В 1918 году в стране вспыхнула гражданская война, разразился небывалый голод. («…мы явно погибнем и погубим всю революцию, если не победим голода в ближайшие месяцы», — писал тогда Ленин). 29 мая Совнарком назначил Сталина руководителем продовольственного дела на юге России. 6 июня он прибыл в Царицын специальным поездом в сопровождении отряда красноармейцев численностью в 400 человек. Здесь он встретил своего знакомого К. Ворошилова (первая встреча произошла в 1906 году в Стокгольме, где Сталин и Ворошилов жили в одной комнате). На следующий день он телеграфировал Ленину о принятых чрезвычайных мерах по наведению порядка и об отправке железнодорожным транспортом большого количества хлеба.
Распоряжался Сталин в Царицыне со свойственными ему деспотичностью и быстротой. Позже Ворошилов напишет в воспоминаниях, что Сталин провел в Царицыне реорганизацию воинских частей на фронте и «железной беспощадной метлой» прочистил тыл. В отношении многих подозрительных личностей приказ Сталина был коротким. «Расстрелять». Для дальнейшей своей деятельности в качестве главы Военного совета Северо-Кавказского военного округа Сталин получил неограниченные полномочия. Именно в Царицыне Сталин стал участником операций, направленных не только против белых, но и против Троцкого. Разногласия касались роли военных специалистов. Троцкий заручился поддержкой Ленина и создавал Красную Армию как профессиональную военную организацию. Из-за нехватки офицеров он привлекал большое число бывших царских офицеров Сталин встал на сторону красных командиров, которые с недоверием относились к «буржуазным» военным и предпочитали партизанские методы ведения войны. Возникла «военная оппозиция», лидерами которой были Ворошилов, Буденный и некоторые другие красные военачальники.
Утверждая вновь приобретенные им права, Сталин побуждал местных красных командиров не выполнять приказы главного командования. После восстановления железнодорожной линии к югу от Царицына он приказал арестовать старшего военного специалиста А Снегирева и большое число штабных работников.
Всех их заключили под стражу в «плавучей тюрьме», на барже. На протест против этого Троцкого Сталин написал резолюцию: «Не принимать во внимание». Прибывшая специальная комиссия расследовала обстоятельства дела и освободила из-под стражи А. Снегирева с переводом на другой участок фронта. Остальным работникам повезло гораздо меньше — по неизвестным причинам баржа внезапно затонула со всеми находившимися на борту.
Но и после этого Сталин не успокоился. В нарушение распоряжений Москвы, запретившей вмешиваться в дела военных специалистов, Сталин сначала отменил приказы вновь назначенного командующего фронтом Н. Сытина, а затем и вовсе отстранил его от командования. По требованию Троцкого в дело снова вмешалась Москва. Ленин уступил, и в конце октября Сталина отозвали из Царицына.
После возвращения в Москву его назначают членом Реввоенсовета Республики, а через месяц и членом ВЦИК. Прежний конфликт с Троцким приобрел теперь форму взаимных обвинений. Троцкий жаловался Ленину в частном порядке на то, что Сталин восстанавливал в армии «порядки великих князей» (намек на обычаи царского времени, когда приказы отдавались войскам великими князьями через головы вышестоящих начальников и порождали неразбериху в управлении войсками). Вопрос о военных специалистах был лишь одной из многих сфер, в которых Сталин выплескивался наружу. Со стороны Сталина к конфликту привели побуждения психологического свойства. К нападкам на Троцкого его толкало чувство сильнейшей неприязни к человеку, который в силу своей роли в революции портил ему жизненный сценарий.
После пережитого в Царицыне у Сталина проснулось желание сыграть совершенно определенную роль в войне. Прошло совсем немного времени, и в январе 1919 года он вместе с Дзержинским выехал в Вятку, чтобы по поручению ЦК расследовать причины сдачи Перми 3-й армией. А уже в мае Сталина направили в Петроград, чтобы приободрить Зиновьева, запаниковавшего перед лицом опасных передвижений дислоцированной в Эстонии армии генерала Юденича, а также в связи с возникшей угрозой сдачи Петрограда и назревавшего мятежа в городе и его окрестностях.
В Петрограде Сталин оставался весь июнь, действуя с привычной бесцеремонностью. После захвата форта Красная Горка (16 июня) он послал Ленину телеграмму, в подтексте которой было: «штатские» могут преподавать военным специалистам уроки стратегического искусства.