Пройдя линию фортов, Фаррагут сообщил генералу Батлеру, что он может начинать высадку. 24 апреля моряки отдыхали. Рано утром эскадра продолжила движение вверх по реке, легко преодолела сопротивление батарей из линии обороны Нового Орлеана и вышла к городу, в котором царила паника. Один из недостроенных мониторов, «Миссисипи», пылая, плыл по течению. Второй монитор, «Луизиана», также не был готов, иначе два этих сильных судна могли помешать Фаррагуту. Теперь же он беспрепятственно встал у стен города и послал парламентеров. Горожане отказывались поднять флаг США. Флагман не хотел обстреливать город, но не имел достаточных сил, чтобы занять его десантом. Однако 28 апреля гарнизоны фортов Джексон и Сент?Филипп сдались. Высадив на берег десантный отряд, Фаррагут занял важнейшие пункты Нового Орлеана.
Предприятие Фаррагута придало авторитет Североамериканским Соединенным штатам и отвратило Францию и Англию, бывших на стороне южан, от выступления в их пользу.
4 июня Фаррагут сдал Новый Орлеан генералу Батлеру и, в соответствии с предписанием Морского департамента, направился вверх по реке. Несмотря на то что река обмелела, северяне двигались за неприятельской флотилией с целью взять Виксбург. 18 июня эскадра собралась ниже города, через неделю Портер начал обстрел неприятельских батарей с 17 мортирных судов и 27 июня доложил, что готов прикрывать прорыв. В ночь на 28 июня этот прорыв начался и, несмотря на удачно расположенные неприятельские батареи, завершился успешно. К утру большинство эскадры из 3 фрегатов, 2 корветов и 6 канонерских лодок при поддержке мортирных судов почти без повреждений миновали батареи, артиллеристы которых взяли слишком большое возвышение.
Получив сведения о понижении уровня воды в Миссисипи, Морской департамент дал указание Фаррагуту возвращаться к устью с возможно меньшими потерями. 20 июля моряк выполнил этот приказ и увел эскадру к Новому Орлеану; попутно его корабли истребили броненосный таран южан «Арканзас».
Оставив действия на реке, Фаррагут перевел эскадру в Пенсаколу. Перед уходом из Нового Орлеана он получил приказ от 16 июня 1862 года о производстве его среди трех первых капитанов 1?го ранга в контр?адмиралы и по возрасту оказался первым адмиралом США. За 3 месяца боевых действий эскадра Фаррагута овладела всем побережьем и портами, кроме Мобильской бухты, которую она блокировала.
В кампанию 1863 года адмирал намечал перехватить линию снабжения южан продовольствием из Техаса, однако собирался подняться по Миссисипи в район между Виксбургом и Порт?Хадсоном, где действовала флотилия контр?адмирала Портера, только после получения поддержки армии. В середине марта он во взаимодействии с армией наметил прорыв мимо Порт?Хадсона. Для безопасности судов он их соединил бортами попарно, в сторону неприятельских батарей развернув более сильные. Так как войска задержались, прорываться пришлось без помощи с суши. В ночь на 15 марта флагман с 2 кораблями прошел мимо батарей; остальные корабли пройти не смогли из?за того, что не могли видеть фарватер в густом дыму. Но и с 2 кораблями Фаррагут перерезал снабжение южан провизией через Порт?Хадсон. В апреле он блокировал устье Ред?Ривер, в мае его корабли начали поддержку осады Порт?Хадсона, который пал в июле, как и Виксбург. После этого Фаррагут до конца года вернулся на отдых в Нью?Йорк. «Хартфорд» требовал ремонта, ибо в надводной его части насчитали 240 пробоин.
В кампанию 1864 года целью Фаррагута стал Мобил — важнейший порт Юга после взятого Нового Орлеана. После личной рекогносцировки адмирал брался с одним броненосцем взять порт. Только в июле он получил необходимые мониторы. Тем временем южане перевели через бар броненосец «Теннесси» с нарезными орудиями. То был наиболее серьезный противник при прорыве кораблей с гладкоствольными пушками. Кроме броненосца и 3 канонерок южане защищали проход батареями, между которыми набили сваи и расположили в шахматном порядке 3 ряда ударных мин таким образом, что узкий проход оставался в 90 метрах от форта Морган.
В ходе ночных разведок мины не обнаружили, но, чтобы избежать подводной опасности, Фаррагут решил послать мониторы ближе к батареям. Тем самым возрастала эффективность их действий против береговых орудий. Деревянные суда, как и ранее, должны были идти попарно. Южане расположили свои суда так, чтобы обстреливать линию мин.
8 июля на совещании с генералами Фаррагут настоял, чтобы десант был первоначально высажен на остров Дофин, где стоял форт Гейне. Но только в ночь на 5 августа, когда пришли последние корабли, была предпринята атака. Фаррагут собирался идти первым, но его уговорили расположиться на втором в строю фрегате. Потому, когда командир головного монитора «Текумсе» решительно направился для таранного удара на «Теннесси» не по указанному пути и подорвался на мине, все корабли, начиная с головного «Бруклина», пришли в замешательство под огнем неприятельских орудий. Чтобы успокоить моряков, адмирал, наблюдавший сражение с мачты «Хартфорда», направил фрегат через проход; более взрывов мин не было, хотя моряки и слышали, как они ударяют о корпус. Позднее Фаррагут говорил, что если бы часть кораблей погибла, уцелевшие должны были выполнить задачу.