Старые противники, Орсини и компания, договорились преследовать Чезаре, «пока его не настигнет смерть».
Чезаре был арестован по тайному приказу папы Юлия II, а затем передан испанской короне и перевезен в Валенсию, где ему предъявила иск в убийстве своего мужа вдова Хуана Гандийского. Процесс длился долго, и за это время Чезаре сумел подготовить и осуществить побег в Наварру к своему шурину, Жану Наваррскому. Отсюда он связывается с родственниками и планирует новый взлет своей карьеры.
Король Жан Наваррский назначил Чезаре главным капитаном своих армий и отправил осаждать крепость Вианы. Однажды ночью во время грозы часовые покинули свои места, а враг не дремал. Лагерь Чезаре был атакован. Борджиа спросонья в одиночку бросился в гущу врага, но силы были неравными. Прах Чезаре Борджиа похоронили в приходской церкви Санта-Мария.
Так в 32 года закончилась жизнь Чезаре Борджиа, убийцы собственного брата и любовника своей сестры. Но при этом он был великим воином, справедливым государем и меценатом. При его дворе состояли: художник Пьетро Торриджани, поэт Пьетро Франческо из Сполето, поэт и музыкант Серафино Чимино, прозванный Божественным Аквиланцем.
Специально для Чезаре Леонардо да Винчи осуществил многие инженерные работы, разработал план Чезенского канала и его выхода в море. Опыт правления Чезаре Борджиа вдохновил Никколо Макиавелли на создание философского трактата «Государь».
В то время как римские Борджиа укрепляли свое положение в свете, их испанские родственники целиком отдались духовной жизни и стали воплощением христианской добродетели.
Вдова герцога Хуана Гандийского, убитого Чезаре, удалилась в монастырь, туда же впоследствии уйдет и их дочь. Пятеро из семерых внуков выбрали церковную карьеру, добившись в этом деле немалых успехов (2 кардинала, аббат, архиепископ и великий магистр военной ордена Святой Марии Монтесы), а две из шести внучек стали аббатисами.
Герцог четвертый Гандийский, более известный сегодня как святой Франциск Борджиа, чей день отмечается католической церковью 3 октября, родился 28 октября 1510 года. Уже в восемь лет он проявил тягу к духовной жизни, чем немало напугал даже свою очень набожную мать.
Так как Франциск должен был унаследовать герцогство, родители позаботились о том, чтобы их сын получил хорошее образование, в том числе и военное (следует особо отметить, что он изучал риторику и философию). В результате такого воспитания Франциск стал великолепным наездником, ловким охотником, победителем турниров. Позже он получил фундаментальные знания в области математики, астрономии и космографии, а также часовой механики.
В 13 лет он был представлен ко двору, внесен в список двадцати грандов первого класса (что позволяло ему не обнажать голову в присутствии короля и беседовать с ним как с близким родственником).
Успехи в свете не радовали юного Франциска, т. к., во-первых, он был чрезвычайно религиозен а, во-вторых, он стыдился любого намека на пороки римского двора, с которым он был связан родственными узами.
При дворе Франциск встретил Элеонору де Кастро, девушку из знатной португальской семьи. Молодые люди полюбили друг друга и, благодаря содействию короля Карла V и королевы Изабеллы, поженились. Этот брак был счастливым, плодовитым и долгим. Элеонора поддерживала мужа и помогала ему во всех начинаниях. Франциск и Элеонора стали близкими друзьями и советчиками королевской четы. Они почти всегда находились рядом со своими повелителями. Так, Франциск сопровождал Карла на войну и проявил себя как храбрый воин в походах на Тунис, Ла Гулетту, Прованс. Во время поездок по провинциям Франциск развлекал королеву мелодиями собственного сочинения, которые позже получили широкую известность и исполнялись в церквях как мотеты.
Результатом усиленных занятий науками и поездок стало крайнее истощение, от чего Франциск на время потерял голос. И в это же время умерли его бабка и брат Родриго, а немного позже — королева Изабелла.
Все эти события заставили Франциска задуматься о бренности существования, и он принял решение: никогда не служить господину, которого заберет смерть. Франциск в стремлении претворить в жизнь свой план отдаться служению Богу попросил короля отпустить его в Гандию, но Карл и слышать об этом не захотел, назначив вице-канцлером и главным капитаном Каталонии.
Новый губернатор Каталонии остался тверд в своем решении. Конечно, он выполнял свои обязанности, но в личной жизни отрекся от роскоши, начинал день с молитв, ночью часами стоял на коленях, перебирая четки.