Мирович сбежал вниз в солдатскую караульню и закричал: «К оружию!» Послав в разные места собирать всю команду, сам велел зарядить ружья боевыми патронами и послал солдат к калитке с приказаниями никого в крепость не пускать и никого не выпускать.
Мирович, располагая исключительно своей командой смоленского полка, около 45 человек, должен был подавить сопротивление гарнизона, находившегося около каземата Иоанна Антоновича. Гарнизон состоял примерно из 30 человек, и Мирович, напавший неожиданно, находился в более выгодном положении. Мирович ранил коменданта крепости Бередникова и сделался безусловным хозяином положения. Выстроив своих солдат в шеренги, Мирович подошел к казарме Иоанна Антоновича, и гарнизонная команда, не получив на свой оклик нужного ответа, кроме «Идем к государю!», начала стрелять. Солдаты Мировича отступили. Мирович потребовал, чтобы его впустили к «государю», несколько раз с этим предложением он посылал гарнизонного сержанта. Видя, что угрозы не действуют, он взял из комендантских покоев ключи и с несколькими солдатами пошел на бастион за пушкой. Поставив шестифунтовую пушку перед казармой и велев зарядить ее ядром, Мирович снова послал сержанта с предложением сдаться.
Тогда-то и настала минута, предусмотренная в Инструкции Власьева и Чекина. Они ответили Мировичу, что сопротивляться не будут, а сами закололи Иоанна Антоновича. Однако в официальных бумагах нет никаких данных о подробностях убийства Иоанна Антоновича. Там просто сказано, что оба офицера вместе «умертвили» его.
Между тем Мирович, получив известие, что гарнизон сдается, вбежал на галерею, схватил Чекина за руку и спросил: «Где государь?» Чекин сказал: «У нас государыня, а не государь». Мирович, толкнув его, закричал: «Поди, укажи государя и отпирай двери». Чекин отпер, в комнате было темно. Мирович, держа Чекина левой рукой за ворот, а правой сжимая ружье со штыком, сказал: «Другой бы, каналья, заколол тебя!» Наконец он вошел в каземат и увидел на полу мертвого Иоанна.
«Ах вы, бессовестные! — вскричал он. — Бойтесь Бога! За что вы пролили кровь невинного человека?»
Солдаты требовали у Мировича позволения заколоть Чекина и Власьева, но Мирович не разрешил, сказав: «Теперь помощи нам никакой нет, и они правы, а мы виноваты!» Затем он подошел к мертвому телу, поцеловал у него руку и приказал вынести тело на кровати из казармы на гауптвахту. Тело было выставлено перед строем солдат. Мирович велел взять в честь скончавшегося Иоанна на караул и сказал: «Вот наш государь Иоанн Антонович, и теперь мы не сколько счастливы, но бессчастны, и я более всех! За то я все и перетерплю: вы не виноваты, вы не ведали, что я хотел сделать, и я за всех вас буду ответствовать и все мучения на себе сносить».
К нему подошел комендант, сорвал офицерские знаки и сорвал шпагу, затем приказал арестовать Мировича. Солдаты повиновались.
Тотчас же Власьев и Чекин отправили донесение о случившемся графу Панину. Началось расследование «без огласки и без всякой скрытности» — как велела Екатерина Панину. Ведь по делу проходило более 200 человек! Власьев и Чекин получили по 7000 рублей вознаграждения и были отставлены от всякой службы — награждены и наказаны одновременно. Жизнь их была в опасности. Поэтому для них был подготовлен корабль, на котором они отправились в Данию.
Позже они вернулись в Россию и получили повышение в чинах. Во время расследования Мирович взял всю вину на себя. Когда ему грозили пыткой, он отвечал: «Знавши меня, неужели вы надеетесь успеть сим средством в своем намерении?» Екатерина, узнав о предполагаемой пытке, строжайше запретила ее:
«Оставим несчастного в покое и утешим себя мыслью, что государство не имеет врагов».
Монаршия милость этим и ограничилась: 17 августа 1764 года Екатерина II издала Манифест о казни путем четвертования подпоручика Смоленского пехотного полка Василия Мировича. Однако Высочайшее Собрание не согласилось с чрезвычайной на их взгляд жестокостью Екатерины. К тому же столь кровавые меры могли вызвать в народе, сочувствовавшем Мировичу, нежелательное волнение. 9 сентября Собрание вынесло приговор: «Мировичу отсечь голову, и оставя тело его народу на позорище до вечера, сжечь оное вместе с эшафотом. Из прочих виновных разных нижних чинов прогнать сквозь строй, а капралов сверх того написать вечно в солдаты в Дальние команды».
Любопытен рассказ Квитки о казни Мировича «Мирович, ведомый на казнь, увидел любопытствующий народ, сказал находившемуся близ него священнику. „Посмотрите, батюшка, какими глазами смотрит на меня народ. Совсем бы иначе на меня смотрели, если бы мне удалось мое предприятие“. Прибыв на место казни, он спокойно взошел на эшафот. Мирович был лицом бел и замечали в нем, что он и в эту минуту не потерял обыкновенного своего румянца. Одет Мирович был в шинель голубого цвета. Когда прочли ему сентенцию, он вольным духом сказал, что благодарен, что ничего лишнего не возвели на него в приговоре. Сняв с шеи крест с мощами, отдал провожавшему его священнику, прося молиться о душе его. Подал полицмейстеру, присутствующему при казни, записку об остающемся своем имении. Сняв с руки перстень, подал его палачу, убедительно прося его сколько можно удачнее исполнить свое дело и не мучить его. Потом сам, подняв свои длинные белокурые волосы, лег на плаху. Палач был из выборных, испытан прежде в силе и ловкости и… не заставил страдать несчастного». Впечатление, произведенное казнью Мировича, было чрезвычайно сильно и взволновало народ, но и не только народ. В записках Порошина сказано: «Великий князь и наследник престола Павел Петрович, узнав о кровавом событии, опочивал весьма худо».