Поручив управление Сицилией своей жене Констанции, Генрих загорелся идеей сделать императорскую власть наследственной властью Гогенштауфенов. Но на Вормсском съезде немецкие князья отказались поддержать этот проект.
Тогда император обратил свой взор на Сардинию и другие приморские острова, строил планы нового крестового похода, мечтая покорить Палестину. Но этим планам не суждено было сбыться: Генрих VI в жаркий августовский день 1197 года напился холодной воды из ручья и семь недель спустя умер. Ему было всего 32 года.
Его сын Фридрих II с малых лет научился принимать государственные решения. Чуть ли не с рождения он стал королем Сицилии, а когда ему было 19 лет, немецкие князья пригласили его в Германию. Молодой и приветливый Фридрих смог привлечь к себе немцев и, победив города, верные его противнику Отгону IV, в 1215 году короновался в Ахене.
Фридрих был высокообразованным человеком: он знал греческий, латинский, французский, итальянский, немецкий и арабский языки, но больше всего любил естественные науки и медицину.
Всю жизнь собирая книги, он оставил после себя большую библиотеку. Выступал он как покровитель наук и искусств. Им был основан университет в Неаполе. Он обожал женщин, имел четырех жен и всегда был окружен любовницами. У него даже был собственный гарем с наложницами и одалисками.
При коронации императорской короной Фридрих дал обет папе Гонорию III, что отправится в крестовый поход. Но, занятый наведением порядка в Италии, он все время откладывал выступление.
Города Ломбардии, как при Фридрихе Барбароссе, объединились против императора в Лигу, но теперь они выдвигали требования полной независимости.
Фридрих оказался в затруднительном положении: на него давил папа, торопя с выступлением в крестовый поход, но его волновали восставшие города. В конце концов давление папы оказалось сильнее, и Фридрих послал большое войско в Сирию, вслед которому отправился и сам, но по пути он серьезно заболел и был вынужден остановиться. Раздосадованный новой задержкой, папа Григорий IX, сменивший Гонория III, отлучил Фридриха от церкви.
Воспитанный в Сицилии, Фридрих отличался очень своеобразной религиозностью: он пользовался верой только в случаях, когда ему это было выгодно, поэтому отлучение не сильно его расстроило. Но, обиженный несправедливыми нападками, Фридрих стал поддерживать противников папы, и Григорий вновь произнес отлучение, запретив отправляться в поход, не покаявшись перед церковью. Но Фридрих не обратил на его выпады внимания и в июне 1228 года отправился в Сирию.
Собственных сил для войны с мусульманами у Фридриха было маловато, поэтому он искусно пользовался средствами дипломатии: разжигал усобицы между мусульманами и заключил союз с египетским султаном Алькамилом, который в результате уступил ему Иерусалим. Но даже взятие Иерусалима вызвало неудовольствие у противником Фридриха, которые считали соглашение, заключенное Фридрихом, «ложным миром».
На Святой город был наложен интердикт. Святые отцы ополчились против Фридриха. Они объявили отлучение всем его спутникам, папа напал на города, покорившиеся Фридриху, и мечтал захватить Сицилию.
Вернувшись из Иерусалима, Фридрих счел полезным примириться с папой, но Григорий IX ответил новым отлучением и отправил по всей Европе легатов с грамотой, в которой доказывал, что Фридрих коварно действовал в Палестине.
Немецкие князья сохраняли верность Фридриху, и папа не имел у них успеха. Учтя это, Григорий пошел на уступки, снял с Фридриха отлучение и заключил с ним мир в Сан-Джермано. Фридрих, со своей стороны, обещал не предпринимать похода на Рим и вместе с папой бороться против еретиков.
Помирившись с папой, Фридрих занялся наведением порядка в своих владениях. Причем в Германии он лишь юридически закреплял сложившееся положение вещей, а в Сицилии ломал существовавшую систему, создавая централизованное государство.
Устроив все эти дела, Фридрих обратил свой взор на Ломбардскую лигу. Попытки дипломатическим путем решить конфликт не увенчались успехом, и он в 1237 году выступил против непокорных. 27 ноября в битве при Контенуове он нанес тяжелое поражение войскам Лиги. После этого ему сдались небольшие города, но Милан, Алессандрия, Болонья, Бреши и Пьяченца продолжали сопротивляться. После неудачной осады Бреши Фридрих вынужден был отступить к Кремону, после чего на сторону восставших перешла Венеция, а папа стал открыто поддерживать ломбардцев, в апреле 1239 года снова отлучив Фридриха от церкви.