Став центром международных ярмарок, Женева начала быстро богатеть, но с началом эпохи Великих географических открытий женевские ярмарки стали приходить в упадок. Старые торговые пути сместились, возникли новые; кроме того, короли католических стран прервали связи с Женевой, которая к XVI веку утвердилась как один из крупнейших религиозных и политических центров, став «протестантским Римом». В это время многие европейские страны были охвачены широким социально-политическим движением, которое было названо Реформацией.
Крупнейшим феодальным собственником являлась католическая церковь, а между тем зарождались уже новые, капиталистические, отношения; поэтому борьба между феодалами и крепнувшей буржуазией обострялась. Однако сокрушение феодализма было невозможно без сокрушения католической церкви, именно против нее и была направлена борьба буржуазии, зачастую принимавшая форму различных учений.
Реформаторское учение еще с XIV века начали распространять в Женеве некоторые из немецких купцов. Потом пришли проповедники из Франции, и первым деятелем Реформации в Женеве был француз Г. Фарель, который организовал в городе первую публичную проповедь. В мае 1636 года народ Женевы заявил о своей готовности жить «в соответствии со святым евангельским законом и словом Божиим, в союзе и преклонении перед правосудием отказаться от месс, идолов и всяких других папских крайностей».
Через два месяца в Женеве появился молодой пикардиец Жан Кальвин, который, не занимая никакого государственного поста, преобразовал государство на теократической основе. Автор «Христианского закона» с этого времени и до самой своей смерти в 1554 году стал фактически духовным и светским правителем Женевы. В 1541 году Генеральный совет Женевы утвердил составленные под его руководством «Церковные установления», ставшие основой деятельности кальвинистской церкви. Ж. Кальвин сделал церковь дешевой и скромной, отменив католическую пышность обрядов, а заодно и некоторые католические праздники, чем увеличил число рабочих дней.
Ж. Кальвин и его ближайшие сподвижники — Г. Фарель и Без — потребовали, чтобы женевцы соблюдали строгие правила поведения: театральные представления и другие общественные развлечения были запрещены, искусство признано фривольным, и его почти на два столетия изгнали из Женевы. Законодательные акты запрещали женевцам излишества в одежде, прическах, украшениях; запрещалось носить дорогие пряжки на поясах, золотые пуговицы, бархатную обувь и шелковые чулки. Ограничивалось даже число блюд на званых обедах, поэтому Вольтер позднее сказал о Женеве как «о городе, в котором никогда не смеются».
Через печатное слово Ж. Кальвин и его сподвижники стремились распространить свое учение по всему миру.[20] Кальвинизм шагнул далеко за пределы маленькой Женевы, которая до XX века была центром протестантизма в Европе. В дальнейшем ему уже не удалось сохранить в Женеве своих позиций: даже от знаменитой Духовной академии Ж. Кальвина в Женевском университете сохранился лишь небольшой факультет теологии. Однако Реформация сделала большое дело, утвердив за Женевой репутацию города международного значения, чему способствовал целый ряд обстоятельств.
В 1815 году Венский конгресс европейских держав объявил Швейцарию «вечно нейтральной страной». А на нейтральной территории удобнее собираться представителям разных стран и обсуждать спорные вопросы. Рассказывают, что во время работы Венского конгресса один из дипломатов в раздражении, что неприметной Женеве отведено столько места в переговорах о судьбах мира после разгрома Наполеона, заметил: «Но ведь ваша Женева — это не более чем песчинка». На что граф Каподистирия ответил. «Вы ошибаетесь: Женева — не песчинка. Это зернышко мускуса, которое наполняет своим ароматом всю Европу». А Ш.М. Талейран, один из самых искусных французских дипломатов, сказал: «Есть пять континентов: Европа, Азия, Америка, Африка и Женева».
С этого времени Женева становится местом проведения международных встреч. В 1830 году в городе было создано Общество мира, проводившее международные конкурсы сочинений на темы, как установить среди всех стран всеобщий и длительный мир. Общество стремилось организовать еще арбитражный суд и наделить его более обширными, чем у правительств, полномочиями, чтобы он мог регулировать все международные конфликты. Это сбылось только через 90 лет, когда была создана Лига наций. Но с началом Второй мировой войны Лига наций как-то незаметно прекратила свое существование, и в международной Женеве стало необыкновенно тихо. Из всех международных организаций в годы войны действовало только общество Красного Креста, созданное еще в 1864 году.