В Риме же Чехов начал исправлять корректуру. Один из его спутников вспоминал позднее об этом дне: «Я видел его после ряда часов, проведенных за корректурой „Трех сестер“. Он был не в духе, находил пропасть недостатков в своей пьесе и клялся, что больше для театра писать не будет» (Максим Ковалевский. Об А. П. Чехове. — «Биржевые ведомости», 1915, 2 ноября, № 15185; Чехов в воспоминаниях, стр. 452).
Вскоре Чехов прибыл в Одессу и сообщил корреспонденту одной из газет о своем намерении публиковать пьесу после исправления корректуры в мартовской книжке: «В настоящее время А. П. Чехов лично держит корректуру своей новой пьесы „Три сестры“, которая недавно впервые шла в „Художественном“ театре в Москве. Пьеса будет напечатана в мартовской книжке „Русской мысли“» («Одесский листок», 1901, 13 февраля, № 40).
Однако редакция журнала не захотела откладывать печатание пьесы и поместила ее в февральской книжке — до получения от Чехова исправленного текста. Когда же он обратился за разъяснениями к находившемуся в Ялте Лаврову, тот всю вину возложил на Немировича-Данченко. По этому поводу Чехов писал Книппер 22 февраля: «„Русская мысль“ напечатала „Трех сестер“ без моей корректуры, и Лавров-редактор в свое оправдание говорит, что Немирович „исправил“ пьесу…»
У Чехова были серьезные основания для недовольства: текст «Русской мысли» сильно отличался от оригинала, переданного им в театр. Лавров получил от Немировича-Данченко не подлинную рукопись пьесы и даже не копию с нее, а копию с одного из театральных рабочих экземпляров. В результате неоднократного копирования пьесы и последовательного наслоения в тексте ошибок в журнальную публикацию проникло около двухсот искажений, не считая пунктуационных.
Самый ранний слой искажений перешел в печатную публикацию из первоначальной театральной копии (ныне утраченной), к которой восходят тексты всех сохранившихся рабочих театральных экземпляров. Эта первоначальная копия была составлена на основе автографа переработанной редакции (А), однако готовилась она только для пользования внутри театра, поэтому копиист не стремился к абсолютно точной передаче авторского текста, а ремарками и пунктуацией часто вообще пренебрегал (все вставки и дополнения делались в театральных экземплярах пьесы помощником режиссера и артистом Художественного театра И. А. Тихомировым).
Текст I и II актов копировался им непосредственно с автографа. Поэтому искажения здесь по преимуществу «глазные», идущие от невнимательного чтения текста. Так, вместо слов: «больше хочется знать» копиист написал: «больше хочу жить», вместо «болен ребеночек» — «болен ребенок», вместо ремарки: «Целуется с Роде» — «Целует и Роде». Из-за того, что перенос на новую строку у Чехова не обозначался дефисом, фраза: «Видите, мои волосы седеют» (перенос приходился в автографе на слово: «Ви-дите») была представлена копиистом в искаженном виде: «Все, даже мои волосы седеют», и т. д.
Текст III и IV актов, присланных Чеховым позднее, уже из Ниццы, передан с гораздо более значительными искажениями, так как Тихомиров в спешке ограничился перенесением из автографа далеко не всех, а только наиболее существенных авторских исправлений и вносил их прямо в старый неправленый машинописный экземпляр первоначальной редакции (экз. Ценз.), который с этого момента, так получилось, стал главным источником текста III и IV актов.
Естественно, что во всех случаях недосмотра копииста в этом источнике выступала старая основа текста — первоначальные, отброшенные Чеховым варианты, перешедшие, однако, в текст пьесы всех последующих театральных экземпляров, ее журнальную публикацию и в большой мере сохранившиеся даже в окончательном печатном тексте. Например, приведенную в автографе фразу: «для чего же нам еще эта старуха?» Тихомиров оставил в том виде, как она шла в машинописном экземпляре ранней редакции: «для чего же нам вот эта старуха?», то есть игнорировал сделанное Чеховым исправление. Вместо имевшихся в автографе, уже исправленных Чеховым слов: «как говорится» — в тексте все же остались первоначальные, забракованные им: «как говорят». Вместо: «Васильич» — осталось: «Васильевич», вместо: «Романыч» — «Романович». В речи персонажей остались от ранней редакции союзы «что», хотя Чехов, следуя своим художественно-эстетическим установкам, исключал их при переработке пьесы и, давая советы начинающему драматургу, говорил по поводу их употребления: «Есть лишние слова, не идущие к пьесе, например, „ведь ты знаешь, что купить здесь нельзя“. В пьесах надо осторожнее с этим что» (А. М. Федорову, 3 ноября 1901 г.).