В качестве священника Аввакума причислили к военному отряду, который отправлялся в Даурию на поиски удобных для поселений мест и для возведения там русских крепостей. По рекам Сибири отряд переправлялся на примитивных дощаниках и плоскодонных барках, и потому не раз жизнь людей подвергалась опасности. Трудности пути усугублялись еще и тем, что отряд был недостаточно снабжен продуктами, порой люди умирали с голоду. Нередко «скитаясь по горам и острому каменью, наги и босы, травою и кореньями перебивающиеся, кое-как мучилися. А зимою кости находили от волков пораженных зверей, и что волк не доест, то доедали».
Во главе отряда стоял грубый и жестокий воевода Пашков, и, конечно, у протопопа с ним сразу же начались столкновения. Аввакум открыто выступал против злоупотреблений начальника; восставал против казней, плетей, кнутов и пыток, которым воевода подвергал подчиненных. Скоро протопопу пришлось на себе испытать крутой нрав воеводы. Пашков отнял у него дощаник и заставил всю дорогу идти по берегу. «О горе стало! Горы высокие, дебри непроходимые; утес каменный, яко стена, стоит, и поглядеть — заломя голову!» Но Аввакум не унимался и даже написал «Малое послание» Пашкову по поводу его беззаконий. Воевода приказал солдатам привести непокорного протопопа.
…Взяли меня палачи перед него: он со шпагой стоит, дрожит… Он же рыкнул, яко дикий зверь, и ударил меня по щеке, тоже по другой, и паки в голову, и сбил меня с ног, и, чекан ухватя, лежачего по спине ударил трижды, и, разволокши, по той же спине семьдесят два удара кнутом… Так горько ему, что не говорю: пощади! Ион велел паки бить по бокам… Сковали руки и ноги и бросили в барку. Осень была, дождь на меня шел, всю нощь под капелию лежал.
Так всю дорогу скованного и везли Аввакума. Прибыл отряд Пашкова к Братскому острогу и расположился здесь зимовать. Протопопа посадили в холодную тюрьму, и только в середине ноября воевода распорядился перевести его в теплую избу, но и здесь его продолжали держать как преступника — в оковах и «с собаками». Весной отряд тронулся дальше: оковы с протопопа сняли и даже разрешили соединиться с семьей, но за то заставили вместе с казаками тянуть лямкою суда.
Когда Аввакуму повелели вернуться в Москву, он не сомневался в своей полной победе: если его зовут обратно, значит, «воссияла чистая старая вера, низложен антихрист, спасена от дьявола Россия». Но первые же впечатления, как только Аввакум вступил в европейскую часть России, тяжело упали на его душу Он увидел, что новшества Никона не отменены, а старые книги и старый чин церковный по-прежнему в опале. Тогда зачем его вернули в Москву?
Осмотревшись в столице, протопоп Аввакум сразу же возобновил свою деятельность. Он потребовал у царя восстановить нарушенную церковную старину, отменить «Никоновы затейки», вернуть прежние обряды, освободить тех ревнителей старины, которые томились в заключении. Сначала он ограничивался «бранью с отступниками» в знакомых домах, горячими спорами с Симеоном Полоцким и другими сторонниками новизны. Но когда Аввакум возвысил свой голос, «власти на него, яко козлы, пырскать начали». Правда, и тогда еще лаской и обещаниями пытались склонить протопопа к уступчивости: посылали ему денег, предлагали место царского духовника и справщика на Печатном дворе, лишь бы он прекратил свои проповеди. Но Аввакум решительно отказывался признать церковные нововведения, и тогда его снова отправили в ссылку — город Мезень, где полтора года держали в темном подземелье Пафнутьева монастыря. И все ждали, не образумится ли неистовый протопоп, но он оставался непреклонным.
Собор, собравшийся по делу патриарха Никона, хотел решить вопрос и с раскольниками. Долго убеждали протопопа примириться с церковью: «Вся Палестина, все православные земли крестятся тремя перстами, один ты стоишь на своем упорстве… Так не подобает». Но Аввакум был уже закален долгими годами тяжких испытаний и потому резко отвечал: «Ваше православие пестро от ересей, а моя вера чиста… и прах от ног моих я отрясаю перед вами по писанному; лучше един, творяй волю Божию, нежели тьмы беззаконий».
И тогда непокорного протопопа расстригли и предали его с единомышленниками анафеме. А потом посадили в глубокое подземелье Николо-Угрешского подворья, где он усердно клал земные поклоны перед почерневшей от времени иконой. Из Угрешской тюрьмы протопопа перевели в Боровский монастырь, где он пробыл в заключении год. А потом Аввакума опять повезли на Собор, куда на этот раз прибыли и восточные патриархи. На все увещевания он советовал им заимствовать свет у русской церкви и «впредь приезжать к нам учиться». Когда возмущенные члены Собора (числом 40 человек[27] [«Велико антихристово войско собралося», — замечает протопоп Аввакум]) бросились на протопопа, он закричал им: «Постойте, не бейте! Как же вы, убивши человека, будете совершать богослужение?» После этих слов он отошел к дверям и лег на пол, тем самым выказывав полное пренебрежение к увещеваниям вселенских патриархов.