Летом 1957 года Киссинджер возвратился в Гарвардский университет на преподавательскую работу. В 1959 году он стал доцентом, а в возрасте тридцати девяти лет, — профессором. Киссинджер работал по совместительству советником по международным вопросам в фонде братьев Рокфеллеров, а затем на посту директора так называемого «Проекта специальных исследований», созданного для выработки рекомендаций для политического руководства страны по ряду основных внутренних и внешнеполитических проблем США. Возглавив этот «Проект», Киссинджер получил возможность общаться с крупными дипломатами, бывшими государственными деятелями, учеными, бизнесменами. Он принял участие в работе Комиссии по проблемам национальной безопасности.
В 1961 году Киссинджер издает еще одну книгу — «Необходимость выбора: перспективы американской внешней политики», в которой снова ратует за наращивание американского арсенала тактического ядерного оружия, за усиление обычных вооруженных сил для ограниченных войн. Он публикует многочисленные статьи по вопросам внешней и военной политики США в самых разнообразных изданиях — как американских, так и западноевропейских.
К этому времени он успел обзавестись семьей, женившись на Энн Флейшер. У него появилось двое детей — мальчик и девочка. Светская жизнь и содержание семьи требовали все больше средств, которые Киссинджер мог получать лишь в виде гонораров за лекции и статьи, поскольку ни он сам, ни его родители не обладали состоянием.
В 1965 году появляется его очередная книга — «Беспокойное партнерство: пересмотр Атлантического союза». Автор признает возросшую роль западноевропейских стран в рамках НАТО и призывает американскую сторону полнее учитывать этот факт.
25 ноября 1968 года Киссинджер был принят только что избранным президентом Никсоном, который предложил гарвардскому профессору занять в его администрации пост помощника президента по национальной безопасности.
Киссинджер стал ключевой фигурой в администрации в плане подготовки различных вариантов внешнеполитических решений, предлагавшихся для окончательного выбора президенту. Возможность подбирать варианты решений означает влияние на сами решения, так как человек, подготавливающий варианты, просто может не давать тех альтернатив, которые он считает неприемлемыми, писал исследователь деятельности Киссинджера Ч. Эшмен.
Выступив инициатором создания разветвленной системы комитетов и захватив в них руководящие позиции, Киссинджер по существу стал председателем Совета национальной безопасности (СНБ), поскольку основные внешнеполитические вопросы обсуждались в этих комитетах, а не на заседаниях собственно СНБ. Зачастую решения по важнейшим внешнеполитическим проблемам принимались лично президентом и Киссинджером, а также ближайшими помощниками последнего.
Киссинджер руководил переговорами по вьетнамской проблеме, по американо-советским и американо-китайским отношениям, по ближневосточной проблеме и по целому ряду других направлений внешней политики США. Посол СССР Анатолий Добрынин вспоминал о нем: «Он был деловит, четок и не избегал разговора по конкретным вопросам… при переговорах Киссинджер мог причинять головную боль, но он никогда не был скучен или бюрократичен».
С января 1969-го по сентябрь 1972 года он совершил 29 поездок в 26 стран, участвовал в 140 встречах Никсона с лидерами иностранных государств. Именно Киссинджер подписал в январе 1973 года от имени президента соглашения о восстановлении мира во Вьетнаме и был удостоен Нобелевской премии мира.
Особое внимание Никсон и Киссинджер уделяли отношениям с Советским Союзом. Как писал Киссинджер в мемуарах, западноевропейские союзники США, улучшая отношения с Советским Союзом и другими социалистическими странами, пытались играть роль своего рода «моста» между СССР и США, выходя при этом все больше из-под американского контроля. И чем больше Вашингтон упорствовал в сохранении своего «жесткого курса» в отношении СССР, тем более независимой становилась дипломатия западноевропейских государств. Киссинджер решил, что возникла реальная опасность того, что при отсутствии конструктивных действий с американской стороны Советский Союз может еще больше упрочить свои отношения с западноевропейскими государствами, увеличив тем самым политический разрыв между последними и Соединенными Штатами.
В 1971 году в результате длительных переговоров четырех держав — СССР, США, Франции и Англии — было подписано соглашение, определявшее статус Западного Берлина, что привело к значительному смягчению обстановки в Европе.