В марте 1987 года принимается закон о политических партиях, что еще более улучшило имидж военного режима за рубежом. После этого часть оппозиции перешла на сторону режима.
На 5 октября 1988 года был назначен промежуточный плебисцит, предусмотренный Конституцией 1980 года.
После объявления о предстоящем плебисците глава хунты заверил будущих избирателей, что все политические силы, включая оппозиционные, получат право контролировать ход голосования. Власти отменили чрезвычайное положение, разрешили возвратиться в страну бывшим депутатам и сенаторам, руководителям некоторых левых партий, вожакам профсоюзов, объявленным ранее «государственными преступниками». Было разрешено возвратиться на родину и Ортенсии Бусси — вдове последнего законного президента Чили Сальвадора Альенде.
30 августа члены хунты после недолгих дебатов единогласно назвали кандидатом на пост президента страны Аугусто Пиночета. Самому Пиночету осталось лишь согласиться. «Править этой страной — удел, уготованный мне свыше» — эту точку зрения диктатора чилийцы не раз слышали в предвыборных выступлениях Пиночета в радио и телепрограммах.
Назначение главаря хунты единственным кандидатом, хотя и ожидавшееся, вызвало взрыв возмущения в самых широких кругах Чили. По всей стране прокатились стихийные манифестации и митинги. В столкновениях с карабинерами три человека погибли, 25 — получили ранения, 1150 демонстрантов подверглись аресту. Выдвижение кандидатуры диктатора отметили и его сторонники, которые собрались на площади у дворца «Ла Монеда».
Оппозиционные силы страны к моменту проведения плебисцита консолидировались, действовали более решительно и организованно. На заключительный митинг на Панамериканском шоссе собралось более миллиона человек — это была самая массовая манифестация за всю историю Чили. 16 оппозиционных партий призвали сказать «нет» Пиночету.
Предвыборная кампания ни в чем не изменила характер генерала: поездки по стране, встречи с толпами поддерживающих его кандидатуру. «Чили не есть и никогда не будет страной пролетариев!» Поддерживающие Пиночета владельцы поместий и предприятий ставили в известность своих рабочих о том, что, если Пиночет не пройдет на выборах, трудящиеся окажутся на улице.
Когда же опросы общественного мнения стали предсказывать победу оппозиции с преимуществом в 30 процентов, Пиночет стал проявлять явные признаки беспокойства. В ход пошли подачки и громкие обещания. Он объявил о повышении зарплаты служащим и пенсий по старости, снизил цены на хлеб и сахар. Выступая в Тальке, на юге страны, пообещал раздать крестьянам те земли, которые пока еще принадлежат государству.
5 октября 1988 года, как показали подсчеты, около 55 процентов избирателей подали свои голоса против диктатора. За предоставление возможности Пиночету находиться во главе Чили еще восемь лет высказалось тоже немалое количество избирателей — свыше 43 %. Однако этот в другой ситуации отрадный факт (поддержка со стороны более чем 3 миллионов чилийцев!) на этот раз не удовлетворил диктатора. Уже ночью с 5 на 6 октября во дворце «Ла Монеда», приостановив тревожную информацию о ходе плебисцита, члены хунты провели двухчасовое совещание по обсуждению случившегося. Но не призвать перевеса голосов в пользу оппозиции уже было нельзя.
Через две недели после плебисцита был смещен со своего поста близкий друг и соратник Пиночета — Фернандес. Теперь уже Серхио Фернандеса считают чуть ли не главным виновником потери победы. Вместе с Фернандесом глава хунты сместил еще восемь министров, проведя таким образом крупную «чистку» в правительственном кабинете. По мнению диктатора, эти люди были во многом «виноваты» в неблагоприятном исходе голосования. Выступая по радио и телевидению, Пиночет оценил итоги голосования как «ошибку чилийцев», однако заявил, что признает вердикт избирателей и будет уважать результаты голосования. Важно подчеркнуть, что, формируя новый кабинет министров, Пиночет не ввел в него ни одного представителя военно-воздушных сил и карабинеров.
В конце 1989 года в Чили состоялись президентские и парламентские выборы. В преддверии их была создана коалиция «Согласие во имя демократии», в которую вошли 17 оппозиционных партий от социалистов до консерваторов. Кандидатом в президенты от коалиции стал председатель ХДП Патрисио Эйлвин. От сил, поддерживающих генерала Пиночета, был выдвинут Эрнан Буччи, бывший министр финансов, именно ему в заслугу ставили быстрый экономический рост последних лет.