Несмотря на грозные обвинения и контробвинения дипломатов и политиков, никто не хотел, чтобы инцидент вылился в конфронтацию великих держав. Президент Рейган говорил о «преступлении против человечества», но ответные меры США, такие, как просьба к другим странам прекратить на два месяца воздушное сообщение с Советским Союзом, были взвешенными. Одиннадцать западных государств согласились на не столь продолжительные санкции. Смерть невинных мирных граждан — трагедия, но мировое сообщество, казалось, согласно, месть или наказание не должны препятствовать развитию отношений, благодаря которым можно спасти миллионы жизней. Даже опубликование фактов об уничтожении КАЛ-007 не помешало советским и американским представителям в Женеве продолжить активные переговоры о проекте соглашения по ядерным вооружениям. По словам Рейгана, подход США заключался в «демонстрации негодования при продолжении переговоров».
Советская сторона гнула свое: вся эта операция с гражданским «Боингом» организована американскими спецслужбами. В ней приняли участие службы военно-воздушных, военно-морских, наземных и даже космических сил американской разведки. Задавались все те же вопросы: как мог самолет, оснащенный первоклассными средствами навигации, отклониться от трассы более чем на 500 км? Почему экипаж «Боинга-747» не скорректировал курс, когда вышел в зону Камчатки, хотя точно знал, что его маршрут вплоть до Японии проходит над океаном? По какой причине самолет не просто беспомощно блуждал два с половиной часа в воздушном пространстве Советского Союза, а достаточно четко маневрировал, дабы оказаться над наиболее важными стратегическими объектами? Наконец, почему наземные службы, отвечающие за трассу Нью-Йорк — Сеул, не приняли никаких мер, чтобы вернуть машину на давно выверенный, отработанный курс; не оповестили советские власти о якобы «заблудившемся» самолете?
Многие обращали внимание на то, что этот рейс не случайно выполнялся в составе почти удвоенного по числу лиц экипажа, а возглавлял его бывший личный пилот сеульского диктатора полковник южнокорейских ВВС Чон Бен Ин. Вот что писала о нем «Нью-Йорк таймс»: «Командир рейса 007 Чон Бен Ин (45 лет) ушел в отставку с действительной службы в звании полковника ВВС в 1971 году. В следующем, 1972-м, он поступил на службу в южнокорейскую компанию „Кориэн эйрлайнз“. Он опытный пилот, имеющий за плечами 10627 часов полетного времен (из них на „Боинге-747“ — 6618 часов). На тихоокеанской трассе R-20 работал более пяти лет; в 1982 году награжден за безаварийную работу. Иными словами, это ас южнокорейских ВВС. Поэтому просто бессмысленно утверждать, что он чем-то был „отвлечен“ во время полета».
Каждый этап действий самолета-нарушителя безукоризненно совпадал с появлением в данной зоне спутника-шпиона «Феррет-Д». Когда «Боинг» вышел за пределы международного коридора, «Феррет-Д» прослушивал советские радиоэлектронные средства на Чукотке и Камчатке, которые работали в обычном режиме боевого дежурства. На своем следующем витке «Феррет-Д» оказался над Камчаткой в тот самый момент, когда самолет-нарушитель проходил над стратегическими объектами южной части полуострова и фиксировал увеличение интенсивности работы советских радиолокационных средств. А третий виток спутника-шпиона совпал с полетом «Боинга» над Сахалином и позволил ему следить за работой дополнительно включенных средств ПВО на Сахалине и Курильских островах.
Японский журналист Акио Такахаси заметил: «…все то время, что советские истребители-перехватчики преследовали в сахалинском небе самолет-нарушитель, на станциях радиоперехвата ВВС японских сил самообороны в Вакканай и Немуро дежурные диспетчеры не отрывали глаз от экранов радаров. Они получали исчерпывающую информацию о ходе полета южнокорейского „Боинга-747“.
Гигантская система антенн на американской базе Мисава в префектуре Аомори также перехватывала содержание радиосвязи советских истребителей с командным пунктом ПВО. С максимальной загрузкой работали средства радиоперехвата американских ВМС в Камисэтани, в пригороде Иокогамы, которые немедленно направляли полученную информацию в Агентство национальной безопасности (АНБ) США. Туда же отправлялись данные радиоэлектронной разведки, поступавшие от американского самолета RC-135. АНБ в свою очередь ежеминутно докладывало в «ситуационную комнату» в Белом доме о ходе операции с южнокорейским самолетом.