Но уже 27 мая 1606 года в Москве вспыхнул открытый бунт против Лжедмитрия. О бунте молодых предупредил Басманов и предложил им спасаться. Разъяренная толпа была уже во дворце, и бежать царице не удалось. Она спряталась в комнате, служившей спальней для женщин ее свиты. Казановская – гофмейстерина Марины Мнишек – сказала ворвавшимся в покои людям, что царицы нет, так как она еще утром отбыла к отцу. Из покоев толпу прогнали подоспевшие бояре, а для охраны царицы поставили стражу, которая вскоре стала охранять ее уже как пленницу. Правда, содержали ее под стражей достаточно пристойно.
После воцарения Шуйского ее вернули отцу. Она держалась бодро, не пала духом и говорила своему окружению, начинающему было ее утешать: «Избавьте меня от ваших безвременных утешений и слез малодушных. Признанная однажды за царицу сего государства, никогда не перестану быть ей».
26 августа Марина с отцом по царскому повелению были отправлены на жительство в Ярославль, куда за ними последовало 375 поляков, включая всех придворных дам и фрейлин Марины. Здесь им было суждено прожить около двух лет. Шуйский – как и сама Марина, и ее отец – помнил, что она – венчанная московская царица. Поэтому с ними было велено обращаться «помягче».
Обстановка позволяла им не только жить более-менее сносно, но и плести интриги против Шуйского, главной задачей которых было убедить всех, что Лжедмитрий жив и что он пока скрывается, выжидая подходящего момента до вступления в борьбу со своими недругами.
Вскоре Лжедмитрий «объявился» в Самборе, о чем отец радостно сообщает Марине, «позабыв» ей сказать поначалу, что речь уже идет не о ее муже. Марина тем более охотно поверила, что ее нареченный жив, потому что слухов о его чудесном спасении ходило немало. Понемногу Юрий начинает открывать глаза дочери на действительное положение дел. Марина прекрасно понимала, чем ей лично грозит раскрытие обмана. Понимала, что ей придется делить не только трон, но и ложе с ловким авантюристом.
Заключенный на четыре года мир Шуйского с поляками позволил Юрию и Марине вернуться на родину. Но вместо Польши они оказались (по собственному желанию) в лагере Лжедмитрия II, прозванного в дальнейшем Тушинским вором.
Этот Лжедмитрий II, жизнь которого будет тесно связана с жизнью Марины, был фигурой весьма колоритной, человеком «грубых и дурных нравов». Но он, без сомнения, был также весьма талантливым человеком, имевшим немалые шансы на престол (недаром к нему переметнулся и Филарет, отец будущего царя Михаила Романова, и именно в Тушино его возведут в патриархи), и именно поэтому Мнишеки решили поставить на него.
Марина ждала встречи. Сначала Юрий съездил к Тушинскому вору и приехал оттуда довольный – он «опознал» зятя, а тот пообещал ему щедрые награды, когда утвердится на троне. Затем последовал приезд «супруга» к Марине. Та была шокирована – перед ней был человек «обличьем слуга, волосом черен, нос покляп, ус не мал, брови велики нависли», а из его слов, весьма откровенных, из всей манеры поведения чувствовалось, что по натуре он жесток, коварен, развратен.
В первые же дни Марина тайно обвенчалась с Самозванцем в Тушино, хотя как супруга она была нужна ему в последнюю очередь, в первую же – как живое и вернейшее подтверждение его законных притязаний на престол. Супруги обо всем договорились, и далее последовала хорошо разыгранная пьеса торжественного въезда Марины в тушинский лагерь. В честь царицы гремели орудия, Марина же «лицедействовала столь искусно, что зрители умилялись ее нежностью к супругу: радостные слезы, объятия, слова, внушенные, казалось, истинным чувством – все было употреблено для обмана». «Политическое приданое» Лжедмитрий начал получать с Марины очень скоро – число беглецов из Москвы резко возросло, причем здесь теперь стали появляться и представители лучших московских фамилий, и крупные чиновники Шуйского. Но тушинский лагерь, да и сам Лжедмитрий II, находились практически полностью в руках поляков.
Начальник крупного отряда поляков Ян Петр Сапега действовал исключительно по своему разумению. Командующий польскими отрядами в Тушино князь Ружинский считался с самозванцем еще меньше.
Жизнь в Тушино для Марины была трудна. Первые месяцы она, как и сам Лжедмитрий, жила в палатках, и только с наступлением холодов царю с царицей и воеводе построили «квартиры». Так дочь воеводы, выросшая в роскоши, царица, пожившая в Кремле, была вынуждена ютиться в нескольких комнатах избы. Правда, с припасами было все в порядке. Местности, признавшие Лжедмитрия, обеспечивали его войско провизией.