили лес, подвозили строительные материалы и строили здания. Несмотря на хорошую и сытную пищу (Аракчеев тщательно следил за этим) многие не выдерживали суровой жизни. Смертность в одну десятую между работающими батальонами не считалась большой. Огромное внимание уделил Аракчеев органи зации жизни военных поселенцев. Их служба, быт и хозяйственная деятель ность были детальнейшим образом регламентированы" в определенное время хозяйка дома должна была вставать, топить печь, готовить пищу, выгонять скотину на пастбище, а мужчины — идти в поле, на строительные работы, на военные учения. Было подробно предписано, где какая вещь из домашней утвари должна располагаться. Подробно определялся порядок заключения браков, выкармливания младенцев и воспитания детей. За каждое упущение или невыполнение инструкции следовало наказание.
Путем суровых, а часто и жестоких мер, Аракчееву удалось организовать в военных поселениях безубыточное хозяйство; причем он не только возместил все расходы казны на их учреждение, но и составил значительный прибавочный капитал в 26 миллионов рублей Безжалостный, но рачительный хозяин, Аракчеев не терпел бедности и следил, чтобы все поселяне были обеспечены пахотной землей, сенокосами и скотом. В основной своей массе поселяне были зажиточными людьми (так, в южных районах многие из них имели на двор от 36 до 52 десятин земли, 6–9 лошадей и 12–16 коров). В приказном порядке Аракчеев вводил передовые способы хозяйствования: насаждал многополье, занимался селекцией пород скота и семян, применял удобрения, усовершенствованные плуги, молотилки, веялки, строил промышленные заведения и конские заводы. Для торговых нужд поселений Аракчеев завел в 1819 г. на Волхове первый в России пароход. Повсеместно были учреждены госпитали и школы.
Летом 1825 г. на Аракчеева было возложено еще одно важное поручение — провести следствие в связи с появившимися известиями о тайных обществах.
Однако расследованию помешала личная драма фаворита. В сентябре 1825 г. дворовые люди в Грузине убили Минкину — экономку графа, которая более 25 лет была его любовницей. Аракчеев был настолько потрясен ее смертью, что совершенно забросил все государственные дела. Он вернулся к исполнению своих обязанностей только в начале декабря, после неожиданной кончины Александра I. Следствию так и не был дан надлежащий ход, в связи с чем восстание 14 декабря стало полной неожиданностью для правительства.