На рубеже IV–III тысячелетий до н. э. в этих местах расселились племена арабов-набатеев, ранее кочевавших по Аравийской пустыне. Племена кочевников, соприкоснувшись с эллинистическо-римским миром, с которым они первоначально находились в конфронтации, проявили исключительные способности к восприятию и переработке культурных достижений античности. У арамейцев они переняли письменность, приспособив ее к своей фонетической системе, и на ее основе создали письмо, которое считается прототипом современного арабского письма. А в окруженной отвесными скалами труднодоступной котловине набатеи основали свою столицу и оттуда постепенно расширяли сферу влияния. В последнем столетии до нашей эры им удалось покорить даже Дамаск и присоединить его к своему царству.
Римляне, пытавшиеся завоевать царство набатеев, вначале потерпели крах. Петра оказалась неприступной. Скавр, знаменитый полководец Помпея испытанный в многочисленных битвах и привыкший к победам, вынужден был снять осаду со столицы набатеев. Но скоро набатеи поняли, что для них целесообразнее пойти на союз с римлянами. Они поддержали своими отрядами Юлия Цезаря при осаде Александрии, но после его смерти Помогали убийцам Цезаря в борьбе против Второго триумвирата. Наконец, они вновь примкнули к господствующей партии, уничтожив в Красном море флот Антония и Клеопатры и тем самым воспрепятствовав их намерению бежать в Индию. В I веке н. э. царство набатеев фактически стало римским протекторатом, а при императоре Траяне оно было полностью завоевано римлянами и присоединено к римской провинции Аравию со столицей в Буере.
Землетрясение 363 года разрушило большую часть столицы набатеев. Постепенно жители покинули ее, и долгое время в Петре не бывал никто, кроме кочевников-бедуинов. В XII веке крестоносцы построили неподалеку от Петры крепость. После победы Салах-ад-дина над христианами ее жители были обращены в ислам.
Открытие Петры связано с именем швейцарского путешественника и исследователя Иоганна Людвига Буркхардта. В 1812 году, переодевшись купцом, так что на первый взгляд его никак нельзя было отличить от паломников-мусульман, он пробирался из Алеппо в Египет через Акабу. Недоверчивым бедуинам швейцарец представлялся как «шейх Ибрагим», паломник, возвращающийся из Иерусалима в Каир. По пути он неожиданно узнал, что знаменитая Петра, легендарный скальный город, который он тщетно разыскивал долгие годы, расположена совсем близко…
Все началось с того, что неподалеку от селения Эль-Карак Буркхардт нашел несколько медных монет. На них по-гречески было написано «Петра». От местных жителей путешественник узнал, что в этих местах часто находят золотые и серебряные монеты. Ювелиры охотно покупают их.
Буркхардту было известно, что Петра располагалась в горном районе, среди высоких скал, до которых трудно добраться. Древние географы — Диодор, Эратосфен, Страбон, Плиний, Птолемей — достаточно точно описывали местоположение города. Но ни по географическим, ни по историческим данным Эль-Карак никак не мог быть древней Петрой. И Буркхардт решил как можно более тщательно исследовать окрестные места — каждое поселение, каждую долину. Огромный город не мог бесследно исчезнуть с лица земли!
Поиски, сопряженные с немалыми трудностями и риском, привели Буркхардта в долину Вади-Муса. Еще в Сирии ему говорили, что в этой долине якобы таятся несметные богатства. Путешественника сопровождал лишь один проводник-бедуин. Верхом они пробирались через абсолютно пустынную местность, минуя заброшенные арабские деревни. В одной из них Буркхардт увидел несколько глыб мрамора, лежащих на дороге. Откуда они здесь?
Продолжая свое путешествие, оба всадника вступили на тропу, с обеих сторон стиснутую отвесными скалами. Ущелье становилось все уже и уже. Наконец расстояние между высокими, более чем стометровой высоты отвесными скалами из красного песчаника сужается до двух метров. Голубое небо виднеется только через узкий просвет. Луч солнца не заглядывает сюда. Ни кустика, ни травинки меж камней.
Примерно через триста шагов ущелье расширилось и вышло к глубокому оврагу, отделявшему тропу от отвесного склона горы. На дне его струился мелководный ручей Вади-Муса. На берегах ручья Буркхардт заметил остатки облицовки. А еще дальше — акведук, перекинутый между скалами, развалины, ниши, выдолбленные в скалах… В некоторых нишах сохранились постаменты для статуй.