Радикальной оппозицией была Коммунистическая партия, действовавшая в Португалии в глубоком подполье. Ею занималась тайная политическая полиция. В целом прямой угрозы режиму компартия не представляла. В каком-то смысле она даже сослужила ему неплохую службу, поскольку режим преувеличивал коммунистическую опасность и любил изображать себя единственной гарантией от захвата власти коммунистами в национальном и даже мировом масштабе. Оппозиционеров нередко бросали в тюрьмы и лагеря, было несколько случаев, когда на противников режима организовывались покушения. Но смертную казнь, отмененную в Португалии еще в шестидесятых годах XIX века, Салазар восстанавливать все же не стал.
Выборы 1958 года ознаменовали собой начало затяжного кризиса режима. Абсолютная власть Салазара над страной в каком-то смысле была видимостью. С поста премьер-министра его в любую минуту могли отправить в отставку, и двое из трех президентов, избранных в период диктатуры, всерьез задумывались над возможностью такого шага. Не была очевидной и преданность армии. После Второй мировой войны имели место несколько офицерских заговоров. В 1961 году заговор, возглавленный министром обороны генералом Ботельу Монишем, едва не привел к свержению режима.
В том же году захват группой оппозиционеров лайнера «Санта Мария» привлек к борьбе оппозиции внимание всего мира. В 1961 году были освобождены от португальского колониального господства Гоа, Даман и Диу. Наконец, вспыхнула национально-освободительная революция в Анголе, за которой вскоре последовали Гвинея-Бисау и Мозамбик.
Вдохновлявший заговорщиков влиятельный в военных кругах бывший президент республики маршал Кравейру Лопиш в 1963 году призвал найти реалистическое решение африканской проблемы. Антисалазаровские настроения особенно усилились в армии после гоанского кризиса 1961–1962 годов, когда, отказавшись от мирного урегулирования, правительство обрекло армию на поражение, а затем возложило ответственность на ее командование и предало ряд высших офицеров военному суду.
Этого удара по их самолюбию португальские военные не простили. В те годы многие наблюдатели стали предсказывать близкий конец салазаризма.
Однако они недооценивали решимость и цепкость португальской диктатуры, которая ответила репрессиями, массовыми арестами, разгромом общественных организаций (в том числе Союза писателей). В идеологическом отношении режим никогда не был ближе к своим «истокам»: нападки на оппозиционных интеллигентов, на «международную плутократию и еврейский капитал, навязывающие деколонизацию европейским народам», носили явно фашистский характер Завязывались контакты с европейскими праворадикальными организациями.
С другой стороны, салазаризм пытался выдать свою африканскую политику за «общенациональное дело», сыграть на колониалистских предрассудках. Салазар подчеркивал, что он остается у власти только из-за африканской войны.
Португальский премьер был опытным и ловким политиком, умело лавировавшим ежду разнородными группировками правящей элиты: республиканцами и монархистами, антиклерикалами и католиками, приверженцами индустриализации и «аграриями».
В 1964–1965 годах наметился известный спад демократического движения. Основными причинами были стабилизация военного положения в Анголе, а также новый экспортный бум в колониях, приносивших португальцам немалый доход. С другой стороны, португальское правительство приняло (хотя и в урезанном виде) некоторые положения «колониальной программы» либералов. Была несколько расширена компетенция местных законодательных собраний. Всем жителям империи дали права португальских граждан. Больше внимания стало уделяться народному просвещению.
Португальские колонизаторы стремились побыстрее создать африканскую элиту, на которую моглибы опереться.
Наконец, стремясь заручиться поддержкой извне, португальское правительство отказывалось от своего традиционного «протекционизма» и предоставило иностранному капиталу значительные льготы. Тем не менее начиная с 1961 года, Португалия находилась в почти полной изоляции в ООН и других международных органах. Ухудшились отношения с США: Салазар угрожал даже покинуть НАТО и отказался продлить срок соглашения об американских военных базах на Азорских островах.
В 1968 году, после вызванного падением со стула обширного кровоизлияния в мозг, Салазара фактически отстранили от власти. Однако его престиж был настолько высок, что никто не осмеливался сообщить престарелому премьеру, уже не слишком хорошо ориентировавшемуся в окружающей действительности, что он больше не премьер. В больничной палате Салазара до самой его смерти в 1970 году устраивались фиктивные «заседания Совета министров».