Михайловский, считая, что сказать, который из героев «доктор и который сумасшедший, довольно <…> трудно», в целом в понимании повести оказался близок Скабичевскому: «Может быть, значит, сумасшедший Иван Дмитрич прав, когда изумляется, почему он в больнице, а другие, в том числе и доктор, гуляют на свободе? Может быть, и доктор прав, отвечая, что тут нет логики, а одна только пустая случайность? Может быть, здесь именно лежит центр всего рассказа г. Чехова» («Русские ведомости», 1892, № 335, 4 декабря).
Многие видели в повести критику философии равнодушия, непротивления — «крушение философии квиетизма» (Перцов), осуждение пассивности и созерцательности (Ю. Николаев), ведущих «к погибели самого философа» и увеличивающих страдания «окружающих его» (Голосов). Наиболее подробно эта мысль развивалась в большой статье Меньшикова «Без воли и совести» («Книжки Недели», 1893, № 1). По мнению Меньшикова, Андрей Ефимыч, представляющий собой «в нравственном смысле дальнейшую, несравненно более низкую стадию вырождения» обломовского типа, уже не угрызающегося совестью, «просто не хочет помочь несчастным <…> Это болезнь не воли, а <…> болезнь совести» (стр. 212).
Меньшиков впервые высказал мысль, получившую столь широкое распространение в позднейшей (посмертной) чеховской критике, — о направленности повести против принципа «непротивления злу». Но, в отличие от последующих авторов, он считал, что доктор Рагин — носитель лишь «ходячего», упрощенного понимания непротивления, «в котором Лев Толстой <…> неповинен. Знаменитая формула имеет другой, глубокий смысл» — «нравственную борьбу со злом». Андрей Ефимыч и ему подобные «только мнимые непротивленцы злу. На самом деле это пособники злу» (стр. 221).
Вокруг повести сталкивались литературные мнения; толкования были различны. Особенно это выявилось, например, когда повесть была втянута в орбиту полемики, связанной с начинающимся русским декадентством.
Если Скабичевский считал, что в повести есть «сигнал к психиатрической беллетристике», «обещание будущего декадентства», то Волынский (признавая в целом достоинства повести), напротив, провозгласил ее апофеозом умеренности и здравого смысла: Чехов, внушая читателям, что психически здоровый Громов — сумасшедший, поддается «мнению большинства читателей», «ненавидящих <…> свистящие удары безумной критики», держащихся «во всем середины», боящихся всякого стремления «к правде безусловной, окончательной», к «последним, крайним выводам» и считающих это сумасшествием. Эта же мысль усматривалась критиком и в изображении второго центрального персонажа — Андрея Ефимыча. «…он сумасшедший! Кто всю жизнь философствует и разум ставит выше всего на свете, не может быть назван нормальным человеком! <…> Г. Чехов ударил по открытому, совершенно беззащитному нерву русской жизни, и тихий, осторожный смех его над собственным философствующим героем сольется с громким, раскатистым хохотом над философствующими людьми всей разнузданной интеллигентной черни» («Литературные заметки». — «Северный вестник», 1893, № 5, стр. 137). В связи со всем этим идея «Палаты № 6» представлялась Волынскому «узкою и фальшивою».
«Литературные заметки» (и не только в части, касающейся Чехова) были встречены в штыки. «Г. Волынский находит узкую тенденцию, — писал в «Новом слове» (1894, № 1) Голосов. — Я не усматриваю ровно никакой тенденции, а вижу прекрасную идею» (стр. 360). Меньшиков, найдя у Волынского «все внутренние признаки декаданса», резко критиковал его выводы. «Ненависть к нормальному, здравому смыслу, это приписыванье только расстроенному уму стремления к правде — характерная черта декадентов» («Критический декаданс». — «Книжки Недели», 1893, № 7, стр. 221). Меньшиков оспаривал вывод Волынского, будто Чехов считает выражение протеста, высказывание правды прерогативой душевнобольных.
Позднейшая критика во многом повторяла мнения первых рецензентов «Палаты № 6». Об осуждении в повести пассивности, пессимизма, равнодушия («формализма») писали в своих книгах С. Столяров («Новейшие русские новеллисты. Гаршин. Короленко. Чехов. Горький». Киев, 1901, стр. 53–57), Вс. Чешихин («Современное общество в произведениях Боборыкина и Чехова». Одесса, 1899, стр. 43). О разоблачении несостоятельности квиетизма (хотя и с оговоркой, что это — не основная идея повести) писал Альбов («Два момента в развитии творчества Антона Павловича Чехова. Критический очерк». — «Мир божий», 1903, № 1, стр. 93). О холодности, отсутствии определенного авторского отношения писал в большой статье, посвященной Чехову, Е. А. Ляцкий («А. П. Чехов и его рассказы. Этюд». — «Вестник Европы», 1904, № 1, стр. 133). Отголосками рассуждений Волынского выглядят утверждения Г. Качереца: «Он смотрит на людей, рвущихся к идеалу <…> как на больных душою» (Г. Качерец. Чехов. Опыт. М., 1902, стр. 71).