13 августа эсминец военно-морских сил самообороны Японии подобрал плававшие в заливе Сагами обломки вертикального и горизонтального оперения погибшего лайнера. Оказалось, что в полете машина практически полностью лишилась киля и рулей высоты. Просто удивительно, каким образом летчикам удалось продержать неуправляемый самолет в воздухе еще полчаса.
16 августа министерство транспорта Японии сообщило, что, по мнению экспертов, причиной катастрофы явилось разрушение хвостового оперения. Поисковые отряды обнаружили в море по курсу полета самолета крупные части киля и рулей высоты хвостового оперения самолета.
Следователям помогли отрывочные наблюдения одного из четырех оставшихся в живых пассажиров «Боинга» — 12-летней Кэйко Каваками, подтвержденные затем стюардессой Юми Отиаи. После резкого хлопка, раздавшегося в 18.25, девочка, сидевшая, как и вся «счастливая четверка», в хвостовом отсеке, вдруг увидела, как над головой открылась обшивка и в образовавшемся «окне» показались звезды. Версия с разгерметизацией салона из-за повреждения двери багажного отсека, таким образом, не подтвердилась. Если учесть, что с самого начала очевидна непричастность к судьбе авиалайнера внешних сил (столкновение с другим летающим объектом и т.д.), у следователей не оставалось другого выхода, как тщательно просеять грунт на месте падения «Боинга» и скрупулезно воссоздать, насколько это окажется возможным, основные узлы «Боинга». И только в исправности двигателей «Пратт энд Уитни» JT9D-7А никто не сомневался. Главное направление поисков определено: конструктивные неполадки либо технические повреждения корпуса.
Оба «черных ящика» практически не пострадали, и их доставили в Токио для расшифровки. Кроме бортовых самописцев пристальное внимание экспертов привлек задний герметичный шпангоут (гермошпангоут): он представляет собой куполообразную конструкцию из алюминиевого листа и устанавливается в хвостовой части самолета для герметичности салона при полетах на большой высоте. Поскольку он должен выдерживать колоссальное давление наддува, к прочности гермошпангоута предъявляются особые требования. Но деталь, найденная в обломках японского «Боинга», оказалась нестандартной: во-первых, не цельной, а склепанной из двух половинок, а во-вторых, вокруг отверстия под заклепки обнаружены микротрещины усталостного происхождения.
Чтобы ускорить расследование, японская сторона обратилась за помощью к фирме «Боинг» и получила поддержку, что позволило в конечном итоге установить причину гибели лайнера.
Самолет успел налетать более 25 тысяч часов и совершить 18830 посадок. При изучении сервисных формуляров «борта» JA8119 выяснилось, что в июле 1978 года из-за ошибки пилота самолет совершил опасную посадку в аэропорту города Осака: хвост машины ударился о бетонку, и в результате возникших деформаций задний гермошпангоут треснул пополам. Под руководством приглашенных из США инженеров «Боинга» неисправность устранили, и самолет вновь вышел на линии.
Однако во время ремонта механики, вместо того чтобы соединить половинки гермошпангоута двумя рядами заклепок и усиливающей накладкой, решили обойтись всего одним рядом. Под воздействием переменных нагрузок во время цикла «взлет — посадка» металл толщиной 0, 9 см в местах сверления постепенно разрушался и в конце концов не выдержал. Перед последним рейсом самолет прошел профилактический осмотр, но никаких неполадок не обнаружили.
12 августа 1985 года на высоте 24000 футов (7200 м) задний гермошпангоут «Боинга-747» разрушился. Под большим давлением воздух из пассажирского салона со скоростью звука устремился в полости киля и руля высоты, естественно, не рассчитанные на подобные нагрузки. Спустя 15 минут после взлета над заливом Сагами лайнер лишился по меньшей мере двух третей хвостового оперения. Гидросистема полностью вышла из строя, и за 30 секунд огромный, современный, комфортабельный самолет превратился в неуправляемую 300-тонную машину. Версия об ошибке пилотов даже не возникала. Невероятное мастерство экипажа авиакомпании «Джал» заслуживает только восхищения, но «Боинг» оказался обреченным.
Гибель «борта» JA8119 нанесла репутации авиакомпании «Джал» страшный удар. Чтобы избежать повторения трагедии рейса 123, новый президент компании приказал провести проверку всех «Боингов-747SR», принадлежавших «Джал», на предмет усталости металла в наиболее напряженных элементах конструкции. Практически у всех машин этого типа были обнаружены трещины в силовом наборе носовой части фюзеляжа. Федеральное управление авиацией США выпустило директиву, предписывающую провести аналогичную проверку всех 610 «Боингов-747», эксплуатировавшихся 69 авиакомпаниями.