Генерал Жан Виктор Моро присоединился к русской армии. 27 августа 1813 года, к концу битвы под Дрезденом, ядро, упавшее посреди главного штаба императора Александра, раздробило Моро оба колена. Умирая и проклиная себя, он воскликнул: «Как! Мне, мне, Моро, умереть среди врагов Франции от французского ядра?!»
Раскрытие и ликвидация заговора подняли авторитет Фуше в глазах Наполеона. В отсутствие императора он иногда фактически правил страной.
Он продолжал руководить полицией и разведкой, ведал агентурой и проводил то, что в разведке называют «активными мероприятиями». Например, во время кампании 1807 года, с целью столкнуть венгерское население с австрийцами, распространил среди венгров газеты, доказывавшие, что Австрия и Англия обманывают их.
Ещё со времени Эрфуртского конгресса 1808 года Фуше вместе с Талейраном втайне строили козни против императора. Эту игру они начинали всякий раз, когда им казалось, что жизнь или судьба императора находится в опасности. Они принимались изыскивать средства, чтобы самим заменить его или заменить другим лицом, или, в случае надобности, устранить его, ускорив его гибель, чтобы успеть самим спастись при крушении империи. Один из таких заговоров они устроили, когда Наполеон отправился в Испанию в 1808 году. Они организовали за кулисами новое правительство, во главе которого должны были стоять оба, а Мюрат лишь формально представлял бы власть.
Меттерних узнал об этом заговоре и сообщил о нём своему правительству, а Наполеону были переданы перехваченные письма. Разгневанный, он вернулся в Париж, но в результате… простил заговорщиков. Однако его терпению пришёл конец, и Наполеон всё же сместил с поста министра полиции такого изобретательного, ловкого и отлично осведомлённого человека, как Фуше. В 1810 году он решил заменить его на туповатого, но исполнительного генерала Рене Савари, герцога Ровиго.
Смена министров не обошлась без скандала, о котором мы расскажем в очерке о Савари, и завершилась письмом Наполеона в адрес Фуше:
«Господин герцог Отрантский, ваши услуги больше не могут быть угодны мне. Вы должны в течение 24 часов отбыть к месту вашего нового назначения».
Новому министру полиции было поручено проконтролировать, чтобы Фуше немедленно покинул страну.
Но карьера Фуше на этом не завершилась. С падением Наполеона Фуше вернулся в политику. Власть Бурбонов угрожала его положению. Чтобы успешнее обороняться, он, как и другие политики, начал нападать на правительство. Когда ему не удалось пройти в палату пэров, а король Людовик XVIII не пожелал иметь с ним дело и назначить министром, он стал во главе заговора, целью которого был насильственный переворот в пользу герцога Орлеанского (Фуше был против призвания Наполеона). Осуществление заговора совпало со «Ста днями» Наполеона. Когда император победил, Фуше объявил себя его приверженцем. Он сделал вид, что его заговор был в пользу Наполеона, и тот вновь назначил Фуше министром полиции. Наполеон оставил его при себе скорее всего для того, чтобы лучше следить за ним, но тем самым «поселил змею под своей подушкой»!
При отречении Наполеон, объявив императором своего сына Наполеона II, передал власть временному правительству во главе с Фуше, всячески старавшимся добиться согласия французов на возвращение Бурбонов.
После реставрации Фуше всеми способами стремился показать свою приверженность королю Людовику XVIII. Он принялся с усердием преследовать бывших сторонников Наполеона. По своей инициативе опубликовал список пятидесяти семи опальных деятелей, подлежавших розыску.
При формировании нового правительства 6 июля 1815 года Людовик XVIII назначил Фуше министром полиции. Было создано так называемое «министерство Талейрана — Фуше».
8 июля того же года Людовик XVIII въехал в Париж «во главе англичан и пруссаков, имея по одну сторону преступление, а по другую порок». Так французский историк, писатель и государственный деятель Шатобриан характеризовал Фуше и Талейрана.
Роялисты были возмущены тем обстоятельством, что в совете министров заседает «цареубийца» Фуше. Многочисленные протесты заставили короля уже через пару месяцев отказаться от этого назначения. Фуше был отрешён от должности и 19 сентября направлен в «почётную ссылку» — посланником при дрезденском дворе.
Его дальнейшая жизнь ничем не примечательна. Меттерних преследовал его, и в условиях господства «Священного союза» никаких перспектив на возобновление карьеры у Фуше не было. Он писал мемуары, но так и не закончил их. 26 декабря 1820 года на шестьдесят втором году жизни он скончался в Триесте.