8 февраля 1963 года ПАСВ во главе созданного ею «Социалистического блока» (в который, наряду с ней, вошли несколько иракских юнионистских организаций) захватила власть в Багдаде. На следующий же день Касем был расстрелян. Баасисты, продержавшиеся у власти девять месяцев, превзошли своей жестокостью и беспощадностью коммунистов, безжалостно сводя счеты с последними и их сторонниками. Десятки тысяч человек из всех слоев общества оказались в концентрационных лагерях.
В первые же дни после переворота Саддам вернулся в Багдад. Здесь он был назначен на почетный и достаточно высокий пост члена Центрального крестьянского бюро, но до верхнего слоя партии, ее правящей элиты, было еще очень далеко.
Саддам тщательно изучает опыт коммунистического движения, уделяя особое внимание вопросам организационной структуры партии, вникает в сталинские методы установления контроля над партийным и государственным аппаратом.
Феномен Хусейна возник не в силу его влияния на офицерский корпус, а благодаря контролю над аппаратом партии. Его сила заключалась в организаторском таланте, позволившем создавать строгую партийную структуру, подбирать и расставлять исполнительных, дельных и преданных людей, плести хитроумные интриги против опасных соперников и устранять их, умело использовать племенные, клановые, региональные и семейные связи и противоречия. При этом он не был разборчив в средствах, ставя превыше всего дело партии и идеи баасизма.
В качестве активного члена партии С. Хусейн принимал участие во всех баасистских собраниях, что дало ему возможность стать заметной фигурой на региональном съезде, где он был избран делегатом на национальный форум.
VI общеарабский съезд ПАСВ имел определяющее значение в политической карьере Хусейна. Его деятельность на партийном форуме не могла остаться незамеченной, и, более того, она произвела сильное впечатление на Мишеля Афляка — основателя и генерального секретаря партии. Старейшина партии увидел в Саддаме именно те качества, которых ему самому не хватало для роли идеального лидера Исповедуя те же принципы и правила, что и Афляк, Хусейн, прежде всего, был человеком действия.
Через несколько недель после общеарабского съезда ПАСВ сбылось предсказание Саддама, высказанное им на этом форуме: в ноябре произошел очередной военный переворот, возглавляемый генералом Арефом.
После свержения баасистов, перешедших на нелегальное положение, продолжилась острая борьба между различными фракциями и группами ПАСВ. В это время Саддам приступает к созданию фактически новой партии. В сложных условиях подполья баасисты под руководством С. Хусейна сумели, в определенной мере, консолидировать свои силы и совершили две попытки захвата власти в Багдаде, правда неудачные. С. Хусейн был арестован, закован в кандалы и заключен в одиночную камеру. Вместе с другими партийными функционерами в июле 1966 года он совершает побег.
Хусейн вновь с энергией и настойчивостью приступил к перестройке и восстановлению первичных организаций — халька (кружков) и фирка (групп), а на их основе — общей структуры партии. На ее чрезвычайном региональном съезде, проходившем в условиях исключительной секретности в сентябре 1966 года, секретарем партии стал аль-Бакр, а его заместителем — Хусейн. Он был ответствен за деятельность багдадской, а также женской и крестьянской организаций ПАСВ Но более существенным являлось то, что ему было поручено возглавить Специальный аппарат (аль-Джихаз аль-Хас) партии. Этой организации, известной первоначально лишь узкому кругу партийных функционеров под кодовым наименованием «Джихаз ханин», предстояло сыграть исключительную роль в жизни не только Саддама и партии, но и всей страны. «Ханин» была детищем Саддама, его изобретением, к созданию которого он приступил еще в 1964 году, вскоре после того, как стал членом регионального руководства партии. Это был тайный аппарат, состоявший из наиболее преданных кадров и занимавшийся вопросами разведки и контрразведки. В известном смысле, саддамовский Специальный аппарат стал своеобразным прообразом, ядром будущего баасистского режима в Ираке, постепенно расширяя свою структуру и устанавливая контроль над всеми сферами общественной жизни.
17 июля 1968 года ПАСВ при поддержке офицеров-небаасистов совершила успешный переворот, устранив Арефа. А 30 июля баасисты отстранили своих союзников-насеристов в результате второго, уже «домашнего», тщательно подготовленного переворота. Верховная власть в стране перешла к Совету Революционного командования (СРК) во главе с аль-Бакром, генеральным секретарем ПАСВ, который также занял посты президента страны и верховного главнокомандующего. С. Хусейн как помощник генеральногосекретаря партии стал заместителем председателя СРК, твечающим за внутреннюю безопасность.