Адмирал настойчиво проводил идею концентрации морских сил против Германии. Ко времени назначения Фишера первым лордом адмиралтейства морские силы Великобритании подразделялись на 9 флотов или эскадр. Концентрации сил соответствовало создание Атлантического флота за счет сокращения числа кораблей на Тихом океане, где существовал союз с Японией, и на Средиземном море после образования Антанты. Флот на Тихом океане был ликвидирован. За Южную Атлантику и Североафриканские воды отвечал Западный флот, базировавшийся на мысе Доброй Надежды. Восточный флот с базой в Сингапуре контролировал пространства восточнее Суэца и включал Австралийскую, Китайскую и Ост?Индскую станции. После инцидента с русской эскадрой у Доггер?банки Фишер концентрировал лучшие корабли в Европе. Был создан флот Ла?Манша, сменивший флот Метрополии. Затем организовали Атлантический флот с базированием на Гибралтаре, который должен был служить стратегическим резервом для Средиземноморского флота и флота Ла?Манша. В водах Северной Америки и Вест?Индии оставалась эскадра крейсеров, которая в случае войны должна была присоединиться к Флоту Ла?Манша либо Средиземноморскому. В результате большинство крупных боевых кораблей сосредоточились против Германии. Число броненосцев и броненосных крейсеров в портах Англии за 1902–1907 годы выросло с 19 до 64.
В 1910 году близилась к концу техническая революция на флоте. Следовало совершенствовать по?научному и ведение боевых действий. На пороге стояла необходимость создания морского генерального штаба, за что ратовали молодые офицеры. Один из них, Герберт Ричмонд, так характеризовал Фишера: «Он высказался о войне лишь в общем, утверждая, что она должна быть жестокой, что врага надо бить сильно и часто, и много других афоризмов, все это не так уж трудно было сформулировать. Но логическая и научная система войны была совершенно другим делом». Критически относился к подготовленности адмирала в управлении флотом в военное время и Д. Битти, тогда командовавший кораблем — его правоту подтверждали неудачные маневры.
Разумеется, первый морской лорд занимался вопросами стратегии. По его заданию в 1906–1908 годах был подготовлен стратегический план, который определял политику адмиралтейства до 1911 года. Отказываясь от «континентальной стратегии», авторы плана основой считали дальнюю морскую блокаду, которой намеревались задушить экономику противника. Второй задачей флота служила защита британских океанских коммуникаций. Фишер полагал, что Германию возможно победить с помощью лишь одних морских операций. Целью боевых действий ставилось не покорение Германии; следовало лишь заставить ее привести политику в соответствие с британскими интересами. Эти разработки подвергались критике и никогда не стали основой плана боевых действий. Фишер думал, что в стратегическом плане подробности не нужны и детали будут разработаны после начала боевых действий. Герберт Ричмонд писал: «Планы адмиралтейства, в моем понимании, являются самой неконкретной и непрофессиональной поделкой, какую я когда?либо видел. Я не могу понять, как они обсуждались и какие идеи были положены в их основу. Самая характерная черта — ослабление сил из?за рассредоточения по всей линии. Главная идея отсутствует вообще, за исключением той, что вражеский флот надо принудить к сражению, что и является главной целью… Фишер, непревзойденный в своем презрении к истории и недоверии к людям, не ищет и не принимает советов». Тем не менее в разработке были правильно изложены принципы использования различных классов кораблей, в том числе новых линейных крейсеров. Дорабатывать планы пришлось уже тем, кто сменил Фишера и его команду.
Фишер испортил отношения с армией, добиваясь преимущественного выделения средств из бюджета морякам. Он являлся противником совместных действий армий Англии и Франции на континенте. Адмирал считал достаточной высадку десанта в Бельгии в случае нарушения ее нейтралитета либо захват с моря Шлезвиг?Гольштейна. Во время перевооружения флота Фишер нажил немало врагов. Считая способ своих действий единственно правильным, он сурово обращался с подчиненными и не считался с их мнением. Когда в 1910 году противоречия внутри командования стали достоянием гласности, Фишеру пришлось уйти в отставку, но ненадолго.
В ходе Агадирского кризиса (февраль 1911 года), когда Ллойд?Джордж заявил, что без Англии нельзя производить передел Марокко, флот оказался не готов к действиям. Более того, и морской министр Маккенна, и первый морской лорд Уилсон выступали противниками переброски войск на континент, считая необходимым тесную блокаду германских портов и захват Гельголанда. Безумный план был отвергнут, и 25 октября 1911 года пост морского министра занял У. Черчилль. Он часто советовался с адмиралом — соратником по политической борьбе. По совету Фишера, в частности, в 1912 году начали перевод военно?морского флота с угля на нефть. Были заложены 5 линейных кораблей типа «Куин Элизабет» с нефтяным отоплением и 15?дюймовой артиллерией, которые многие считали лучшим изобретением в британском флоте. Адмирал давал свои рекомендации по материально?техническому обеспечению флота.