В 1959 году Маркос избирается в Сенат. Он становится «признанным лидером Севера», в особенности илоканцев, третьей по численности национальной группы, составляющей 10 процентов населения страны. Будучи членом Конгресса, он имел возможность в непосредственной близости наблюдать деятельность трех президентов страны: Элпидио Кирино (1948–1953), Рамона Магсайсайя (1953–1957) и Карлоса Гарсия (1957–1961). В качестве вице-президента Либеральной партии он был одним из руководителей оппозиции по отношению к Диосдадо Макапагалу, своему непосредственному предшественнику, избранному в 1961 году.
В 1963 году Маркоса избирают президентом Сената. Его предвыборная кампания 1965 года планировалась как крупномасштабная военная операция. Он выступал с зажигательными речами об «этике свободы — не свободы уединения, а свободы борьбы».
Три срока в Палате представителей, один — в Сенате, руководство Либеральной партией, прекрасное происхождение, героическая биография, красавица жена, трое милых детей, которым он, несмотря на свою занятость, уделяет много внимания, — все это делало Маркоса несомненным претендентом на президентский пост.
В ноябре 1965 года Маркос победил на выборах своего соперника Д. Макапагала, в мгновение ока изменив своей партии и став кандидатом Националистической партии, тем самым поставив своеобразный рекорд филиппинского политиканства.
Приняв «руководство нацией в кризисной обстановке» 30 декабря 1965 года, (дата официального принятия присяги), филиппинский президент заявил в своем первом послании Конгрессу: «Нам не следует надеяться на чью-либо помощь. Мы должны рассчитывать только на самих себя, чтобы собственным трудом поднять экономику, улучшить условия жизни народа, проводить политику национальной консолидации внутри страны и независимую внешнюю политику». Из мероприятий, принятых в первый срок пребывания Маркоса у власти, выделяется «программа развития инфраструктуры», которая в отличие от прежней экономической политики в равной степени затронула все основные острова Филиппинского архипелага.
Переизбранный в 1969 году подавляющим большинством голосов на второй срок (ему противостоял на этот раз Серхио Осменья-младший, сын первого вице-президента), Маркос провозгласил намерение решить наиболее серьезные и трудные проблемы: ликвидировать бедность, социальное неравенство, преодолеть застой в сельскохозяйственном производстве. Он начал проведение активной «личной дипломатии», отказавшись поддержать политику «холодной войны» и поставив целью консолидацию региона Юго-Восточной Азии.
Обострились до предела его отношения с Конгрессом и политическими партиями. Манилу захлестнула волна насилия, организованной преступности. В этих условиях 21 сентября 1972 года президент провозгласил чрезвычайное положение на территории всей республики.
Уже в 1973 году Маркосу удалось достичь благоприятного баланса во внешней торговле, увеличить на 60 процентов налоговые поступления, разработать и осуществить начальный этап радикальной земельной реформы, создать широкую политическую и административную базу для дальнейших преобразований и преодоления общего экономического застоя. Наиболее значительным мероприятием его правительства стало создание Национального управленияэкономики и развития, на которое было возложено плановое руководство экономическими процессами (его председателем стал сам президент). Основным направлением экономической политики был провозглашен «экономический национализм». Характеризуя ситуацию начала семидесятых как «возмущение бедноты», Маркос объявил о программе создания «нового общества — общества равноправия» и о «новой социальной ориентации» для улучшения жизни семей с низкими доходами (от 1000 до 3000 песо в год) посредством земельной реформы, увеличения занятости, повышения зарплаты.
Действительно, за 5 лет строительства «нового общества» госбюджет вырос в 4 раза и достиг к 1978 году 32,8 миллиарда песо, к 1984 году планировалось в основном завершить электрификацию всех 1414 городов и 34 000 деревень страны. Маркос призывал совершить «демократическую революцию из центра» с перераспределением частной собственности и богатства. «Наше общество должно выбрать, — заявил в те дни филиппинский президент, — между демократизацией богатства и его уничтожением. Нашему обществу необходимы коренные, фундаментальные намерения. И следовательно, революция неизбежна». Провести ее он предлагал мирными средствами, обеспечив «преобладание прав человека для всего народа над правами немногих».