После того как стал известен размах требований, выдвигаемых Германией, большевистское руководство стремилось отклонить условия и продолжить войну крайними средствами — народным ополчением. Троцкий выступил в защиту формулы — «ни мира, ни войны». В конце 1918 года вновь началось наступление немецкой армии, и были заняты Прибалтика и Украина.
Ленин был готов отдать как Финляндию с Прибалтикой, так и Украину. В обстановке ожидания дальнейшего победного шествия мировой революции эта потеря казалась ему эфемерной: ради выигрыша во времени можно было пожертвовать пространством. При последнем голосовании при четырех воздержавшихся семь голосов было подано за принятие условий Германии и четыре — против. 3 марта 1918 года новая советская делегация подписала Брест-Литовский мирный договор, и Россия обрела долгожданный мир. Однако в стране начиналась гражданская война.
В марте 1918 года Ленин перенес столицу из Петербурга в Москву. До конца 1920 года деятельность Ленина как главы правительства проходила под знаком гражданской войны. Она продлилась в общей сложности три года, во время которых положение трижды было угрожающим для правления большевиков: в августе 1918 года, в октябре 1919 года и в мае 1920 года Ленин возложил ответственность за ведение войны против контрреволюционных сил на Троцкого, создателя Красной Армии, главы Реввоенсовета и военного комиссара, тогда как важные политические решения принимались в Совете Народных Комиссаров. Если Троцкий был в разъездах, с тем чтобы всегда иметь возможность энергично вмешаться в ход событий в самом центре военных действий и, как правило, всегда успешно, то Ленин в это время не покидал Москву. Однако Троцкий держал все нити в своих руках.
Непосредственная деятельность Ленина в этот период заключалась в реорганизации большевистской государственной системы в свете национализации предприятий, хозяйственного обеспечения, построения аппарата террора и организации мировой революции. Однако уже тогда, в разгар гражданской войны, он думал о будущем. Важнейшими задачами Ленин считал электрификацию всей страны и ликвидацию неграмотности.
Формально высшей властью в государстве являлся Всероссийский Центральный Исполнительный Комитет (ВЦИК), во главе которого стоял Свердлов. Однако в действительности советы вскоре стали инструментом большевистской партии, которая теперь называлась Всероссийской Коммунистической партией (большевиков).
Центральный Комитет партии также был поистине решающей инстанцией на государственном уровне.
Иностранцы в Петрограде значительно быстрее осознали рост влияния Ленина в России, чем его недруги в Англии, Франции, США, которые не имели с ним личных контактов Однако именно английский историк Кратвелл, чья книга «История великой войны» стала классической, дал одно из самых убедительных объяснений успехов Ленина в первые месяцы после возвращения в Россию: «Его удивительная способность сосредоточиться не была направлена только на идеализацию марксистского материализма, он искал и находил подходящие средства для достижения конкретной поставленной практической цели. Ленин — уникальное, единственное в своем роде явление среди революционеров. Он отличается от всех других тем, что удивительно сочетает в себе черты фанатика и генштабиста. Большевизм часто сравнивают с новой воинствующей религией. Если это так, то Ленина можно сравнить с Магометом или скорее даже с Лойолой. Ему удавалось одерживать верх благодаря глубоким знаниям, методичности и обезоруживающей логике, то есть качествам, редко встречающимся у русских».
Ленин был очень скромен в своих запросах и по-прежнему не употреблял алкоголя и табака. Наряду со всеми он придерживался правила, установленного им для своих сотрудников: «в государстве большевиков ни один чиновник не получает большую зарплату, чем квалифицированный рабочий на производстве». «Его кабинет в Кремле, — пишет английский философ Бертран Рассел, первым сравнивший большевизм с исламом, — был обставлен очень скудно; там находились большой письменный стол, несколько карт по стенам, две книжные полки и два-три жестких стула, а также удобное кресло для посетителей». Ленин «очень любезен и прост в обращении, без малейшей тени высокомерной замкнутости. Если взглянуть на него, не зная, кто он на самом деле, то никогда не догадаться, что он обладает неограниченной властью». 3 августа 1918 года Ленин выступал с короткой речью перед московскими рабочими.