После получения высшего образования Айзенк вернулся в Германию, где очень интересовался проводимыми в то время генетическими опытами фашистов Молодой ученый и сам провел несколько исследований человеческого мозга, пытаясь определить наличие зависимости между размерами мозга и интеллектом личности.
Вскоре Айзенк эмигрировал в Англию, где стал читать лекции В это время он выпустил целый ряд статей, посвященных предстоящей человечеству борьбе за выживание, созданию избранных людей и их воспитанию. Темы этих работ явно были навеяны Айзенку идеологией фашизма, в результате в научном мире сложилось весьма определенное отношение к ученому: его взгляды и теории не принимались. В то время он задался мыслью измерить человеческий интеллект и на лекциях демонстрировал огромное количество различных измерительных приборов: градусников, термометров, весов. Часто его слова вызывали смех, Ай-зенка считали если и не безумным, то уж точно очень странным. За страсть измерять все коллеги прозвали его «человек-термометр».
Во время Второй мировой войны Айзенк работал в военном психиатрическом госпитале Милл Хилл, где оказывал психологическую помощь военным, перенесшим тяжелые стрессы и травмы. При этом он продолжал заниматься своими исследованиями, испытывал на пациентах различные тесты, созданные различными психологами XIX в. Он много и усердно работал, однако не мог получить никаких практических результатов. После войны Айзенк продолжал работать в госпитале, благодаря чему получил возможность пробовать на пациентах новые создаваемые им тесты.
Его исследования, а также его активная критика учения Фрейда сделали его популярным. Айзенк пытался объяснить природу интеллекта. Он считал, что уровень интеллекта во многом определяется наследственностью, а развитие его в течение жизни не вносит никаких значительных изменений. Однако Айзенк не мог создать конкретного способа исследовать его. Решающую роль сыграли работы французского психолога А. Бине, случайно попавшиеся на глаза Айзенку. Бине создал серии задач, предназначенные для определения уровня сообразительности детей. На основе результатов этих тестов французское министерство образования организовывало обучение умственно неполноценных детей. Айзенк переработал тесты, созданные французом для детей, применил их ко взрослым и создал свою методику определения коэффициента интеллекта (IQ). Этот метод немедленно завоевал огромную популярность и стал использоваться повсюду. Айзенк много путешествовал, читал лекции по методологии IQ во многих университетах мира. Он стал состоятельным человеком, получил различные ученые звания и степени. В 1946 г. Айзенк стал директором Института психиатрии в Лондоне. Его работы «Измерение личности» (издана в 1947 г.), «Использование психологии и злоупотребления в ней». «Закат и гибель империи Фрейда» завоевали огромную популярность.
Айзенк считал, что при лечении психических расстройств традиционные виды терапии, а в особенности психоанализ практически не эффективны. Он приводил примеры больных, выздоровевших самостоятельно значительно быстрее, нежели при применении психоанализа. Фрейда он считал лишь талантливым писателем, всячески отвергая его научные теории. Сам он приветствовал методику лечения отвращением как наиболее эффективную. По мнению Ай-зенка, детей, которые устраивают истерики, нужно запирать в комнате на 10 мин, для того чтобы все прошло. Пациентам, страдающим психическими заболеваниями различной степени, он прописывал электрошок и психотропные препараты, вызывающие удушье. От нежелания подвергаться такому крайне неприятному лечению больные быстро выздоравливали. Естественно, такие методы вызывали раздражение и возмущение не только психологов, но и общественности в целом. Айзенка упрекали в жестокости и применении фашистских методов при лечении.
В 1971 г. Айзенк опубликовал статью «Раса, интеллект и образование», которая вызвала огромнейший общественный резонанс как в Европе, так и в Америке. В ней он провел мысль о том, что у представителей негроидной расы уровень интеллекта (IQ) на 15 пунктов ниже, чем у европеоидов, и это объясняется особенностями генетического кода.
Естественно, что такие взгляды Айзенка провоцировали различные бурные реакции. Весной 1973 г. в Сорбонне во время чтения лекции он даже был избит. Когда он начал говорить, студенты бросились на него с криками: «Расист! Фашист!» Его сбили с ног, разбили очки. Была вызвана полиция, однако Айзенк не выдвинул против студентов никакого обвинения. Вероятно, тем самым он решил поддержать свою репутацию вольнодумца и скандалиста.