Однако не все похвалы были безоговорочными. Как писал критик, сделавший краткий обзор мнений о повести, многие положительные отзывы были «несколько двусмысленного свойства, и их точнее всего можно характеризовать выражением „начали за здравие, а свели за упокой“» (П. Перцов. Изъяны творчества… — «Русское богатство», 1893, № 1, стр. 63). В повести увидели множество недостатков. Некоторые приписывались Чехову искони (объективизм, неумение справиться с большой формой); находили и новые. Если оставить в стороне упреки «Гражданина» в очернении Чеховым российской действительности («Откуда автор взял этот мертвый город?..»), то главное обвинение, которое было предъявлено автору, состояло в том, что в его повести нет осмысления им самим же нарисованных картин, нет ясной, четко и однозначно выраженной авторской идеи. Автор, считал Скабичевский, «слишком объективировался <…>, предоставляя читателям самим прийти к заключениям, какие явствуют из повести» («Новости и биржевая газета», 1892, № 334, 3 декабря). Приблизительно эту же точку зрения высказывал и Михайловский. По его словам, Чехов предоставляет читателям комбинировать «полученные при чтении впечатления на свой собственный страх и с риском ошибиться относительно целей и намерений самого автора, относительно того — в чем сам он видит интерес рассказа» («Случайные заметки». — «Русские ведомости», 1892, № 335, 4 декабря). Михайловский противопоставлял повести Чехова рассказ В. М. Гаршина «Красный цветок», в котором «все ясно, определенно». Совершенно присоединялся к позиции своего идейного руководителя сотрудник «Русского богатства» Перцов: «Смысл произведения страдает неясностью и не поддается определенному истолкованию» (1893, № 1, стр. 64).
Высказывание критика «Нового слова» Голосова, что «у Чехова, несмотря на всю его, в общем, большую объективность и бесстрастие, можно все же указать его авторское отношение к событиям и героям» (стр. 375), осталось одиноким.
Мнение о «Палате № 6» как произведении, не содержащем единой и четкой авторской мысли, распространилось; хулители сошлись здесь с хвалителями, лагери смешались: «Гражданин» и «Московские ведомости» в этом были заодно с «Русским богатством», «Новостями» и «Русскими ведомостями». В этом плане критиковал «Палату № 6» и Суворин (см. письмо Чехова Суворину от 25 ноября 1892 г.).
В повести старались обнаружить прямые оценки самого автора, центральных героев пытались разделить на тех, кто высказывает его идеи, и других, кого автор безусловно осуждает. Невозможность сделать это ощущалась как очевидный недостаток. Скабичевский замечал, что автор «ни разу не промолвился, какая основная мысль рассказа и какого мнения он о своем герое» («Новости и биржевая газета», 1892, № 334, 3 декабря). Михайловский также отмечал «иронические нотки», мешающие читателю «обнять душой» «настоящих страдальцев». Приведя рассказ Рагина о себе, М. Южный недоумевал: «Самое странное во всем этом бесспорно то, что никак не уловишь, что все это означает: есть ли это со стороны автора тонкая, ядовитая ирония над современным Кифой Мокиевичем <…> или же автор и впрямь принимает своего героя за гордого страдальца <…>, которому мировая скорбь терзает сердце? <…> Автор себе самому не уяснил этого вопроса, и оттого это колеблющееся отношение к своему герою: то он будто возводит его на пьедестал мученика, то будто посмеивается над ним. И чем дальше подвигается рассказ, тем эта двойственность в отношении автора к изображаемому им лицу выступает резче и резче» («Гражданин», 1892, № 325, 24 ноября).
Сложность, необычность авторской позиции по отношению к героям («то будто возводит на пьедестал, то будто посмеивается») в сравнении с предшествующей литературной традицией была замечена большинством критиков повести. Но как новое литературное качество это не расценивалось.
М. А. Куплетский утверждал, что в основе повести лежит «ложная мысль»: «умственно здоровых людей и сумасшедших различить почти невозможно и что все люди в некотором роде сумасшедшие» (М. К-ский. Журнальная хроника. — «Сын отечества», 1892, № 337, 10 декабря).
Скабичевский значительную часть своих двух фельетонов о «Палате № 6» («Новости и биржевая газета», 1892, №№ 334, 341, 3 и 10 декабря) посвятил раскрытию основной идеи повести, заключающейся, по его мнению, в том, «что десятки, сотни сумасшедших гуляют на свободе потому, что наше невежество не способно отличить их от здоровых <…> Вы положительно теряете сознание, кого в этой среде можно считать здоровыми, кого душевнобольными людьми, где кончается палата № 6 и начинается область якобы здравого смысла?..» (№ 341). Такое изображение было оценено им высоко, но два года спустя Скабичевский эти же самые черты повести оценивал уже иначе, считая их «обещанием будущего декадентства» («Литературная хроника». — «Новости и биржевая газета», 1895, № 274, 5 октября).