В 1798 году Ушаков получил указ выступить с эскадрой на помощь Турции против французов, начавших угрожать владениям султана. 12 августа эскадра направилась к Босфору. Получив гарантии турецкого правительства, Ушаков ввел корабли в пролив. Появление у Буюк?Дере русских кораблей было воспринято в Турции с радостью. Ушаков за быстрое прибытие получил от султана табакерку, украшенную бриллиантами. 28 августа состоялось совещание Ушакова с турецкими официальными лицами: после обмена мнениями было принято решение две трети соединенной русско?турецкой эскадры оставить для блокады Корфу, а треть послать для крейсерства и охранения турецких владений в Архипелаге и Албании. Ушаков намеревался изгнать с Ионических островов и материка французов, чтобы охранить берега от десантов из Анконы; крейсировать от Морей до Родоса для прикрытия Архипелага; выделить отряд для охраны канонерских лодок, направляемых турками к Родосу или в поддержку английской эскадры у Александрии.
Уже в октябре—ноябре русские моряки освободили от французов острова Цериго, Занте, Кефалония, Санта?Мавра. За взятие Цериго Ушаков 28 ноября получил бриллиантовые знаки ордена Святого Александра Невского, за Занте 21 декабря 1798 года был награжден орденом Святого Иоанна Иерусалимского и получил командорство и 2000 рублей. Любопытно, что командующий участвовал во взятии всех островов, от Цериго до Корфу. Посылая вперед отряд, сам он прибывал позднее, в решающий момент. Высокие награды были им заслужены.
Основной задачей явилось взятие Корфу, который являлся ядром Ионических островов. Удобная бухта, прикрытая островом Видо, верфь и крепости делали остров неприступным оплотом и удобной базой для действий против берегов Греции, Италии и Турции. Теперь эту твердыню предстояло атаковать российскому флоту. 12 ноября «Святой Павел» прибыл к острову. Сразу же начались действия по усилению блокады. На берег были высажены отряды, которые во взаимодействии с местными жителями сооружали осадные батареи. Потребовалось несколько месяцев переговоров, дипломатической переписки, прежде чем удалось добиться от союзников?турок поставок продовольствия и отрядов десантных войск. Только в феврале были собраны разосланные корабли. Медлить не приходилось, ибо письма из Италии свидетельствовали: русская помощь там необходима. Войск, конечно, было маловато. Приходилось обучать сухопутным действиям и ружейной стрельбе матросов для десанта. Но батареи были готовы и с 16 февраля вели днем сильный, а вечерами — беспокоящий неприятеля огонь по крепости.
17 февраля Ушаков издал приказ к атаке острова Видо, который он считал ключом к Корфу. Основной ударной силой являлись корабли флота. Замысел состоял в том, чтобы огнем корабельной артиллерии очистить от неприятеля северный берег острова Видо, высадить десант и овладеть всем островом как плацдармом для обстрела крепости. Место высадки избрали вне зоны огня крепостной артиллерии. Для этого были выделены лучшие войска и преимущественно российские корабли. Утром 18 февраля после обстрела с кораблей неприятельские батареи ослабили огонь, и Ушаков приказал везти десант. Около полудня остров был взят, а французы, не успевшие бежать через пролив, сдались. На 19 февраля был намечен штурм Корфу. Но не успели корабли занять места, как на борт «Святого Павла» прибыл адъютант генерала Шабо с предложением о добровольной сдаче гарнизона. 20 февраля подписали акт о капитуляции французских войск на острове. Ионические острова были свободны.
25 марта 1799 года последовал указ о производстве Ф.Ф. Ушакова в адмиралы — «за покорение всех похищенных французами прежде бывших Венецианских островов и взятие последнего из них острова Корфу с крепостями, укреплениями и военными кораблями». Пришли поздравления Г. Нельсона и А.В. Суворова. Неаполитанский король Фердинанд IV прислал флотоводцу ленту ордена Святого Януария, султан Селим — высшую награду «Челенг» (алмазное перо из своей чалмы), соболиную шубу и 1000 червонцев.
Взятием Корфу заботы адмирала не окончились, ибо потребовалось перед отправлением к берегам Италии законодательно оформить дальнейшее существование жителей Ионических островов. На свой страх и риск адмирал решил образовать из Корфу, Занте, Кефалонии, Итаки, Санта?Мавры, Паксоса и Цериго независимую Республику Семи Соединенных островов под покровительством России и Турции. Он же по просьбе островитян подготовил и первую конституцию государства, дававшую широкие права третьему сословию.