Шмидт до последнего момента оставался на «Очакове». Его сын Женя был с ним. А когда на горевшем со всех сторон корабле уже нельзя было больше оставаться, они разделись и бросились в море. Их подобрали и доставили на броненосец «Ростислав», где оба и были арестованы. Шмидт был ранен в ногу. Одеться им не дали. Ночью отец и сын голые лежали обнявшись на полу, стараясь хоть телами своими немного согреть друг друга.
В таком ужасном положении их продержали на «Ростиславе» два дня. И все время не прекращались издевательства офицеров над Шмидтом. А на третий день военный транспорт «Дунай» повез лейтенанта Шмидта и его сына в Очаковскую крепость. И здесь, запертый в полутемном сыром каземате, Шмидт провел несколько месяцев в ожидании суда. Его сына скоро освободили, и он остался один. Всего по делу о восстании было привлечено несколько сот человек. Но с расправой над Шмидтом спешили. Сам царь не раз выражал желание «поскорее покончить с этим изменником». Поэтому из общего процесса выделили дело Шмидта и нескольких десятков матросов-очаковцев и назначили суд.
Революция в стране не утихала, надвигалась вторая всероссийская забастовка. Многие еще верили в победу. И, чтобы оттянуть время и тем спасти жизнь брата, сестра Шмидта стала хлопотать о медицинском освидетельствовании Петра Петровича, но он, узнав об этом, возмутился и отказался наотрез.
«Если я ненормален, то ненормальны все сто тридцать миллионов населения России, т. е. вся революционная Россия. Если бы я теперь был выпущен из каземата, то при тех же обстоятельствах поступил бы точно так же!» — заявил он.
Женя жил в это время в Керчи, в семье сестры Шмидта. Накануне суда Петр Петрович вызвал его в Очаков проститься.
7 февраля начался суд. Вместе со Шмидтом судили трех его ближайших помощников: Частника, Гладкова и Антоненко и 37 рядовых матросов-очаковцев. Несмотря на то, что все остальные подсудимые содержались в Севастополе, суд происходил в Очакове. Военные власти считали Шмидта таким опасным преступником, что не решались перевезти его в Севастополь. На военном корабле в Очаков доставили всех подсудимых-матросов, свидетелей, суд, защиту, привезли туда, где сидел в каземате всего один человек.
На суде Петр Петрович был совершенно спокоен и держал себя с большим достоинством. Он горячо выступал только тогда, когда ему казалось, что несправедливо обвиняли матросов.
И вся его последняя речь на суде была полна этим горячим желанием спасти своих товарищей.
«Г.г. судьи, — говорил он, — перед вашими глазами прошло дело, во главе которого был я. Не могло это дело стать совершенно ясным, так как оно явилось здесь, как обрывок общего великого русскою дела, самая сложность которого не позволяет нам, современникам, обнять его беспристрастным взором. И этот обрывок русского дела, слабо освещенный свидетельскими показаниями, ждет теперь над собой вашего приговора! Я говорил вам, г.г. судьи, что не должно быть в этом деле произнесено ни одного слова неправды, только правду вы слышали от меня. Клянусь же вам, что те случайные свидетельские показания, которые установили ряд улик против того иди другого матроса и тем увеличили вину некоторых из них, не могут, не должны быть приняты во внимание.
Верьте мне, что все они были предо мною совершенно однородной толпой, что никому из них нельзя вменять в вину близость к Шмидту. Все они были одинаково близки мне, и если я обращался к ним со словом, то ко всем сразу. Верьте же, г.г. судьи, что никого из них нельзя карать равным со мной приговором. Верьте мне, что сама природа требует, чтобы ответил я один за это дело в полной мере, сама природа повелевает выделить меня. Я не прошу снисхождения вашего, я не жду его. Велика, беспредельна ваша власть, но нет робости во мне, и не смутится дух мой, когда услышу ваш приговор. Без ропота и протеста я приму смерть, но не вижу, не признаю вины за собой!»
Говорят, что солдаты очаковской крепости, в каземате которой сидел Шмидт, не раз предлагали ему бежать и принимали всю ответственность за это на себя, но Петр Петрович каждый раз твердо и решительно отказывался.
18 февраля был объявлен приговор: Шмидта, Частника, Гладкова и Антоненко приговорили к смертной казни, остальных к каторге на разные сроки. Шмидт выслушал приговор совершенно спокойно.
«Приговор этот я ждал», — сказал он.
Матросы окружили его, обнимали, благодарили его, прощались с ним. По осанке Петра Петровича и по восторженному выражению его лица нельзя было подумать, что он только что выслушал смертный приговор.