Не менее жестоко поступили и с лидером коммунистического движения Доминиканской Республики Фредди Вальдесом Его затащили на горную вершину, обвязали вокруг шеи веревку и столкнули в пропасть. Доведя таким образом Вальдеса до умопомешательства, его вернули в тюрьму, где лишь спустя несколько лет — 27 января 1950 года повесили.
Антикоммунизм был официальной идеологией режима, правившего в Доминиканской Республике. В марте 1936 года, несмотря на трения между двумя марионеточными государствами, Трухильо посетил Гаити и подписал гаитяно-доминиканскую конвенцию о борьбе с коммунизмом.
Трухильо пробовал влиять на внутреннюю жизнь Гаитянского государства. В 1941 году его поддержка и деньги помогли тогдашнему послу Гаити в Вашингтоне Эли Леско стать президентом Гаити. Они познакомились еще в 1933 году, когда Леско был министром внутренних дел Гаити. Прибыв в Санто-Доминго в качестве посла в 1934 году, Леско фактически поступил на службу к Трухильо. Генералиссимус воспылал безграничной любовью к посланнику соседней страны и даже подарил ему золотой револьвер и роскошный автомобиль. Особую щедрость по отношению к Леско Трухильо проявил, когда тот прокутил 35 000 долларов, полученных от своего правительства на закупку партии оружия. Трухильо покрыл недостачу.
К концу Второй мировой войны диктаторы по каким-то причинам превратились в смертельных врагов. В октябре 1944 года Трухильо пытался организовать убийство Леско, а в 1945 году, когда президент Гаити решил продлить свое пребывание у власти, Трухильо в отместку опубликовал свою переписку с ним за 1937–1945 годы, из которой следовало, что гаитянский президент действительно долгие годы был у доминиканского диктатора на содержании.
Когда власть на Гаити захватила военная хунта во главе с полковником Маглуаром, Трухильо поддержал узурпаторов. В феврале 1951 года Маглуар и Трухильо встретились и подписали совместное коммюнике о дружбе и борьбе против коммунизма.
Любопытная деталь, когда два президента по латиноамериканскому обычаю обнялись, чтобы похлопать друг друга по спине, Маглуар нащупал за поясом Трухильо пистолет 38-го калибра. Позднее Трухильо говорил, что трость, которую держал в руках Маглуар, была не чем иным, как замаскированным пистолетом.
Ничем не прикрытая жестокость Трухильо вызывала рост недовольства в стране. В 1954 году забастовал 20-тысячный коллектив одного из сахарных предприятий В 1956 году вспыхнуло вооруженное восстание, которое было жестоко подавлено. В 1958 году с участием военных был устроен правительственный заговор. В немалой степени активизации движения сопротивления диктатуре Трухильо способствовало то обстоятельство, что именно в то время, в конце 50-х, произошло падение диктаторских режимов в Перу, Колумбии, Венесуэле, на Кубе.
14 июня 1959 года в Констансе высадилась вооруженная группа патриотов-эмигрантов. Завязался бой с войсками Трухильо. Сам же диктатор обратился к народу и во всеуслышание заявил, что имеет место «кубинская агрессия». Была мобилизована 10-тысячная армия из резервистов. Одновременно Трухильо в срочном порядке стал закупать оружие, формировать «антикоммунистический иностранный легион».
В августе 1960 года в Санто-Доминго прибыли американские советники. По их рекомендации Трухильо Эктор оставил пост президента «по состоянию здоровья» и его сменил вице-президент Республики Балагер. Сам Трухильо был назначен представителем Доминиканской Республики в ООН (правда, туда он так ни разу и не выехал).
Однако политический кризис в стране не был решен. Конфликт лишь на время удалось притушить. После свержения диктатур в странах Латинской и Центральной Америки происходит смена политических элит. США это понимали и предложили Трухильо сменить правительство на новое, более респектабельное. Однако Трухильо не поддался уговорам и вступил в интенсивные переговоры со своими людьми в Вашингтоне. Тем временем в условиях кризиса диктатур по Бразилии, Чили, Никарагуа прокатились революции.
Властные круги в США поняли всю бессмысленность диктатуры Трухильо. В результате маневров госдепартамента с целью «оздоровления» обстановки в оппозиционных Трухильо кругах возник заговор. Операцию по устранению Трухильо взяло под контроль ЦРУ. Ее проведение было назначено на 30 мая 1961 года.
В этот день Трухильо отправился на автомобиле в одно из своих загородных имений. По пути следования кортежа была устроена вооруженная засада. Завязалась перестрелка, в которой Трухильо был убит.