Новые искажения проникли в текст пьесы при изготовлении копии, составленной под наблюдением Немировича-Данченко в театре специально для «Русской мысли». Хотя наборный экземпляр пьесы не сохранился, но сопоставление дубликата изготовленной копии (рабочий театральный экземпляр — Музей МХТ, № 142) с другими, более ранними театральными экземплярами (№№ 141 и 8832), позволяет выявить тот слой искажений, который появился в тексте именно на этом этапе. Так, фраза: «я помню там все», сохранявшаяся в неизменном виде и в экземпляре первоначальной редакции, и в переработанном тексте автографа, была изменена в журнальной копии: «я помню так все». Другая фраза: «И тогда также били часы» тоже подверглась искажению здесь: «И тогда тоже били часы». Ремарка: «Стук в пол из нижнего этажа» была переделана в журнальной копии на: «Стучат в пол из нижнего этажа». Слова «Пришло время» прочитаны как «Прошло время», и т. д.
Наконец, уже в процессе печатания пьесы в «Русской мысли», при редактировании текста и просмотре корректур (видимо, с участием Немировича-Данченко и Лаврова), добавился еще один слой разночтений. Перечень действующих лиц, то есть «афишка», которую Чехов просил выслать для просмотра, но так и не получил от Лаврова, был напечатан в журнале небрежно — с пропусками и ошибками. Фраза Ольги в первой же реплике: «ты уже в белом», так читавшаяся и в первоначальной редакции пьесы (текст Ценз.-1,2), оставленная Чеховым без изменений и в переработанной редакции (текст А — см. фото на стр. 121), сохраненная в том же виде во всех театральных экземплярах, в «Русской мысли» была напечатана в подправленной редакции: «ты уже в белом платье». Фраза Кулыгина из I акта («Наш директор говорит»), сообщенная Чеховым дополнительно в письме к Вишневскому, помещена не на то место и воспроизведена неточно: «Так говорит наш директор». Большая ремарка к началу IV акта дана с искажениями и с выпуском нескольких фраз. В другой ремарке вместо: «Причесывает бороду» — напечатано: «Почесывает бороду». Слова: «убирает около своего столика» совсем опущены. Авторская ремарка: «В зале садятся завтракать; в гостиной ни души» — воспроизведена ошибочно как реплика Наташи. В финале пьесы исключена не только та часть ремарки, где говорилось о проносе тела убитого барона, на что Чехов дал свое согласие, но и последующий текст, а также заключительные реплики Чебутыкина и Ольги, и т. д.
Таким образом, текст «Русской мысли», содержащий множество отклонений от белового автографа, с которого пьеса, собственно, и должна была набираться, напечатанный без участия Чехова по сомнительной копии с дефектного театрального экземпляра и без авторской корректуры, не может рассматриваться как достоверный источник текста. Поэтому в вариантах разночтения текста «Русской мысли» отдельно не приводятся.
Однако именно этот испорченный текст «Русской мысли» послужил основой для последующих публикаций. Чехов задумал немедленно выпустить пьесу отдельным изданием в исправленном виде, не дожидаясь выхода нового издания VII-го тома сочинений («Пьесы»), куда А. Ф. Маркс еще ранее предлагал ему включить «Трех сестер» (см. письмо Ю. О. Грюнберга от 8 сентября 1900 г. и ответ Чехова от 13 сентября). 6 марта 1901 г. Маркс уведомил Чехова о полученном от него «корректурном оригинале» пьесы (ГБЛ). Без сомнения, это была та самая корректура, которую Чехов начал выправлять для «Русской мысли» и оставил у себя (так как журнал напечатал пьесу раньше, без авторской правки), а теперь, не располагая автографом, использовал в качестве оригинала.
Гранки отдельного издания пьесы были посланы Чехову 20 марта и получены от него обратно 4 апреля 1901 г. На следующий день выдано цензурное разрешение на издание. 17 апреля Маркс благодарил Чехова за «скорую присылку» второй корректуры и сообщал, что «пьеса уже сдана в печать» (ГБЛ). 15 мая он выслал ему несколько экземпляров пьесы, «только что вышедшей из печати» (там же).
В тексте отдельного издания Чехов устранил более пятидесяти искажений, замеченных им в публикации «Русской мысли». В то же время была продолжена авторская работа над пьесой: по всему тексту пьесы внесено несколько десятков небольших изменений.
В роли Чебутыкина в разных местах были добавлены фразы, выражающие его житейскую «мудрость»: «Э, матушка, да не все ли равно!», «Впрочем, все равно!», «Все равно!», «Решительно все равно». В сцене появления Соленого в III акте введена ремарка: «Вынимает флакон с духами и прыскается». К его фразам, что он «немножко похож на Лермонтова» и у него «характер Лермонтова», добавлены слова: «как говорят», подчеркнувшие субъективную пристрастность его высказываний. Небольшой финальный монолог Ирины дополнен фразой: «все узнают, зачем всё это, для чего эти страдания» — мотив, развитый более широко в шедшем следом за этим монологе Ольги, и т. д.