Чтобы не зависеть от других фабрик или мастерских, Прохоров и Резанов при своей фабрике имели не только набивочные станки и красильню, но и подготовительные отделения: отбельную, резную, рисовальню.
В 1803 году, когда стало понятно, что новое дело прочно, Прохоров ликвидировал пивоварню и переехал на Пресню.
В 1810 году Резанов открыл собственную бумагопрядильную фабрику, а в 1812 году компаньоны разделились.
Когда в Москву вошли французы, Василий Иванович отправил своего сына Тимофея в Рязанскую губернию с частью товара, а сам вместе со старшим сыном остался охранять от грабежа и пожара фабрику и имущество.
Раздел фабрики, нашествие французов привели Василия Ивановича чуть ли не к банкротству. Совершенно незнакомый с технической стороной предприятия, он не мог руководить фабрикой. Старший сын его, Иван, имел другую специальность и тоже не мог заниматься этим делом, и поэтому ведение всех дел фабрики было поручено второму сыну Василия Ивановича, Тимофею, которому было тогда всего-то шестнадцать лет.
Несмотря на молодость, Тимофей Васильевич к тому времени уже был знаком с «секретами» составления красок и даже имел некоторый опыт ведения ситценабивного дела.
Ограниченный материально, Тимофей Васильевич вынужден был пойти на поклон к другим купцам. Ему поверили, помогли, и вскоре начали поступать заказы, число которых быстро увеличивалось, одновременно расширялась и фабрика.
Для успеха Трехгорной мануфактуры главным было то, что после нашествия французов все ситценабивные фабрики в Москве были разрушены, и у Прохоровых не осталось конкурентов, а качество товара выделялось как чистотой отделки, так и красотой и оригинальностью рисунка.
Дела на фабрике шли великолепно, за два года производство увеличилось в десять раз, когда в 1815 году после продолжительной болезни умер Василий Иванович, завещав фабрику жене и детям в нераздельную собственность. Дело продолжал Тимофей Васильевич, в торговых делах ему помогал Иван Васильевич. В 1816–1817 годах была открыта ткацкая фабрика для выработки собственных широких тканей. Успех платков, шалей, покрывал и шлафроков был так велик, что Прохоровы вынуждены были существенно снизить производство ситцев и расширять бумаготкацкое дело.
Тимофей Васильевич стремился к знаниям, он много читал, приглашал к себе преподавателей по разным предметам, особенное внимание уделяя химии. Подумал он и о других: в 1816 году Тимофеем Васильевичем была основана фабрично-ремесленная школа. Учебный процесс делился на два этапа: часть дня дети обучались различным специальностям в мастерских, а часть дня проводили в школе, где преподавали Закон Божий, русский язык, арифметику, чистописание, черчение и рисование узоров. Тимофей Васильевич ежедневно посещал школу и следил за тем, как дети относятся к учебе.
К 1820 году Тимофею Васильевичу стали активно помогать младшие братья, Яков и Константин, ставшие специалистами.
Весной 1832 года Тимофей Васильевич отправился в поездку по Германии с целью получить необходимые сведения о технической стороне мануфактурного дела в Европе и по вопросам образования. Он объехал все центры мануфактурного производства. Во время этой поездки он особенное внимание уделял изучению народного образования в Германии и укрепился в мысли посвятить себя делу технического образования в России.
Вернувшись в Россию, Тимофей Васильевич решил отделиться от братьев и заняться своим делом. Для этого он купил дом на Швивой горке, где организовал фабрику-школу. Его деятельность на этом поприще было замечена императором и принесла Тимофею Васильевичу звание мануфактур-советника.
«Для улучшения народной нравственности» Тимофей Васильевич организовал фабричный театр, в котором выступали ученики. Он следил за подготовкой актеров, а Екатерина Никифоровна шила костюмы для них. Продолжателем своего дела он хотел видеть своего единственного сына Александра, но тому помешала крайняя слабость здоровья. А после смерти жены Тимофей Васильевич совсем пал духом.
Руководство предприятием Прохоровых полностью перешло в руки братьев Якова Васильевича, Ивана Васильевича и Константина Васильевича.
Иван Васильевич заведовал ткацким делом, управлял фабричным хозяйством, то есть наблюдал за жизнью рабочих, занимался приобретением топлива, строительных материалов и вообще строительством.
Первый раз Иван Васильевич женился в 1831 году на Евдокии Григорьевне Авариной, подарившей, ему сына Василия. Он вел патриархальный образ жизни и ежегодно посещал святые места: Троице-Сергиеву лавру, Киев, Воронеж. В общении был кроток и миролюбив, боялся всяких общественных выступлений.