Восточную часть резиденции занимает дворец Ксеркса. По своей архитектуре он похож на дворец Дария, и украшающие его стены изображения слуг, несущих еду, мало чем отличаются от тех, которые изображены на фасаде дворца Дария. При Ксерксе в Персеполе было сооружено также здание гарема, где жили женщины царской семьи.
В 466 году до н. э. в Персеполе был построен Тронный зал (его называют еще Стоколонным залом), который считается одной из самых совершенных построек Персеполя. Он является самым большим после ападаны зданием в Персеполе, его размеры составляют 70x70 м. Потолок зала держался на ста колоннах высотой 20 м. Это здание, вероятно, было начато еще Дарием, хотя надпись на аккадском языке, найденная там, относит его сооружение ко времени правления внука Дария Артаксеркса I. В этом зале располагался дворцовый «музей», где были выставлены наиболее ценные царские сокровища Здесь же происходили царские приемы и пиршества. Как полагают, именно сюда складывали в торжественной обстановке подарки, преподнесенные царю.
У восточной двери в зал изображен восседающий на троне Дарий I, а за ним стоит наследник престола Ксеркс. В правой руке Дарий держит золотой скипетр. У северного входа в Тронный зал изображен царь, борющийся с чудовищем, у которого голова, туловище и передние лапы льва, шея. крылья и задние ноги птицы, а хвост скорпиона. Таких изображений в Персеполе много, и они символизируют борьбу с созданиями Аримана, олицетворявшего зло (в противоположность солнечному божеству Ахура-Мазде, олицетворявшему добро).
Хотя при Артаксерксе I строительство в Персеполе в основном закончилось, сотни мастеров должны были постоянно следить за сохранностью зданий из сырцового кирпича, чтобы стены не обвалились от частых между декабрем и мартом ливневых дождей, предохранять дренажную систему от наносов, а также ухаживать за садами, разбитыми на террасе и в окрестностях. Только при Артаксерксе III в Персеполе был возведен еще один царский дворец.
Несмотря на неслыханную роскошь и поистине царское величие, весь этот гигантский ансамбль оживал только один раз в году: весной, в день празднования иранского Нового года — Навруза, совпадавшего с днем весеннего равноденствия. Все остальное время царь проводил в двух других своих столицах — Сузах или Пасаргадах. Тем пышнее и торжественнее были церемонии, устраивавшиеся в Персеполе, когда 21 марта в этот храм-город прибывал сам царь в сопровождении обширной свиты и десяти тысяч «бессмертных», съезжались все вельможи огромной империи, вожди племен, военачальники и знать, депутации от многочисленных народов, входивших в империю Ахеменидов, — каждая с подарками, символизирующими богатства их стран.
Огромная процессия поднималась на террасу дворца по величественным лестничным маршам к подножию ападаны, и этой процессии вторило такое же ритмичное, торжественное и пышное шествие сотен солдат, вельмож, чиновников, жрецов, представителей различных народов, высеченных на боковых стенах лестницы, на стенах ападаны, на стенах дворца. Ритуалу новогоднего праздника вторили и рельефы персепольских дворцов, на которых запечатлены мифы и обряды древних иранцев: борьба между старым и новым годом, между добром и злом, символизируемая битвой царя с чудовищами, надежды на благополучие в наступающем году, праздничные пиршества…
Александр Македонский, завоевав Персеполь в 330 году до н. э., сжег дотла столицу побежденного Персидского царства. Это произошло во время одного пиршества, «когда он, как говорит Диодор Сицилийский, уже не владел собой». Предание рассказывает, что во время этого пира афинская блудница Таис в неистовстве схватила с алтаря факел и швырнула его между деревянных колонн дворца, а пьяный Александр и его свита последовали ее примеру.
Рассказы древних авторов об этом пожаре подтверждаются и археологическими раскопками, в руинах ападаны, Тронного зала и царской сокровищницы отчетливо видны следы катастрофы — обожженные стены и обугленные остатки различных предметов, а пол Тронного зала покрыт пеплом почти метровой толщины. Это — пепел от кедровых балок, когда-то поддерживавших потолок.
В Средние века остатки Персепольского дворца еще кое-как поддерживались и даже одно время служили резиденцией для местных эмиров, но затем они окончательно пришли в запустение, и среди величественных руин бродили только овцы. Подобно многим другим древним постройкам, дворец Дария служил каменоломней для местных жителей. С каждым десятилетием он разрушался все больше и больше и только в 1931–1934 гг. Эрнст Херцфельд произвел по поручению Восточного института Чикагского университета первое настоящее обследование развалин дворца. Благодаря этому обследованию были приняты эффективные меры к предохранению остатков дворца от дальнейшего разрушения. Сегодня Персеполь является одним из наиболее хорошо изученных древних городов. В настоящее время его раскопки практически завершены, ведутся работы по реставрации и укреплению зданий.