Так началось тяжкое и лихое для всей России время, которое вошло в нашу историю под именем опричнины. Царь обосновался в Александровской слободе, во дворце, обнесенном валом и рвом. Никто не смел ни выехать, ни въехать без ведома Ивана: для этого в трех верстах от слободы стояла воинская стража. Иван жил тут в окружении своих любимцев. Любимцы набирали в опричнину дворян и детей боярских, и вместо 1000 человек вскоре появилось их до 6000. Им раздавались поместья и вотчины, которые отнимались у прежних владельцев, долженствующих терпеть разорение и переселяться со своих пепелищ. У них отнимали не только земли, но даже дома и все движимое имущество; случалось, что их в зимнее время высылали пешком на пустые земли. Таких несчастных было более 12 тысяч семейств; многие погибали по дороге. Новые землевладельцы, опираясь на особую милость царя, дозволяли себе всякие наглости и произвол над крестьянами, жившими на их земле, и вскоре привели их в такое нищенское положение, что казалось, будто неприятель посетил эти края. Опричники давали царю особую присягу, которой обязывались не только доносить обо всем, что они услышат дурного о царе, но не иметь никакого дружеского сообщения, не есть и не пить с земскими людьми. Им даже вменялось в долг насиловать, предавать смерти земских людей и грабить их дома. Современники-иноземцы пишут, что символом опричников было изображение собачьей головы и метла в знак того, что они кусаются, как собаки, оберегая царское здравие, и выметают всех лиходеев.
Иван завел у себя в Александровской слободе подобие монастыря, отобрал 300 опричников, надел на них черные рясы сверх вышитых золотом кафтанов, на головы — тафьи или шапочки; сам себя называл игуменом, Вяземского назначил келарем, Малюту Скуратова — пономарем, сам сочинил для братии монашеский устав и сам лично с сыновьями ходил звонить на колокольню. В двенадцать часов ночи все должны были вставать и идти к продолжительной полуночнице. В четыре часа утра ежедневно по царскому звону вся братия собиралась к заутрене к богослужению. Оно длилось до семи часов утра. Сам Грозный так усердно клал поклоны, что у него на лбу образовались шишки. В восемь часов шли к обедне. Вся братия обедала в трапезной. Иван, как игумен, не садился с ними за стол, но читал пред всеми житие святого, а обедал уже после один. Все наедались и напивались досыта. Нередко после обеда Иван ездил пытать и мучить опальных. Современники говорят, что он постоянно дико смеялся, глядя на мучения своих жертв В назначенное время отправлялась вечерня, затем братия собиралась на вечернюю трапезу, отправлялось повечерие, и царь ложился в постель. Итальянец Гваньини передает мрачные слухи, ходившие о разврате царя: говорили, что опричники похищали для него девиц и замужних женщин, и муж должен был еще радоваться, если жену возвращали живой. Рассказывали, что отняв у одного дьяка жену и узнав, что тот воспринял это как обиду, Грозный приказал повесить изнасилованную над порогом его дома. У другого дьяка жена была повешена над его столом.
Летом 1569 г. явился к царю какой-то Петр, родом волынец, и донес, что новгородцы хотят предаться польскому королю, что у них уже написана и грамота об этом и положена в Софийском соборе за образом Богоматери.
Иван отправил в Новгород вместе с волынцем доверенного человека, который действительно отыскал грамоту за образом и привез к царю. Подписи — архиепископа Пимена и других лучших горожан — оказались верными. Говорят, что этот Петр, бродяга, наказанный новгородцами, из желания отомстить им сам сочинил грамоту и необыкновенно искусно подделал подпись архиепископа и других горожан. В Новгороде со страхом ждали кары, все знали, как страшен царь в гневе, но то, что случилось, превзошло все ожидания.
Еще до прибытия Ивана в Новгород приехал его передовой полк. По царскому повелению город тотчас окружили со всех сторон, чтоб никто не мог убежать из него. 6 января, в пятницу, вечером Грозный приехал в Городище с остальным войском и с 1500 московских стрельцов На другой день дано было повеление перебить дубинами до смерти всех игуменов и монахов, которые стояли на правеже, и развести тела их на кладбище, каждого в свой монастырь. 8 января, в воскресенье, царь дал знать, что приедет к Святой Софии к обедне. Отслужив обедню, Грозный со всеми своими людьми пошел в столовую палату, но едва уселся за стол и отведал пищи, как вдруг завопил. Это был условный знак. Опричники схватили архиепископа Пимена и'бросились грабить его владычную казну. Дворецкий Салтыков и царский духовник Евстафий с царскими боярами овладели ризницей церкви Святой Софии, а отсюда отправились по всем монастырям и церквам забирать в пользу царя церковную казну и утварь.