Государственный переворот произошел 25 января. По декрету № 1, опубликованному 2 февраля, Амин становился главой государства, верховным главнокомандующим вооруженными силами страны, а также начальником штаба обороны. Он возглавил совет обороны, созданный еще при Оботе. На первом же заседании кабинета министров Амин присвоил всем министрам офицерские звания и выделил им по черному «мерседесу» с надписями на дверцах: «Военное правительство». На первом заседании Амин произвел впечатление демократа, позволив каждому высказаться.
Первым делом Амин убедил вождей бугандийцев в том, что именно он спас короля Мутесу II, позволив ему скрыться. Амин освободил политических заключенных, арестованных при Оботе и вернул на родину тело короля для погребения.
Ритуальная церемония получилась роскошной. Щедрость бугандийцев произвела неизгладимое впечатление на Иди Амина. Вообще, первая половина 1971 года проходила под знаком всеобщей эйфории в стране. Амин много ездил по стране и выступал перед народом. Но террор не заставил себя ждать. Его первыми жертвами стали офицеры, оказавшие сопротивление Амину во время переворота. За три недели уничтожено более 70 офицеров. Бывший начальник штаба армии, бригадир Сулейман Хуссейн, был брошен в тюрьму, где его забили ружейными прикладами. Голову бригадиру отсекли и привезли в новый роскошный дворец Амина в Кампале. Президент поместил ее в морозильную камеру своего холодильника. Иногда он доставал голову Хусейна и беседовал с ней.
В течение пяти месяцев Амин уничтожил почти всех лучших офицеров армии. Однако от народа Уганды это скрывалось. По официальной версии, некоторые офицеры были осуждены военным судом и казнены за предательство. На освободившиеся армейские должности Амин назначил людей из родного племени каква. Повара, водители, дворники и телеграфисты превратились в майоров и полковников.
Террор осуществлялся армейскими подразделениями, где Амин опирался на унтер-офицеров — людей примерно равного с ним образования и кругозора. Сам Амин любил повторять: «Я не политик, а профессиональный солдат. Поэтому я — человек немногословный, и в своей профессиональной карьере я всегда был очень краток».
Он быстро продвигал своих любимцев на офицерские должности. Он никогда не фиксировал таких назначений письменно, а просто говорил: «Ты капитан» или: «Ты теперь майор».
По спискам вылавливали людей, имена которых начинались на «О» — это означало принадлежность к народу ачоли и ланги, составлявших основу армии Оботе. Целая серия убийств солдат и офицеров — ланги и ачоли — была совершена в казармах в разных частях страны. А вслед за ними — первое убийство тех, кто попытался предать эти события гласности. Речь идет о двух американцах — Н. Строу и Р. Сидле. Один из них был свободным журналистом в Африке, другой — преподавателем социологии в Макерере.
Через три месяца число жертв превысило десять тысяч. До переворота Амина в угандийской армии насчитывалось примерно 5000 ачоли и ланги. Через год их осталось не более тысячи. Неподалеку от водопада Каруме на реке Виктория Нил расположен крокодилий садок. Хищникам скармливали труппы жертв террора.
В течение года Уганда сделалась банкротом. Национальный банк получил распоряжение печатать миллионы не имеющих ценности банкнот. Таким образом глава государства затыкал бреши в экономике, а оставшиеся долларовые и стерлинговые ресурсы использовал по своему усмотрению.
Второй год правления Амина был отмечен двумя событиями, получившими международный резонанс. Во-первых, разрывом отношений с Израилем и переориентацией на союз с арабскими странами. Еще незадолго до этого, в 1971 году, Амин нанес в Израиль один из своих первых зарубежных визитов в качестве правителя Уганды. А уже в начале следующего года последовали яростные нападки Амина на израильскую политику в арабском мире.
Ближайшим другом Амина стал ливийский лидер Муамар Каддафи, которого угандийский диктатор посетил в феврале. Каддафи, заинтересованный в уменьшении влияния Израиля в Африке, пообещал Амину солидную помощь — материальную и военную. Лидер Уганды разразился гневными тирадами и яростными выпадами против Израиля и Штатов, театрально выставив из страны небольшую группу израильских инженеров-строителей. Амин открыл в Кампале представительство Организации Освобождения Палестины.
Диктатор публично заявил о своем восхищении политическим кумиром Каддафи — Адольфом Гитлером и выдвинул проект возведения мемориала Гитлеру в самом центре Кампалы.