Положение в обновленческой церкви в эти годы было ничуть ни лучше, чем в патриаршей, поскольку карательные органы не делали между ними никакой разницы.
Массовые аресты обновленческого духовенства начались в 1934 г. К концу десятилетия были истреблены все наиболее видные лидеры этого движения. Тогда же были закрыты обновленческие духовные учебные заведения в Москве, Ленинграде и Киеве. Прекратился выпуск периодических изданий. В 1935 г. был упразднен обновленческий Синод, а к 1938 г. прекратили существование большинство обновленческих епархий. Хотя самого Введенского гонения не коснулись, его положение с каждым годом ухудшалось. В 1931 г. был взорван храм Христа Спасителя. До 1934 г. Введенский служил в храме Св. апостолов Петра и Павла на Басманной улице, а после его закрытия перебрался в Никольскую церковь на Большой Долгоруковской улице. В 1936 г. ему пришлось перейти в церковь Спаса на Большой Спасской улице. Наконец, в 1938 г. он получил Старо-Пименовский храм в Нововоротниковском переулке, где и оставался до самой смерти. В 1936 г. ему было запрещено говорить проповеди, помимо тех, что являются «неотъемлемой частью богослужения», после чего Введенского навсегда покинуло его красноречие. В последующие годы он опустился, стал полнеть и быстро стариться. Круг его последователей редел. Управление остатками обновленческих приходов с 1935 г. сосредоточил в своих руках его однофамилец, митрополит тульский Виталий Введенский, принявший титул первоиерарха восточных церквей. В 1940 г. он ушел на покой, и звание первоиерарха перешло к Александру Введенскому.
* * *
Окончательную точку в истории второго русского раскола поставила война. Именно тогда стало ясно, кто из двух митрополитов является для народа подлинным духовным лидером. Уже 22 июня 1941 г., раньше самого Сталина, митрополит Сергий обратился к верующим с посланием «Пастырям и пасомым Христианской Православной церкви» и призвал их встать на защиту Родины. «Православная наша Церковь, — писал он, — всегда разделяла судьбу народа. Вместе с ним она переживала как его испытания, так и его успехи. Не оставит она своего народа и теперь.
Благословляет она небесным благословением и предстоящий народный подвиг». После этого в годы войны Сергий обращался к верующим с патриотическими воззваниями более 20 раз, и каждый раз они рождали патриотический подъем. Помогала церковь государству и материально. Ее взносы в Фонд обороны в годы войны составили более 300 миллионов рублей. В декабре 1942 г. Сергий призвал духовенство и верующих к сбору средств на строительство танковой колонны имени Дмитрия Донского. Тогда же он обратился с письмом к Сталину с просьбой позволить церкви иметь свой банковский счет (до этого Русская православная церковь, не считавшаяся юридическим лицом, такого счета не имела). Сталин дал согласие. В короткий срок было собрано более 8 миллионов рублей. Передача Красной армии колонны имени Дмитрия Донского из 40 танков Т-34 произошла в марте 1944 г.
Конечно, Введенский также обращался к верующим с патриотическими воззваниями, но они мало кем были услышаны.
Внешние обстоятельства жизни двух первоиерархов в три первых военных года имели много общего. В октябре 1941 г Московская патриархия и руководство обновленческой церкви были эвакуированы в Ульяновск. (По иронии военного времени им пришлось добираться до этого города в одном вагоне). В ту пору в Ульяновске оставалась только одна действующая церковь. В срочном порядке специально для Сергия переоборудовали в православный храм бывший католический костел, а Александру Введенскому передали давно превращенную в склад церковь Неопалимой Купины. Но на этом совпадения в их судьбе закончились.
Когда летом 1943 г. Сергий вернулся в Москву, его ждало известие о том, что Сталин желает встретиться с ним и другими высшими иерархами Русской православной церкви. Эта историческая встреча состоялась в ночь с 4 на 5 сентября. Кроме Сергия на ней присутствовал митрополит ленинградский и новгородский Алексий, а также митрополит киевский и галицкий Николай. Сталин начал беседу с того, что высоко отозвался о патриотической деятельности православной церкви, а затем поинтересовался ее проблемами. Сергий отвечал, что главная проблема — это вопрос о патриархе, которого не могут избрать вот уже 18 лет, потому что не удается получить разрешения на созыв архиерейский собор. Сталин отвечал, что не видит к этому никаких препятствий. Затем Сергий поднял вопрос о подготовке священнослужителей, которых катастрофически не хватало для обслуживания даже тех немногих церквей, что еще продолжали действовать. Сталин отвечал, что он не возражает против открытия семинарий и академии, издания ежемесячного журнала и даже против открытия новых приходов.