Полиция, разведка и контрразведка Фуше действовали повсеместно. Они проникли и в армию, где тоже существовали антинаполеоновские настроения.
Прославленный республиканский генерал Моро не участвовал в заговорах, это подтверждала Фуше крутившаяся вокруг генерала агентура, но сам факт, что этот генерал, выйдя в отставку, был независим, являлся протестом против диктатора.
Главнокомандующий западной армией генерал Бернадотт не скрывал своего недовольства. Агентам Фуше не удалось установить, участвовал ли он в подготовке заговора, но на всякий случай начальник его штаба Симен и адъютант Марбо были арестованы.
Известно ещё несколько заговоров, раскрытых Фуше. Они имели целью покончить с первым консулом путём убийства или насильно навязанной ему дуэли. Важнейшим из них был заговор, в котором приняли участие генералы Донадье и Дельма, полковник Фурнье и другие офицеры. Дельма спасся, а остальные были арестованы.
Бонапарт старался скрыть от общества все эти заговоры (о них стало известно лишь позднее). Поступал он так для того, чтобы и Франция и Европа считали, что народ полностью и безусловно одобряет политику гениального человека, прокладывающего себе путь к престолу.
В 1800–1801 годах повсеместно действовали чрезвычайные трибуналы для борьбы с роялистами и республиканской оппозицией. Однако активность роялистов-эмигрантов, подогреваемая стремлением Англии убрать Наполеона, нисколько не уменьшалась.
Весной 1800 года полиция Фуше вскрыла заговор шуанов (вооружённых сторонников Бурбонов), предполагавших напасть на конвой, сопровождавший Наполеона по пути из Парижа в Мальмезон, и похитить первого консула.
Фуше заслал двух агентов к вождю шуанов Кадудалю, чтобы отравить его. Но Кадудаль оказался весьма проницательным и без труда разоблачил агентов. Обоих повесили на деревьях в назидание другим. Сам Кадудаль почувствовал опасность и бежал в Англию, где продолжал организовывать антинаполеоновские заговоры.
Примерно в то же время до Франции дошло известие об убийстве в Петербурге императора Павла I, стремившегося наладить добрые отношения с Францией. Полагая, что движущая сила заговора находится в Лондоне, Наполеон заявил: «Англичане промахнулись по мне в Париже 3 нивоза, но они не промахнулись в Петербурге!» Он дал указание Фуше усилить работу против англичан и против роялистов, находившихся в эмиграции. Фуше охотно выполнил это поручение Наполеона.
Чтобы не возвращаться больше к этому вопросу, заметим, что агентурой Фуше было пронизано всё французское общество, вся Франция. Его агенты находились при всех европейских дворах, во всех эмигрантских центрах.
Бороться с английскими спецслужбами было непросто, прежде всего потому, что они были прекрасно организованы и располагали большими деньгами. У высокопоставленных деятелей наполеоновского режима можно было легко покупать жизненно важные сведения. Иногда англичан подводила их вера во всемогущество денег. Полномочный министр Дрэйк, аккредитованный при баварском дворе в Мюнхене, подкупил директора баварской почты, обеспечив себе доступ ко всей французской корреспонденции. И всё же он скомпрометировал себя, вздумав воспользоваться услугами человека, оказавшегося агентом Фуше. Дрэйк хорошо платил ему за информацию, оказавшуюся ложной, в то время как упомянутый агент выудил у самого Дрэйка важные конфиденциальные документы, которые Наполеон не замедлил опубликовать.
У Англии была целая армия наёмных шпионов, и со всех концов европейского континента в Лондон рекой лилась информация. Английские агенты прибегали к самым разнообразным уловкам для пересылки сведений. Полиция Фуше перехватила и расшифровала письмо, написанное сплошь нотными значками и по внешнему виду выглядевшее как невинный музыкальный этюд. Английская разведка использовала различные способы шифровки. В архивах хранится секретный доклад министра полиции Фуше Наполеону, в котором сообщается, что по сведениям полиции специальные термины, заимствованные из области музыки и ботаники, английской секретной службой больше не будут употребляться; впредь же в постоянных кодах она будет пользоваться терминами из области часового мастерства, хозяйственного обслуживания и кулинарии.
Особенно усердствовала английская разведка в годы континентальной блокады. К этому времени уже действовала тайная система транспорта и связи, беспрецедентная по своему объёму, сложности и рискованности. Сообщение с Англией ещё со времён революции и директории являлось преступлением, которое вплоть до 1814 года военный трибунал карал беспощадно. Вместе с тем оно стало выгодным промыслом для жителей приграничных районов, рыбаков, матросов, контрабандистов. Дело было поставлено на широкую ногу. Английским и роялистским агентам удалось подкупить муниципалитет Булони, который стал выдавать фальшивые паспорта. Об этом доложили Фуше. Разгневанный министр полиции направил в Булонь агента Манго, которого он называл своим «громаднейшим бульдогом»; и тот вскоре разоблачил и ликвидировал это «предприятие».