Так начался процесс над «параллельным троцкистским центром».
В сентябре 1936 г. Сталин решил форсировать ход репрессий и выпустил на сцену главного исполнителя своих тайных планов. Ягода был снят с поста наркома внутренних дел и вскоре арестован. Поставленный на его место Ежов провел кровавую чистку органов НКВД, во время которой были арестованы и расстреляны все заместители и ближайшие помощники прежнего наркома.
Одновременно произошло стремительное усиление карательных органов. К 1937 г. НКВД превратился в огромную армию со своими дивизиями и сотнями тысяч работников охраны. В их руках сосредотачивалась огромная власть.
Управленцы НКВД в провинциях становятся абсолютно бесконтрольными.
Прокуроры подписывают чистые бланки, в которые следователи НКВД могут заносить любые фамилии. При всех крупных управлениях НКВД создаются особые «тройки». В них входят: местный руководитель НКВД, местный партийный лидер и местный глава советской власти или прокурор. «Тройки» имели право выносить смертный приговор, не считаясь с нормами судопроизводства. Подсудимый при решении своей судьбы не присутствовал. Как правило, все разбирательство занимало не более десяти минут Под контроль всесильного наркомата попадают все партийные и государственные учреждения. На всех крупных предприятиях, во всех учебных заведениях создаются спецотделы. Гигантская сеть осведомителей охватывает всю страну. Особый отдел НКВД надзирает за всеми органами партии вплоть до ЦК.
В январе 1937 г. состоялся суд над «параллельным троцкистским центром».
Одним из главных обвиняемых на нем был Юрий Пятаков, заместитель наркома промышленности Орджоникидзе. Обвиняемые, как и ожидалось, оговорили себя по всем пунктам и дали показания на многих других партийных лидеров, в том числе на Бухарина и Рыкова. В начале 1937 г. те были сняты со всех постов и арестованы. В мае начались аресты командного состава Красной Армии, принявшие вскоре колоссальный размах. Были сняты с занимаемых постов и расстреляны многие легендарные герои Гражданской войны, в том числе маршалы Тухачевский, Егоров и Блюхер. Вслед за ними репрессировали почти всех командующих военными округами, командующих корпусами и армиями, командующих флотами и флотилиями, многих командиров дивизий и половину всех командиров полков. За два года командный состав армии был фактически полностью обновлен. Последним громким процессом над ленинской когортой большевиков стал суд над Бухариным, Рыковым и их сторонниками, начавшийся в марте 1938 г. (по этому же делу проходил и бывший нарком НКВД Ягода). Все обвиняемые признались в возводимых на них обвинениях и в том же месяце были расстреляны.
Параллельно с этими громкими делами раскручивалось множество других, постепенно вбиравших в свою орбиту все новые и новые жертвы. О невиданном разгуле террора свидетельствует тот факт, что только в Центральной тюрьме НКВД на Лубянке каждый день приводилось в исполнение до 200 смертных приговоров. Тяжелый удар был нанесен по Центральному Комитету ВКП(б).
К началу 1939 г. было расстреляно две трети кандидатов и членов ЦК, избранных XVII съездом. Та же судьба постигла многих ответственных работников аппарата ЦК, Ревизионной комиссии, инструкторов и технических работников центральных партийных учреждений. Была арестована большая часть членов Президиума ЦИК и ВЦИК, разгромлен аппарат Госплана, расстреляны многие наркомы, после чего жесткой чистке подверглись подчиненные им аппараты. Мощная волна репрессий прокатилась по всем областям и республикам. Так, например, в РСФСР было разгромлено до 90 % всех обкомов и облисполкомов партии, а также большинство окружных и районных партийных и советских организаций. Та же судьба постигла руководителей профсоюзов и комсомола. В ходе этой Великой чистки сошла со сцены почти вся «ленинская гвардия». На руководящие посты в государстве и партии выдвинулось полмиллиона новых работников. К примеру, из 333 секретарей обкомов и крайкомов сменилось 293. 90 % новых руководителей были моложе 40 лет.
От внимания Сталина не ушли и лидеры «братских» компартий, которым в его планах отводилась чрезвычайно важная роль. Весь 1937 г. продолжались чистки в Коминтерне: шли бесконечные аресты членов германской, испанской, югославской, венгерской, эстонской и прочих рабочих партии. Были уничтожены руководители компартий Индии, Кореи, Мексики, Турции, Ирана. Из 11 лидеров компартии Монголии остался один Чойбалсан. Из руководителей германской компартии уцелели лишь Пик и Ульбрихт. В результате родился новый Коминтерн, вымуштрованный и абсолютно послушный. По сути он превратился в придаток сталинской бюрократической машины.