Адмиралтейств-коллегия обязала Сибирскую губернскую, Иркутскую и Якутскую канцелярии создать в удобных местах по пути следования отряда Дмитрия Лаптева склады с провиантом и необходимым имуществом. Одновременно коллегия потребовала исполнения предыдущих указов о постановке «маяков» и посылке геодезистов для картографирования берегов.
Обо всех этих решениях Лаптев узнал, когда добрался до Москвы. Но он считал необходимым сообщить Адмиралтейств-коллегий свои соображения по поводу дальнейшего порядка работы отряда и решил все-таки доехать до Петербурга.
Президент Адмиралтейств-коллегий адмирал Н. Ф. Головин согласился с доводами Лаптева. Было принято решение продолжать плавание только в том случае, «ежели надежда к тому морскому походу будет». В противном случае следовало, отправив судно в Якутск или поставив «где способнея», пройти сухим путем до устья Колымы, а затем к Нижне-Колымскому острогу. При выполнении работ надлежало обратить особое внимание на картографирование мыса Святой Нос, бухт, заливов устьев рек. Составленную во время похода обстоятельную карту Лаптев должен был послать из Нижне-Колымского острога в Петербург, в Адмиралтейств-коллегию, а затем отправиться с отрядом на Камчатку через Анадырский острог или иной дорогой по своему усмотрению.
С Камчатки Лаптеву предписывалось пройти морем к устью Колымы на судне, полученном от Беринга. При этом, в случае если бы Лаптев на месте увидел, что удобнее начать плавание от устья Анадыря, Адмиралтейств-коллегия разрешила ему требовать от Беринга присылки судна именно туда.
Берег от Анадыря до Колымы в то время можно было описать только с судна, так как на побережье обитали «неподданные народы, называемые чукчи, которые с имеющимися в подданстве российской державе всегда войну имеют». Лаптеву было приказано ничем не озлоблять чукчей, «показывать им приласкание» и принимать в подданство, «ежели пожелают».
Так как зимовать на побережье, заселенном воинственными чукчами, не представлялось возможным, Лаптеву предписывалось в случае необходимости возвратиться на зимовку в Анадырь и продолжить плавание в следующем году.
В плавании от Анадыря к Колыме Лаптев должен был уделить особое внимание картографированию Чукотского Носа (ныне мыс Дежнева) и острова, расположенного против устья Колымы.
Однако предусмотреть абсолютно все Адмиралтейств-коллегия не могла, поэтому Лаптеву было разрешено в случае необходимости отклоняться от полученных инструкций и поступать так, как он найдет нужным. Одновременно Адмиралтейств-коллегия обязала местные Сибирские власти выполнять все требования Лаптева.
По пути из Петербурга в Якутск у Лаптева созрел один план, о котором он сообщил президенту Адмиралтейств-коллегий в своем письме из Усть-Кута 4 марта 1739 года. Убежденный, что обойти Святой Нос с моря ему не удастся, Лаптев решил провести первую зимовку где-либо к западу от мыса и одновременно послать взятых им из Якутска плотников на реку Индигирку, впадающую в море восточнее Святого Носа. В течение зимы плотники должны были построить судно «на манер шлюпки или бота», на котором можно было бы идти морем до Колымы, а затем и к Камчатке. Вместе с тем Лаптев предполагал обойти Святой Нос во второе лето на боте «Иркутск», который должен был зимовать к западу от этого мыса…
Следовательно, Лаптев предполагал закартографировать в течение двух лет берег от Лены до Колымы, разбив его на два участка — к западу и к востоку от Святого Носа, — имея на каждом участке по одному судну на тот случай, если «Иркутск» не сможет дойти до устья Колымы.
Еще до приезда в Якутск Лаптев распорядился послать матроса Алексея Лошкина с заданием описать берег от устья Лены до Святого Носа. Лошкин по зимнему пути выехал из Якутска на Яну, от устья которой ему предстояло начать картографировать берег. Дойдя до Святого Носа, он должен был вернуться на Яну и продолжать картографировать берег в западном направлении до Лены.
В Якутск еще по зимнему пути был послан геодезист Иван Киндяков, которому поручалось картографирование реки Индигирки от ее верховьев до устья.
Лаптев из-за большого количества груза только в начале марта 1739 года добрался до Усть-Кута. Дождавшись вскрытия Лены, его суда спустились к Якутску.
Приведя в порядок бот «Иркутск», Лаптев 7 июня ушел в плавание. К 5 июля он достиг устья Лены и, пройдя Быковской протокой, вышел в море. Вскоре «Иркутск» бросил якорь в Севастьяновой губе. На море вплотную к берегу стоял лед, и продвигаться дальше было невозможно.