Хусейн Суфи начал объединение Северного и Южного Хорезма и захватил два города Кят (тогда крепость) и Хиву. Тимур, претендовавший на все наследие улуса Чагатая, считал этот акт незаконным и в 1372 году отправил к Хусейну Суфи посла с требованием вернуть захваченные города. Хусейн отказался выполнить это требование. Тимур немедленно двинул против него свое войско. Путь к Ургенчу лежал через Кят, который был взят после недолгого сопротивления. Затем та же участь постигла и Хусейна. Он укрылся в цитадели Ургенча, где вскоре умер. Место Хусейна занял его брат Юсуф Суфи. Тимур предложил ему мир, одним из условий которого было требование выдать за своего сына Джехангира Хан-задэ дочь Хусейна — внучку Узбек-хана. Юсуф Суфи согласился.
После ухода Тимура Юсуф Суфи не выполнил условий мира и вновь захватил Кят. Своими действиями он вызвал второй поход Тимура в Хорезм(1373–1374), но до военного столкновения дело не дошло, так как Юсуф принес повинную, обещая немедленно выполнить все условия мира.
В результате Южный Хорезм вошел в состав государства Тимура, однако успех оказался временным. Юсуф Суфи, воспользовавшись отсутствием Тимура (воевавшего с Урусханом), в 1375 году вновь овладел Южным Хорезмом. Взаимные стычки и обиды продолжались до 1379 года, когда Тимур после трехмесячной осады овладел Ургенчем, и Южный Хорезм окончательно вошел в состав империи Тимура.
Существовала еще сильная Золотая Орда, которая, так же как и Белая орда, угрожала могуществу Тимура. С первых лет своего правления Тимур внимательно следил за тем, что происходило в улусе Джучи, в состав которого входили Золотая и Белая орды. Постепенно Белая орда обособилась и ввела своих собственных ханов. Урус-хан, правивший в ней до 1375 года, задумал объединить обе части улуса Джучи под своей властью.
Тимур, опасаясь этого объединения и его возможных последствий для своего государства, искал повода для вмешательства. Удобный случай представился. Один из узбекских эмиров Белой орды, правитель Мангышлака Туйходжа-оглан, был убит Урусханом за то, что не выступил с ним в поход против Золотой орды. Сын Туйходжи-оглана Тохтамыш бежал из Белой орды и явился в 1376 году к Тимуру, предлагая свои услуги.
Учитывая общую обстановку в орде и считая чрезвычайно выгодным для себя иметь в Белой орде своего ставленника, Тимур предложил Тохтамышу военную поддержку, тут же снарядил войско и отправил его в Белую орду отвоевывать у Урусхана белоордынский престол. В двух походах (1376) Тохтамыш был разбит. Тогда Тимур, несмотря на зимнее время, направился с войсками против Белой орды, но из-за сильных морозов поход был прерван. Только в 1379 году Тимуру удалось посадить Тохтамыша на престол Белой орды.
Тохтамыш не оправдал надежд Тимура. Став ханом в Белой орде, он пошел по стопам Урус-хана и начал борьбу за объединение и усиление Золотой Орды. Победа над Мамаем в 1380 году дала возможность Тохтамышу захватить верховную власть в Золотой Орде и вновь объединить обе части улуса Джучи.
Стремясь возродить Золотую Орду и расширить ее пределы, Тохтамыш предпринял несколько походов в Закавказье и Азербайджан. В 1385 году он направил многочисленное войско для захвата Тебриза.
В конце 80-х годов Тохтамыш явно искал случая для столкновения с Тимуром, стремясь отвлечь его от персидских походов. В 1387–1388 годах, воспользовавшись отсутствием Тимура, он напал на Мавераннахр. В это же время поднял восстание Сулейман Суфи и Тимур совершил последний поход на Хорезм (1388. Заняв Ургенч, Тимур уничтожил династию Суфи, а жителей города переселил в Самарканд. В течение десяти дней войска Тимура грабили прекрасный богатый Ургенч, в результате один из центров торговли между восточной Европой и Средней Азией был уничтожен. Только в 1391 году Тимур приказал восстановить город. Так прекратило самостоятельное существование небольшое, но богатое и культурное Хорезмское государство. Хорезм вошел в состав державы Тимура, а позже государства Тимуридов. Таким образом, все земли Средней Азии, за исключением Семиречья и низовьев Сырдарьи, оказались в руках завоевателя.
Тимур, ведя войны с Тохтамышем, стремился полностью ослабить улус Джучи, так как видел в самом существовании могущественной Золотой Орды постоянную угрозу своему государству. Он провел три больших похода против Тохтамыша (в 1389, 1391 и 1394–1395 годах).
В 1395 году произошло решающее сражение между Тимуром и Тохтамышем на Северном Кавказе, в долине реки Терек. Тохтамыш потерпел поражение, и Тимуру открылась свободная дорога в Поволжье, к самому сердцу Золотой Орды — ее столице городу Сараю Берке. Большой и богатый город был захвачен, разграблен и сожжен, причем из него была вывезена огромная добыча, в состав которой кроме разнообразных материальных ценностей входило большое число пленных — мужчин, женщин и детей, обращенных победителями в рабство. Пострадало не только Нижнее Поволжье с его главными городами — Сараем Берке и Хаджи Тарханом (Астрахань), но и Крым с его приморскими городами (например, Кафа), а также Азак (Азов) и Северный Кавказ.