Говорят, что вначале выступление было намечено на 24 октября, но начать его пришлось раньше, поскольку на Брауна донесли. Со своей стороны отметим, что, может, это и к лучшему, что донесли, — меньше жертв было. Хотя потасовка и так вышла достаточно кровавой.
Выступление Брауна не получило поддержки со стороны негров-рабов, потому что Харпес-Ферри, где действовал отряд Брауна, не был районом плантаций и негритянское население здесь было немногочисленно. Кроме того, негры-рабы не были посвящены в планы Джона Брауна, и выступление его было для них полной неожиданностью. Прежде чем они успели разобраться в происходящих событиях, отряд Брауна был окружен и уничтожен совместными усилиями рабовладельческой милиции и правительственных войск.
Оставшись без поддержки, отряд Брауна забаррикадировался в пожарном сарае при арсенале. Он был окружен и атакован отрядами рабовладельцев численностью более тысячи человек и регулярными войсками. В течение суток отряд отбивал атаки регулярных войск.
Плантатор, взятый Брауном в заложники и находившийся в том же сарае, рассказывал: «Браун стоял рядом с телом убитого сына и рукой прощупывал пульс умирающего от ран второго сына. С ружьем в руке он хладнокровно отдавал приказания, ободрял своих людей». Когда из отряда было убито девять человек, Браун распорядился сложить оружие.
Через 2 дня после захвата — 18 октября — арсенал был отбит обратно, а тяжело раненный Браун — взят в плен. К истекавшему кровью Джону Брауну подошел губернатор Виргинии и, наклонившись над ним, спросил: «Кто вы?» «Мое имя Браун, меня хорошо знают как Джона Брауна из Канзаса. Сегодня погибли два моих сына, и я тоже умираю. Я пришел сюда, чтобы освободить рабов». Сообщение о том, что мужественному борцу за права негров-рабов грозит смертная казнь, вызвало бурю возмущения во всем мире. Свой голос в защиту Джона Брауна подняли ученые, писатели, общественные деятели. Французский писатель Виктор Гюго опубликовал страстную речь в защиту патриота.
«В Южных штатах существует рабство: эта чудовищная нелепость приводит в негодование ум и чистую совесть жителей Северных штатов. Один свободный гражданин белой расы, Джон Браун, возымел намерение освободить этих рабов, этих негров. Великое дело освобождения Джон Браун хотел начать с рабов Виргинии. Пуританин, человек строгой жизни, набожный, проникнутый духом Евангелия, он бросил этим людям, этим братьям клич свободы. Отупевшие от рабства негры не отозвались на его призыв. Рабство делает душу глухой. Покинутый всеми, Джон Браун все же начал борьбу: с небольшою горстью героев он вступил в бой; его изрешетили пулями; двое молодых сыновей, светлых мучеников, пали возле него; его самого схватили. Вот что называется действовать при Харпес-Ферри». Джон Браун предстал перед судом с четырьмя своими товарищами: Стефенсоном, Коппом, Грином и Копландсом.
Джон Браун лежал на складной кровати, на матраце, пропитанном кровью, сочившейся из его еще почти открытых ран; их было шесть: одна в плечо, одна в поясницу, две в грудь, две в голову. Он почти ничего не слышал. Его четверо раненых товарищей (у Стефенсона было четыре сабельные раны) еле держались на ногах. А во дворе здания, где заседал суд, были поставлены две пушки, заряженные картечью, и тюремщикам было приказано расстрелять обвиняемых, если будет сделана попытка отбить их. После сорокаминутного совещания были объявлены три смертных приговора.
Суд над Джоном Брауном оказался тяжелым испытанием для южан. Виргинцы пытались создать видимость беспристрастного правосудия, балансируя между яростью толпы и сочувствием к Брауну всех честных людей мира. Для того, чтобы защитить свой образ жизни, они должны были судить, как убийцу, человека, который от имени всего человечества сам превратился в их судью. Им приходилось также ради сохранения своего доброго имени сдерживать ярость тех, кто поклялся отомстить за своих близких, погибших в дни восстания, поднятого Джоном Брауном, тех, кто требовал самого беспощадного наказания для всех «преступников». Суд над Джоном Брауном проходил с соблюдением всех требуемых законом формальностей, но с ненужной поспешностью, вызванной страхом как перед толпой, так и перед неясной, но страшной угрозой, нависшей над всей системой рабовладения. Только против этой неоправданной поспешности и возражал Джон Браун, потому что он хотел, чтобы мир понял истинные мотивы его поступков. Но прокурор Гентер боялся не только ярости толпы, он боялся всеобщего, все возрастающего сочувствия к Брауну. Оставаясь в рамках закона, он с почти грубой настойчивостью торопил ведение судебного процесса. Джон Браун подвергался допросам, когда он с еще не зажившими ранами лежал на больничной койке. Его поспешно назначенным адвокатам было дано крайне мало времени для сбора материалов и подготовки к защите. Формально Джон Браун был заключен в тюрьму на основании постановления сессии суда, состоявшейся в Чарлстоне 20 октября. 25 октября он подвергся предварительному допросу и уже 26 октября был в соответствии с решением большого жюри предан суду за «тайный заговор с рабами с целью восстания, за измену Виргинии и за совершение убийства без смягчающих обстоятельств».