Правительство Бурбонов столкнулось с препятствиями уже при организации военно-полевого суда, которому предполагалось поручить вынесение приговора Нею. Маршалы Массена и Ожеро сказались больными. Старейший из маршалов — Монсе отверг предложение занять пост председателя суда (к опубликованному в газетах якобы от имени маршала письму, в котором отмечалось, что в то время, как Ней сражался за Францию, его обвинители находились в стане врагов страны, Монсе не имел отношения). Правительство лишило Монсе маршальского звания и изгнало его из палаты пэров. Пост председателя занял маршал Журдан. Ней решительно возражал против передачи его дела в ведение военно-полевого суда и требовал, чтобы его судила палата пэров, членом которой он состоял. Маршал добился успеха. Военный трибунал голосами пятерых судей против двух признал себя некомпетентным в рассмотрении дела Нея. Но это была мнимая победа. У обвиняемого, как выяснилось, было куда больше шансов быть оправданным военным трибуналом, чем палатой пэров, куда по указу короля было направлено дело Нея и где заправляли ультрароялисты, требовавшие крови «изменника». Глава правительства герцог Ришелье, передавая палате пэров королевский указ, заявил, что Нея следует судить не только от имени короля, от имени Франции, но и «от имени Европы». Это было ясное указание на позицию оккупировавших держав. Пруссия требовала расправы над Неем (как признавался фельдмаршал Блюхер), рассчитывая, что это посеет вражду между армией и режимом Реставрации и тем самым ослабит Францию, о расчленении которой мечтали в Берлине. Австрийский канцлер Меттерних, разделявший эти планы, вместе с тем настаивал на суровых мерах в интересах европейской контрреволюции. Английский торийский кабинет и русский царь Александр I считали нужным проявить суровость из прямо противоположных соображений, стремясь укрепить трон Людовика XVIII и сохранить сильную консервативную Францию как важный фактор европейского равновесия сил. Стоит отметить, что позицию Александра I разделяли многие русские офицеры, находившиеся в Париже. Во время приема, который гвардейцы Людовика XVIII устроили в честь русских гостей, один из ультрароялистов стал поносить предателя Нея. Ему неожиданно ответил один из русских. «Я не знаю, сударь, где вы были в 1812 году, — заявил он, — но уверен, что вы не сражались в России. Иначе вы не говорили бы в таком тоне о самом замечательном воине французской армии в этой кампании. О человеке, героическое мужество которого спасало столь многих, которому четыре тысячи французских солдат обязаны своей жизнью. Он завоевал восхищение своих врагов».
Эта импровизированная речь вызвала восторженные аплодисменты собравшихся русских офицеров.
Для тогдашней обстановки было очень характерно, что Нея за измену Людовику XVIII судили на основании… законов времени революции и наполеоновского уголовного кодекса.
При рассмотрении дела в палате пэров, начавшемся 9 ноября, роялист генерал Бурмон заявил, что Ней по собственному желанию и выполняя заранее обдуманное намерение 14 марта 1815 года перешел на сторону Наполеона. Ней утверждал, что его поступок был неожиданным и предопределен настроениями войск. В ходе прений выяснилось, что сам Бурмон, изображавший себя героическим защитником дела Бурбонов, безоговорочно выполнил приказ Нея собрать войска, отлично зная, что маршал объявит им о переходе на сторону Наполеона. Пристрастие палаты было очевидным. Председательствующий Дамбрэ отводил вопросы, ответы на которые могли принести пользу подсудимому. Дамбрэ, в частности, запретил маршалу Даву отвечать на вопрос относительно интерпретации статьи XII Конвенции о капитуляции французских войск. Если бы Даву заявил о том, что поведение Нея явно относится к числу деяний, покрываемых амнистией, которая провозглашалась в этой статье, обвинение потеряло бы всякую юридическую основу. В конце концов Ней предложил своим защитникам не отвечать на речь прокурора, так как им запретили касаться вопроса о статье XII Конвенции. В своем кратком заявлении Ней не без основания сравнил свой процесс с судом над генералом Моро при Наполеоне. 6 декабря палата пэров большинством голосов признала Нея виновным и приговорила его к смерти. Попытка добиться королевского помилования не увенчалась успехом. Маршал был расстрелян утром 7 декабря. Могила Нея на кладбище Пэр-Лашез в Париже была вскрыта в 1903 году. По словам могильщика Дю Мишеля, гроб был пуст.