Начиная войну со Швецией, Петр I прежде всего хотел возвратить России земли «отцов и дедов», отторгнутые во время смут в Московском государстве и уступленные шведам по Столбовскому миру в 1617 году. Поэтому, когда действия отряда Ф.М. Апраксина, посланного в 1702 году против шведов, сопровождались страшными опустошениями деревень на берегах Невы, царю Петру было это «не зело приятно». Более всего царь был недоволен еще и потому, что в инструкции воспрещалось опустошать Ижорские земли. Ф.М. Апраксин, ожидавший высочайшей похвалы, вынужден был оправдываться: на разорение деревень пришлось, мол, пойти, чтобы утеснить неприятеля в подвозе съестных припасов. Но царь все равно остался недоволен, ибо была «развоевана страна», которую Петр I считал русскою.
Когда осенью 1702 года русские взяли штурмом шведскую крепость Нотебург — древний новгородский город Орешек, Петр I был в восторге, что добыли «ключ к морю», и писал по поводу этой победы: «Правда, что зело жесток был сей орех, однакож, слава Богу, счастливо разгрызен». Царь собственноручно прибил крепостной ключ над воротами и объявил, что отныне город будет называться «Шлиссельбург» («Ключ-город») — ключ к Неве. Государь пожаловал А.Д. Меншикова шлиссельбургским, корельским и ингерманландским губернатором, однако эти земли надо было еще завоевать, чтобы титул не был пустым звуком. Нева находилась тогда в руках шведов, но название оказалось пророческим: постепенно путь к морю был добыт, и река на всем протяжении стала принадлежать России.
Правда, природа в этих местах была скудна и негостеприимна: почва бесплодная, повсюду топи да болота, кругом дремучий лес, поселения встречались редко. Но в сопровождении приближенных Петр I отправился осматривать невские берега, чтобы выбрать место для будущей столицы. Он остановил свой выбор на острове Иени-Саари (Заячьем), который располагался в том месте Большой Невы, где она разделяется на Неву и Невку. Весной, когда расцветает и скудная природа севера, березовые рощи Заячьего острова тоже оделись в ярко-зеленый наряд и огласились ликующим пением птиц, а среди молодой травы запестрели первые цветы. Петр I назвал этот остров Люст-Эйланд (Веселый), и на нем заложили Петропавловскую крепость, с которой утвердился Санкт-Петербург.
Хотя считается, что русский царь назвал возводимый город «в свою честь», однако на самом деле все было не совсем так. Город был назван не в честь царя Петра, а в честь Святого Петра — «ангела Петрова». С.П. Заварихин, автор книги о городе времен Петра I, вообще считает, что 16 мая — день основания крепости — еще не день основания города, так как крепость и город — это не одно и то же. До сих пор нет никаких документов, что вместе с крепостью подразумевалось и возведение города, тем более столичного. Зато известно, что идею построить в устье Невы город первым высказал адмирал Ф. Головин. Правда, и он имел в виду возведение небольшого городка для разделения Финляндии и Ливонии (Латвии и Эстонии), а также для хранения военных запасов. Так что о городе речь вообще сначала не шла, так как срочно нужно было строить порт и крепость, а роль города при крепости играл Ниеншанц — Шлотбург.
Правда, рассказывают и так: когда происходила закладка крепости, Петр I вырезал два дерна и положил их крестообразно, сказав при этом: «Здесь быть городу». Потом стал копать ров, который должен был окружать крепость. Народное предание добавляет, что в это время в небе появился орел и стал парить над царем. В ров опустили каменный ящик, духовенство окропило его святой водой, а государь поставил в него золотой ковчег с частицей мощей Святого апостола Андрея. Потом покрыл ящик каменной доской, на которой было написано, когда произошло основание Санкт-Петербурга. Между тем кто-то из царской свиты поймал орла, и царь увидел в этом доброе предзнаменование.
Сначала над возведением крепости работали пленные шведы, солдаты и местные жители, потом сюда стали присылать работников со всех концов России. Работа была очень тяжелой: надо было рубить лес, засыпать болота, очищать землю от хвороста и кустарников, строить дома, прорывать каналы. Работали в любую погоду, нередко под выстрелами неприятеля. Дело велось с таким усердием, что уже к 22 июня 1703 года гвардия и дивизия князя Н.И. Репнина перешли в новозаложенную крепость. 28 июня, накануне дня Святых Петра и Павла, крепость считалась в известном смысле законченной, и с этого времени на письмах Петра Великого появляется пометка: «Изъ Санктпетербурха» или «Изъ Сан-Петербурха», а раньше он надписывал «Изъ Шлотбурха» (или «Шлютербурга»).