В ноябре 1847 г. на собрании польской эмиграции, посвященном очередной годовщине польского восстания 1831 г., Бакунин произнес пламенную речь, направленную против российского самовластия. Она имела огромный успех и была перепечатана в немецких и чешских демократических газетах. В ответ русский посол Киселев потребовал от французского правительства выслать Бакунина из Франции. В декабре Бакунин переехал в Брюссель, но прожил там не долго — в конце февраля 1848 г. во Франции началась революция.
Вскоре пришло известие о свержении короля Луи Филиппа. «Лишь только я узнал, что в Париже дерутся, взяв у знакомого на всякий случай паспорт, отправился обратно во Францию, — писал впоследствии Бакунин. — Но паспорт был не нужен, первое слово, встретившее нас на границе, было: «В Париже объявлена Республика». Месяц, проведенный в Париже, был, по его словам, временем «духовного пьянства». Он вспоминал: «Я вставал в пять, в четыре часа поутру, а ложился в два; был целый день на ногах, участвовал решительно во всех собраниях, сходбищах, клубах, процессиях, прогулках, демонстрациях — одним словом, втягивал в себя всеми чувствами, всеми порами упоительную революционную атмосферу». В статье, опубликованной в это время, Бакунин писал, что революция еще только начинается, а закончится она только тогда, «когда Европа, вся Европа, не исключая и России, превратиться в федеративную демократическую республику». В конце марта Бакунин уехал В.Германию. До июня он прожил в Бреславле, стараясь установить связи с польскими эмигрантами, потом поехал в Прагу на Славянский конгресс и участвовал в восстании, поднятом в чешской столице 12 июня. «Я пробыл в Праге до самой капитуляции, — писал он, — отправляя службу волонтера: ходил с ружьем от одной баррикады к другой, несколько раз стрелял, но был, впрочем, во всем этом деле как гость, не ожидая от него больших результатов».
После капитуляции Праги Бакунин жил то в Бреславле, то в Берлине, то а Котене, то в Лейпциге. Наконец он нашел убежище в Дрездене. Установив связь с чешскими революционерами, он готовил новое пражское восстание.
Однако события в Саксонии смешали его планы. В начале мая 1849 г. в Дрездене вспыхнуло восстание. Саксонский король бежал, в городе было создано временное правительство Бакунин, вспомнив свое офицерское прошлое, возглавил оборону Дрездена. Положение его было не простым — ему приходилось командовать людьми штатскими, плохо подготовленными. Дисциплина была низкой, приказы Бакунина выполнялись медленно или совсем не выполнялись. Тем не менее он проявил поразительную выдержку и хладнокровие, до конца оставаясь на своем посту. В течение двух дней восставшие отражали атаки королевских войск (к которым пришло на помощь несколько прусских полков). 9 мая, видя безнадежность дальнейшего сопротивления, Бакунин вывел повстанцев из города. В тот же день в Хемнице он был арестован.
Бакунина заключили в дрезденскую тюрьму, а потом перевели в крепость Кенигштейн. В ходе следствия было доказано не только активное участие Бакунина в дрезденском восстании, но и его попытка поднять восстание в Праге. В январе 1850 г. он был приговорен к смертной казни. 12 июня саксонский король заменил ее пожизненным заключением, а через два дня Бакунина выдали австрийским властям. Австрийцы заточили его сначала в пражскую тюрьму, а потом, в марте 1851 г., перевели в крепость Ольмюц. Здесь он был помещен в строго изолированной камере и для большей надежности еще прикован цепью к стене. Охрану нес взвод солдат. В течение года суд расследовал обстоятельства подготовки пражского восстания и 14 мая приговорил Бакунина к смертной казни через повешение. Как и в Саксонии, смерть была заменена пожизненным заключением. Впрочем, содержать такого опасного преступника на своей территории австрийцы не собирались. В тот же день его передали российским властям. Бакунина доставили в Петропавловскую крепость и заключили в Алексеевском равелине. Никаких допросов не было.
Только через два месяца шеф жандармов граф Орлов пришел к нему в камеру и передал слова Николая I: «Государь прислал меня к вам и приказал вам сказать: скажи ему, чтоб он написал мне, как духовный сын пишет духовному отцу. Хотите вы написать?» Бакунин согласился и через месяц написал свою известную «Исповедь» (она была обнаружена в архивах и опубликована в 1921 г.). Этот любопытный документ подробно рассказывает о пребывании Бакунина за границей и о мотивах, заставивших его обратиться к революции. «Исповедь» весьма внимательно была прочитана императором и наследником.