Огромным государством Тимур управлял через своих сыновей, внуков и приближенных, назначив их правителями. При этом он широко использовал систему суюргала (вознаграждение со стороны правителя). Лица, получившие суюргальные владения, управляли ими как вассальные правители.
Только сила и страх держали в узде вассалов Тимура. В 1375 году Тимур казнил непокорного главу племени джалаир, а джалаиров распределил по разным округам, уничтожив таким образом целое кочевое владение в районе Ходженда. Согласно рассказу Ибн Арабшаха, в 1338 году Тимур коварно перебил в Самарканде некоторых эмиров, выразивших недовольство. Он отнял Фарс с городом Ширазом у сына Омар-шейха Пирмухаммеда, который не выступил в поход по его приказу Впрочем, в 1403 году он снова вернул Пирмухаммеду его суюргал.
Военная история называет Тимура в числе крупнейших полководцев средневековой Азии. и Его военное дарование раскрылось в двух направлениях как реорганизатора войска и как полководца. В его армии соблюдалась железная дисциплина.
Свои войны Тимур вел с исключительной жестокостью, бесчеловечностью, которая ничем не могла быть оправдана. Чем можно оправдать постройку башни из 2 000 живых людей, переслоенных битым кирпичом и глиной при взятии Исфизара (город в Афганистане) или сооружение в восставшем Исфагане башен из 70 000 голов, или, наконец, погребение заживо 4 000 людей после взятия города Сиваса в Малой Азии?
Тимур не принадлежал к Чингизидам, поэтому никогда не именовал себя ханом. Как и все люди того времени, он относился к титулу «хан» с большим пиететом и, несмотря на свое честолюбие и властолюбие, вынужден был носить титул эмира, присоединив к нему титул «курагана» (зятя, в данном случае ханский зять). Право на титул курагана он приобрел после женитьбы на Сарай Мулькханым, которую он взял из гарема эмира Хусейна в 1370 году и которая была дочерью Чингизида Казан-хана, последнего хана Мавераннахра из дома Чагатаев.
Тимур, по словам Хафизи Абру, имел познания в истории тюрков, арабов, персов, особенно он ценил практические знания. Он был прежде всего политиком и, стараясь из всего извлечь пользу для государственного дела, сохранял самые дружеские связи с представителями мусульманского духовенства, создавшими ему популярность среди феодальной верхушки и воинов. Как тогда было принято, он держал при себе духовника — шейха Береке, — который «молитвой старался подкрепить то, что делал Тимур мечом». Однако политический расчет Тимур ставил выше споров между отдельными правоверными толками.
В Мавераннахр, центр своего обширного царства, Тимур ввозил не только различные материальные ценности, но главным образом пленных специалистов-ремесленников, художников, архитекторов, ученых. В Самарканде можно было увидеть мастеров Хорезма, Исфагана, Шираза, Халеба и других городов Востока. Их технические знания и творческое вдохновение использовались при строительстве дворцов, мечетей, медресе, мавзолеев, загородных садов. Испанский посол Клавихо, посетивший Самарканд в 1403–1404 годах, был поражен размахом строительных работ Тимура.
Самарканд был украшен новыми величественными зданиями, благоустроенными базарами, пополнен кварталами ремесленников самых разнообразных специальностей. Тимур до конца своих дней находился в здравом рассудке. Он позвал к себе принцев и принцесс из гарема, придворных и значительных эмиров, которые сопровождали его в Отрар, и объявил им, что знает о своей скорой смерти и ожидает ее спокойно, он возражает против обычного в таких случаях громкого плача Эмирам и принцам он приказал позаботиться о том, чтобы Иир Мухаммед, сын Джахангира, стал его преемником, они все должны дать обязательство привести к соответствующей присяге остальных его потомков. Предложение одного из присутствующих, что нужно срочно вызвать принцев из лагеря под Ташкентом, он отверг. Его жизнь так долго не продлится, всех тех, кто здесь в Отраре присутствует, достаточно для того, чтобы засвидетельствовать его последнюю волю. В конце он предостерег их «Что бы я ни говорил и ни советовал, вы не можете ни в чем проявлять слабость, вы должны крепко держать в руках рукоятку меча, так как если тело позорят, а в сердце допускают слабость, то это ведет к уничтожению разума и к смерти души. Низость не позволить достичь того, к чему стремился, кто проявляет слабость, тот не достигнет того, чего он желает». Приближенные старались скрыть от членов династии смерть Тимура, тем не менее весть о ней быстро распространилась Наступил период смут.