Тем временем истек годичный срок командования флотом. Так как законом не допускалось продление этого срока, на смену прибыл Калликратид. Он действовал по?спартански прямо. Поскольку из Спарты стратег денег не привез, а Лисандр вернул остатки полученных от царя средств в Сарды, Калликратид отправился к Киру, но без дипломатического умения ничего не добился. Он поклялся спутникам, что по возвращении в Спарту постарается добиться мира между греками, чтобы им не приходилось обращаться к варварам за помощью друг против друга. Однако осуществить задуманное он не смог.
В морском сражении у Аргинусских островов вблизи Лесбоса афинский флот в 406 году до н. э. нанес поражение спартанскому флоту. 70 афинских триер, направленных под командованием стратега Конона для освобождения от блокады Митилены, столкнулись с 170 триерами Калликратида. Лишившись в сражении 30 судов, Конон укрылся с остальными в гавани Митилены. Он перекрыл вход в порт затопленными судами, на триеры поставил катапульты и баллисты. Спартанцам все же удалось овладеть гаванью, но Конон отступил в малый порт и послал две триеры за помощью. Одна из них прорвала блокаду. Из Афин выслали 150 триер. Калликратид оставил 50 триер для блокады Митиленской бухты, а остальные 120 выстроил в одну линию. Афинские стратеги прибегли к оригинальному построению: центр составили 30 триер в одну линию, а на флангах шли по 60 триер в две линии. Спартанское правое крыло решительно атаковало. Однако корабли, прорывавшиеся через первую линию, истребляли триеры второй. Вскоре после гибели Калликратида было сломлено правое спартанское крыло, а затем и левое. Спартанцы лишились 77 кораблей; уцелевшие отошли к острову Хиос. Афиняне потеряли лишь 25 кораблей.
Последствия блестящей победы афинян оказались неожиданными. Стратеги направились с главными силами к Митилене, оставив отряд судов для спасения моряков и воинов с погибших триер. Из?за бури почти никого спасти не удалось. Народное собрание, в котором главными обвинителями выступили триерархи, не выполнившие приказ стратегов, постановило казнить полководцев. Шестерых казнили, двоим удалось бежать. В результате Афины сами обезглавили свой флот. Это событие способствовало Лисандру, которого по настоянию союзников и персидского царя Кира вернули на флот. Так как по законам Спарты никто не мог быть дважды командующим флотом, назначили Арака, но фактически власть была в руках Лисандра, который в 405 году состоял эпистолеем (помощником наварха).
В отличие от прямолинейного воина Калликратида, Лисандр не стеснялся в политике нарушать собственные обещания, а в бою применял хитрость. Когда стратегу говорили, что потомкам Геракла не подобает хитрить, он отвечал: «Где львиная шкура коротка, там надо подшить лисью».
Кир, пригласив флотоводца в Сарды, дал денег и порекомендовал не вступать в сражение, пока он не приведет корабли из Финикии и Киликии. Он доверил Лисандру управление и сбор податей с городов. Однако тот не мог оставаться в бездействии. Не вступая в сражение с афинским флотом, почти равным его силам, Лисандр овладел несколькими островами, совершил набег на Эгину и Саламин, продемонстрировал пелопоннесскому сухопутному войску у Декелей свой флот, способный идти куда хочет, однако при известии о появлении афинского флота ушел от погони между островами.
Узнав о том, что берега Геллеспонта (Дарданелл) афиняне не охраняют, в 405 году Лисандр повел флот и взял союзный Афинам город Лампсак. Однако к устью пролива подошел афинский флот с 180 боевыми кораблями. Пополнив запас продовольствия, афиняне расположились в устье реки Эсгопотамы. На другой стороне пролива была стоянка спартанцев.
Лисандр избрал своеобразную тактику. До восхода солнца он приказал экипажам расположиться на кораблях, повернутых носами в море. Афиняне сомкнутым боевым строем подошли к спартанцам, вызывая на бой, но воины стояли неподвижно. В течение дня афиняне выманивали противника в море. Спартанцы спокойно ожидали атаки. Только после того как афиняне удалились к стоянке и посланные Лисандром суда удостоверились, что экипажи оставили корабли, полководец разрешил воинам сойти на берег. Так же он действовал и в следующие дни. Афиняне, убежденные в слабости противника, потеряли осторожность. Когда на пятый день они высадились при Эсгопотамах и посланные Лисандром быстроходные суда, подняв на мачту блестящий щит, подали сигнал о том, что все сошли на берег, спартанский полководец спешно направился к месту афинской стоянки. Расстояние в 15 стадиев (менее трех километров) суда прошли быстро.