Когда вождь пролетариата вышел из здания и направился к своему автомобилю, эсерка Фанни Каплан трижды выстрелила в него. Одна из пуль попала в шею, другая — в ключицу. Ранения не были опасными для жизни, и Ленин выздоровел. Но покушение не осталось без последствий. В тот же день в Петрограде студент стрелял в шефа местной ЧК Урицкого. На белый террор новая власть ответила красным террором.
Левое крыло социал-революционеров также становилось во все более резкую оппозицию против большевиков. Убийство посла Германии графа Мирбаха двумя социал-революционерами стало сигналом к началу широко разветвленного восстания, начавшегося в Москве и охватившего города Верхнего Поволжья. Восстание поддержали западные державы.
В Москве восстание потерпело поражение спустя несколько часов, в провинции — через несколько недель. Ленин дал личное указание о проведении в Пензе беспощадного массового террора против кулаков, белогвардейцев и священников.
Когда в эти дни заседание Совета Народных Комиссаров было неожиданно прервано сообщением об убийстве на Урале царской семьи, эту инициативу местных властей приняли спокойно.
Оппозиция социал-революционеров была потоплена в крови, внешний кризис был преодолен благодаря вмешательству Троцкого на Волжском фронте, которому угрожали чехословацкий корпус и белогвардейцы. В дальнейшем ходе гражданской войны, в особенности зимой 1919/1920 года, когда обстановка была критической, по отношению к меньшевикам и социал-революционерам было проявлено некоторое снисхождение. Еще в августе 1920 года в Москве состоялся съезд меньшевистской партии; в Кремле знали, что в профсоюзах меньшевики все еще пользуются большой симпатией. В декабре 1920 года VI съезд Советов еще раз объединил делегатов от всех трех социалистических партий, но этот союз был временным.
Лишь после окончания гражданской войны новое антибольшевистское восстание дало Ленину повод принять меры против социалистических партий в России. Окончание войны не принесло смягчения социальных условий, ненавистная трудовая повинность сохранилась. Разочарованные петроградские рабочие вышли на улицы. Прошли забастовки и демонстрации. Они переросли в Кронштадтский мятеж в марте 1921 года.
Под лозунгом «Советы без большевиков!» восстали матросы военной крепости, расположенной на подступах к Петербургу. Они арестовали партийных функционеров, передали власть временному революционному комитету. Ответные меры правительства были сверхжесткими. «Мы потеряли достаточно времени на дискуссии, — заявил Ленин 9 марта на X съезде партии — Наступил момент дискутировать не с помощью тезисов, а с помощью винтовок». После артиллерийского обстрела началось наступление по льду, которое 13 марта подавило последние очаги сопротивления в Кронштадте.
После Кронштадтского восстания начались аресты оппозиционеров. Летом 1922 года прошел первый показательный политический процесс — против социал-революционеров, где было вынесено 14 смертных приговоров. Ходатайства Клары Цеткин, Максима Горького и других видных революционеров о помиловании Ленин отклонил; впрочем, приговоры были приведены в исполнение лишь после его смерти.
Одновременно Ленин покончил с оппозиционными течениями и внутри собственной партии. На X партийном съезде весной 1921 года было принято о запрете всех оппозиционных групп внутри партии. После X съезда превращение руководства партии в бюрократический аппарат значительно ускорилось. Теперь она перестала быть свободным объединением независимых, критически мыслящих революционеров.
Начало сбываться то, о чем писала Роза Люксембург в своей последней статье в 1918 году: «Без всеобщих выборов, свободы прессы и собраний и без свободного обмена мнениями жизнь в общественном институте замирает и превращается в подобие жизни, в которой единственным действующим элементом остается бюрократия. Элита рабочего класса время от времени будет мобилизовываться на собрания, чтобы аплодировать речам вождей и голосовать за предложенные резолюции… Свобода только для приверженцев правительства, для членов одной партии свободой не является. Свобода — это лишь свобода инакомыслия».
Кронштадтское восстание показало, что «военный коммунизм» Ленина с его всеобщей трудовой повинностью, массовой продразверсткой и отказом от денег и рынка потерпел фиаско. Прежде всего нужно было обеспечить снабжение продовольствием и наладить торговлю. Результатом стала так называемая новая экономическая политика (НЭП). На X съезде РКП(б) Ленин признал, что прямой переход к чисто социалистическому распределению благ в настоящее время пока еще невозможен.