Сперанский принялся за проект с присущей ему энергией и ответственностью. Он весь ушел в это дело, отдав ему всю силу своего ума. Рассказывают, что он превратился на время в отшельника, оставляя свой кабинет только для бесед с императором. При подготовке своего Плана Сперанский исходил из новейших политических учений, утвердившихся в XVIII веке. Согласно ему все сословия русского общества должны были быть уравнены в своих правах и перед законом. Крестьяне должны были государственным указом получить личную свободу (но без земли). Система управления в соответствии с принципом разделения властей составлялась из тройного рода учреждений — законодательных, исполнительных и судебных, причем все эти учреждения сверху донизу, с сельской волости до вершины управления, имели земский выборный характер. Во главе всего этого здания должны были стоять три учреждения: законодательное — Государственная дума, состоящая из депутатов всех сословий, исполнительное — министерства, ответственные перед Думой, и судебное — Сенат. Деятельность трех высших учреждений должна была объединяться Государственным советом, состоявшим непосредственно при императоре.
Работа над Планом проходила с исключительной быстротой. Начатый в конце 1808 г. он в конце октября 1809 г. уже лежал готовый на столе императора. По свидетельству биографа Сперанского Корфа, октябрь и ноябрь «прошли в ежедневном почти рассмотрении разных частей этого Плана, в которых государь делал свои поправки и дополнения». Признав проект в целом «полезным и удовлетворительным», он, однако, отказался целиком вводить его в действие, справедливо полагая, что «необходимы сперва разные переходные меры». В первую очередь указом 1 января 1810 г. был обнародован манифест об учреждении Государственного совета, и в тот же день состоялось его открытие. В состав его входили все министры и высшие сановники, назначаемые государем. В задачу этого важного органа (который просуществовал до 1906 г.) входило отныне рассмотрение проектов новых законов по всем отраслям управления, а также обсуждение всех вопросов государственного устройства. Принятие окончательного решения, однако, оставалось за императором.
Для организации деятельности Государственного совета была создана Государственная канцелярия во главе с государственным секретарем, которым был назначен Сперанский. Поскольку все законопроекты первоначально направлялись в эту канцелярию и редактировались там, значение Сперанского в принятии всех государственных решений было очень велико.
За учреждением Государственного совета последовала другая важная мера в области высшего управления — министерская реформа 1810–1811 гг. Министерства, в которые сентябрьским манифестом 1802 г. были преобразованы петровские коллегии, работали весьма непродуктивно. Причина этого, по мнению Сперанского, заключалась в том, что, во-первых, не была точно определена ответственность министров и, во-вторых, не было четкого распределения сфер деятельности между министерствами, так что они постоянно вторгались в дела друг друга. Исправляя эти недостатки, Сперанский подготовил два важных акта, реформирующих их деятельность. В июле 1810 г. был обнародован манифест «О разделении государственных дел по министерствам».
Здесь провозглашались новые принципы разделения высшего управления и строго определялся круг вопросов, передаваемых в ведение каждого министерства. В июле 1811 г. было издано «Общее уложение министерств». Здесь определены были состав и делопроизводство министерств, пределы их власти, ответственность и другие вопросы министерского управления. Оба эти акта по стройности плана, логической последовательности его развития, по своеобразности и точности изложения являли собой образцовые произведения высшего законодательства. После их введения работа министерств и в целом государственного аппарата заметно улучшилась. Сперанский справедливо гордился этой реформой. (Порядок, установленный им, оставался без изменений вплоть до 1917 г.) Помимо сложных вопросов государственной реформы на Сперанского в 1809 г. возложено было решение еще одной сложнейшей задачи — оздоровление финансовой системы, которая после войн 1805–1807 гг. находилась в состоянии глубочайшего расстройства. Впрочем, еще со времен Екатерины II государственный бюджет России всегда был дефицитным — расходы всегда превышали доходы. Дефицит обычно покрывали за счет займов или выпуска бумажных денег. Но такая политика не могла продолжаться бесконечно. Если в 1807 г. расходы превышали доход в бюджете в полтора раза, то к 1810 г. — уже почти в два раза (при 125 млн. руб. дохода и 230 млн. рублей расходов).