Следующим серьезным военным заданием для Сталина стало южное направление (войска генерала Деникина заняли Курск, Воронеж и Орел и нацелились на Москву). Армия была остановлена. И хотя позднее авторство победоносной стратегии против Деникина будет приписываться Сталину, ее разработчиком являлся Троцкий.
В 1919 году Сталин женился на Надежде Сергеевне Аллилуевой, дочери старого революционера Сергея Аллилуева, с которым будущий диктатор познакомился в 1904 году в доме социал-демократического активиста Михо Бочоридзе. Тот укрывал Сталина после побега последнего из ссылки в Новую Уду.
Непохожая на первую жену, простую грузинскую девушку Екатерину, Надежда Аллилуева была человеком, впитавшим большевизм с молоком матери. Она была человеком, для которого общественная деятельность являлась насущной потребностью. Вступив в партию в 17 лет в 1918 году, она некоторое время работала в Царицыне, выехав туда вместе со Сталиным, и одновременно выполняла другие партийные поручения. Разница в возрасте между ними была существенная — 22 года. Надежда лишь на семь лет была старше первого сына Сталина, Якова.
Выйдя замуж, она не замкнулась на домашнем хозяйстве. В начале 1919 года она начала работать в личной канцелярии Ленина. Позднее она устроилась в редакцию журнала «Революция и культура» и принимала активное участие в деятельности партийной организации издательства «Правда». Затем Надежда Аллилуева поступила в Промакадемию, собиралась стать специалистом по синтетическим волокнам.
Она родила Сталину двоих детей — дочь Светлану и сына Василия, показала себя хорошей хозяйкой. Семья уже жила не по-пролетарски. Сохраняя квартиру в Кремле, Сталин и Надежда в 1919 году получили просторную загородную дачу недалеко от деревни Усово, в живописном месте на берегу р. Москвы, примерно в двадцати километрах от столицы. Дача называлась Зубалово, по имени русского нефтепромышленника, которому принадлежала до революции. В 20-е годы под непосредственным наблюдением Сталина дом перестроили и превратили это место в процветающую усадьбу с различными надворными постройками, цветниками, плодовым садом, поляной для индеек и бассейном для уток. Дети находились под присмотром нянек и домашних воспитателей. Сталин часто приезжал сюда и любил проводить здесь свободное время. Но после загадочного самоубийства Надежды в 1932 году он больше никогда не появился в Зубалово, приказав построить для себя дачу в Кунцево и перебравшись туда на следующие 20 лет. Самоубийство жены, которой он доверял, сказалось на его дальнейшей политике.
В мае 1920 года маршал Пилсудский оккупировал Украину и захватил Киев. Сталина направляют членом Реввоенсовета на Юго-Западный фронт. Как и в прежние годы, здесь он вел самочинную войну, что в результате привело к поражению армии Тухачевского. На закрытых слушаниях X съезда партии (1921) Сталин обвинил во всем главного политического комиссара Западного фронта И. Смилгу.
Однако тот факт, что Сталину не удалось увенчать себя воинской славой на полях гражданской войны, вполне уравновешивался его успехами в деле усиления собственного политического влияния в правительстве. Он в полной мере использовал специальные поездки на фронт и в тыл для восстановления старых и приобретения новых политических связей. Эти годы явились формированием сталинской фракции в партии.
В период после гражданской войны Сталин занялся активной работой на посту наркома по делам национальностей. В результате внутрипартийной борьбы он сумел отстоять идеи и принципы, которые развил еще до революции, и была создана новая — Советская — империя.
В апреле 1922 года Сталин был избран Генеральным секретарем ЦК ВКП(б). Ленин, умевший прекрасно разбираться в людях, предостерегал членов Центрального Комитета от возвышения И. Сталина — «Лично он, пожалуй, самый способный человек в настоящем ЦК, но и чрезмерно хвастающий самоуверенностью и чрезмерным увлечением чисто административной стороной дела», и далее. «Сталин слишком груб, и этот недостаток, вполне терпимый в среде и в общениях между нами, коммунистами, становится нетерпимым в должности генсека».
Предостережения Ленина были приняты к сведению, однако с учетом сложной обстановки в стране было признано целесообразным оставить Сталина на посту Генерального секретаря. Последствия этого решения оказались трагичными. Сталин сумел выиграть время и одержать победу. Год смерти Ленина прошел под знаком борьбы с Троцким. Хорошо организованный Сталиным партийный аппарат уже в то время мог противостоять любой оппозиции. В 1923–1924 годах еще никто не знал, что может и что будет делать Сталин с этим аппаратом Но уже тогда стало заметно следующее: Сталин провозгласил (и будет провозглашать позднее), что он — человек, выступающий за единство партии, а тот, кто выступает против него, выступает и против этого единства. Он начинает громить одних соратников с помощью других, а затем тех и других отправляет на плаху.