Мостиком-переходом минарет соединяется с мечетью Калян, из которой можно попасть внутрь башни и по узкой, крутой лестнице, насчитывающей 105 ступеней, подняться наверх — в ротонду: здесь пред вами откроется прекрасный вид для полного обозрения Бухары. Пять раз в день через 16 арочных просветов неслись отсюда голоса муэдзинов, призывая правоверных на молитву. Однако «Великий минарет» служил и другим целям: в неспокойную пору дозорные день и ночь следили с вершины Каляна за окрестностями, чтобы не пропустить приближение врага. Позднее, в XVIII—XIX веках, минарет был местом публичной казни, с его 46-метровой высоты сбрасывали на мостовую осужденных, поэтому он и заслужил еще одно название — «Башня смерти».
Сама мечеть Калян пережила несколько этапов постройки, но дошедшее до нас здание восходит к 1514 году, когда в Средней Азии правили первые Шейбаниды. Ее называют еще «Джума мечеть» («Пятничная мечеть»), и она является одной из самых грандиозных мечетей Средней Азии. Масштабами своими она почти не уступает соборной мечети в Герате, которая в XV веке перестраивалась по указанию великого узбекского поэта и мецената Алишера Навои.
Мечеть Калян занимает большую площадь (180x130 м) и имеет традиционный двор, окруженный галереями. Вокруг двора располагаются купольные галереи, где 288 куполов покоятся на мощных столбах, а внутри галерей царят полумрак и прохлада. Во время празднеств в бухарской мечети могли одновременно разместиться до 10000 человек.
В XVI—XVII веках Бухара вновь достигла своего былого расцвета, что сказалось и на ее архитектурном облике. Город был коренным образом перестроен, изменилась его планировка, появились ансамбли, которые и определили лицо города, сохранившееся до наших дней. Однако внутри стен старой Бухары всегда была страшная теснота, еще в X веке из-за антисанитарии, нечистот и зловония город называли «отхожим местом страны». Положение усугублялось еще и тем, что многочисленные кладбища, ранее находившиеся за городскими воротами, после возведения в XVI веке новых стен оказались в черте города.
Скученность жилищ в Бухаре достигала невероятных масштабов, и зодчим приходилось проявлять чудеса небывалой изобретательности, сооружая 2—3-этажные каркасные жилища. Например, в старой еврейской махалля жилые дома в несколько этажей представляли собой прижатые друг к другу и сильно вытянутые вверх строения с внутренним двором-колодцем, в который выходили окна: на дне таких колодцев всегда было темно, грязно и душно.
Бухара была разбита на большое число гузаров (кварталов), которые представляли собой исторически сложившуюся административно-бытовую систему города. Жители издавна селились в Бухаре слободами, что нашло свое отражение и в названиях многих гузаров: в Пухтабофон жили лучшие ткачи, Ахтачи — оскопители баранов, коз и телят, Зубда — продавцы пахучих трав, Лойхуракон — едоки глины, Гарибия — безродные и т.д.
Дворец эмира на площади Регистан — это небольшая, но высокая и неприступная крепость с одними воротами. В средние века вход в него шел по пандусу, круто поднимающемуся вверх через башенные ворота и крытый проезд. В одной из стен дворца на недосягаемой высоте виднеется окошечко, в которое эмир показывался народу. Под ним располагался бухарский арсенал — небольшой навес, из-под которого выглядывали пушки.
Рядом с входными воротами висела огромная плеть (камчин) — символ эмирской власти. В верхнем ярусе ворот Арка были установлены вывезенные из Коканда трофейные часы-куранты, которые звонили каждый час. Во время религиозных праздников, отъезда и приезда эмира, а также во время выдачи войскам денег в цитадели играл оркестр.
Внутри цитадели, под самым пандусом, находились помещения страшной «канахоны» — камеры для заключенных. Персидские клопы (кана), которые обитали в этих печально известных камерах, впивались в тела узников, доставляя им жестокие мучения. Под террасой, располагавшейся справа от входа, умерщвляли женщин, обвиненных в прелюбодеянии или в занятиях «самой древней профессией». Несчастных привязывали к доске, которую потом сталкивали вниз: жертвы почти всегда умирали, не достигнув земли. Площадь перед входом в эмирский дворец не раз обагрялась кровью, когда здесь совершались тоже печально знаменитые бухарские казни — вспарывание горла ножом.
Недалеко от эмирского дворца красуются башня и высокий столб — все, что осталось от древнего дворца Тамерлана, так называемого «Белого замка». Предания рассказывают, что с этого столба когда-то бросились вниз 40 придворных, чтобы подхватить бумагу, которую ветер выхватил из рук их повелителя.