Чтобы узаконить этого ребенка, папа Александр VI издал две буллы, согласно одной из них отцом этого ребенка был кардинал Чезаре, а согласно другой — папа римский. Когда стало известно о существовании этих булл, по Риму вновь поползли слухи о кровосмесительной связи отца и дочери.
Рождение «римского инфанта» не помешало переговорам о браке Лукреции и неаполитанского принца Альфонса Арагонского, князя Бисельи. После заключения брачного договора и улаживания всех формальностей сыграли свадьбу.
В это же время Чезаре Борджиа надумал избавиться от своего сана и жениться. Консистория, зная его нрав и темперамент, соглашается секуляризировать кардинала. В тот же день Чезаре принял посла короля Франции Людовика XII, предложившего ему герцогство Валенсийское и свою родственницу Шарлотту д'Альбре в невесты.
Брак Чезаре состоялся, но счастье было недолгим. Чтобы собрать полученные доходы, Чезаре отправляется в Иссуден, а затем к французскому двору. Там он в последний раз свиделся с женой, которая была беременна. У них родится дочь Луиза, но Чезаре никогда ее не увидит (может быть, это и к лучшему: девочка родилась некрасивой, с уродливым родимым пятном на лбу).
Итальянских родственников Чезаре (Альфонса и Санчию) совершенно не устраивает то, что он теперь служит французскому королю: Франция постоянно угрожает их родине — Неаполю. Поэтому Санчия находит предлог, чтобы поругаться со свекром, а Альфонс в панике бежит из Рима, оставив там беременную жену.
Чтобы у Лукреции не возникло желания воссоединиться с супругом, папа придумывает почетную миссию: он назначает ее губернатором Сполето и Фолиньо. Эту должность до сих пор занимали только кардиналы или прелаты. Лукреция прилагает усилия, чтобы хорошо управлять городом: для помощи полиции организует корпус конной жандармерии, заставляет Сполето и враждующий с ним город Тернии заключить трехмесячное перемирие, назначает судью, который ведет процессы частных лиц.
В составе французской армии Чезаре захватил герцогство Миланское, что вызывает гордость у папы. Военные успехи Чезаре наводят Александра VI на мысль о разорении крупных баронов, не признающих папскую власть в Романье. Эта акция доверена Чезаре. Не сразу и не легко захватывает герцог Валентинуа земли Романьи. Но он не позволяет своим воинам грабить города, справедливо судит, становясь на защиту своих подданных по любому поводу, чем вызывает любовь и уважение населения.
В Имоле он основал благотворительную организацию «Валентина», цель которой поощрять общественное милосердие. Впоследствии, когда бароны попытаются вернуть свои земли, простой народ станет на защиту своего князя.
Казалось бы, герцог всесилен. В случае смерти папы, который все чаще болеет, он обеспечил себе поддержку у королей Франции и Венеции, но он почуял конкурента в Альфонсе Арагонском, муже своей сестры. Чезаре заказывает его убийство, но покушение не удалось— Альфонс только ранен. В отчаянии Чезаре врывается в комнату, где выздоравливает де Бисельи, и приказывает задушить его. Горе Лукреции безгранично: ей всего 20 лет, и Альфонс был ее первой настоящей любовью.
Строго соблюдая траур, она уединилась в Непи. В Ватикане же траур был весьма призрачным.
После смерти Альфонса Александр и Чезаре начали подыскивать Лукреции нового мужа. Желая расширить влияние Борджиа, они положили глаз на соседнее с Романьей княжество Феррару. Роль жениха отводится наследному принцу Феррарскому Альфонсу д'Эсте. Лукреция настаивает на заключении этого брака, т. к. предчувствует, что он станет ее личным триумфом. Действительно, так и случилось. Даже первоначально враждебно настроенные к ней люди изменили свое отношение. Двор Лукреции становится одним из самых блестящих дворов того времени.
Лукреция руководит светской жизнью, организовывая приемы, праздники и постановки. Вокруг нее собрались такие неординарные личности, как поэты Никколо де Корреджо, Веспассио и Эрколе Строцци, Антонио Тибальдео, философ и поэт Пьетро Бембо.
После смерти старого герцога Лукреция все больше и больше принимает участие в управлении герцогством. Альфонс доверяет ей и защиту города.
В конце своей короткой, но яркой жизни она, государыня и мать семейства, стала набожной, носит власяницу и регулярно посещает церковь. Кроме того, она вступила в ассоциацию мирян при ордене Францисканцев.
Содержание войска Чезаре требовало все больше и больше денег. Чтобы собрать их, папа назначает 10 новых кардиналов, предварительно собрав с них взносы. Вновь назначенный кардинал Корнето пригласил на ужин папу и его сына. Последствия этого ужина не заставили себя ждать: 72-летний папа умер, а Чезаре мучила лихорадка, от которой он вылечился, по преданию, только благодаря ваннам из горячей бычьей крови. Его дворец разграблен, земли захвачены, поддержки больше нет.