Заметим, что Кондорканки ранее отправил испанскому королю Карлу III предложение об управлении Перу, надеясь прийти к соглашению без насилия и на взаимовыгодных условиях. Он писал: «Имею представить Вашему Величеству мое назначение и обязуюсь платить столько же, сколько должна платить эта шайка воров в королевстве, и пусть Ваша Милость будет уверена, что я буду соблюдать мир и спокойствие, Богу будет отдаваться должное поклонение и не будет многочисленных божков – коррехидоров и министров, которые, прикрываясь Вашим именем, наносят большой вред несчастным. Вот чего я добиваюсь, и это мой долг, как последнего потомка последнего правителя Перу и его наследников».
Последующие воззвания и распоряжения Кондорканки подписывал так: «Дон Хосе Габриэль Тупак Амару, индеец королевской крови инков и главного рода, Инка». Его многочисленные манифесты и обращения, размножавшиеся специальным штатом секретарей и писарей и доходившие до самых глухих уголков сьерры, имели цель сделать максимально понятным для всех слоев населения страны задачи начатого им движения.
К 19 ноября 1780 года повстанцы Тупака Амару II овладели родной провинцией предводителя, заняли ряд городов, взяли королевскую казну и склады. В районах, охваченных восстанием, от имени короля отменялись наиболее жесткие порядки и непомерные налоги, проводились казни королевских чиновников. А в селении Сангарара повстанцы полностью разгромили полуторатысячный карательный отряд, высланный из Куско. Эта победа вдохновила восставших, а известие о первой победе привело на сторону повстанцев еще 8 провинций.
Испанская знать и королевские чиновники стали в панике покидать города, оставляя не только имущество, но и документацию. Тупак Амару II, занимая города и селения, уничтожал все, особенно налоговые, документы и вместо бежавшей королевской назначал индейскую администрацию.
Восстание ширилось, армия Тупака Амару достигла 90 тысяч человек, на его сторону переходило все большее число округов. Цитадель колониальной Сьерры Куско готовилась к обороне. Колониальные власти боялись, что вице-королевство Перу может прекратить свое существование.
В конце декабря Тупак Амару осадил Куско. Он обратился к властям с предложением сдать город без боя, вероятно, не желая подвергать разрушению древнюю столицу инков. Однако испанцы сумели к тому времени организовать оборону, и штурм не удался. После двух недель боев повстанцы, численность которых более чем в три раза превышала количество осажденных, неожиданно сняли осаду и ушли в провинцию Тинта. Очевидно, Тупак Амару полагал вновь вернуться к осаде Куско, использовав временное отступление как передышку для накопления сил.
В Лиме ускоренными темпами шла подготовка к войне с Тупаком Амару. Вице-король Хуареги опубликовал указ, по которому Тупак Амару лишался титула касика. Он объявлялся «мятежником, который обманным путем привлек на свою сторону людей», и за его голову была объявлена большая награда. Вице-король обещал прощение всем, кто немедленно покинет лагерь повстанцев. Он также отменил наиболее ненавистные индейцам повинности, в частности репарто – насильственное распределение ненужных товаров. Епископ Москосо призвал всех священников собирать оружие и деньги на войну с повстанцами. Он предал анафеме и отлучил от церкви всех, кто поддерживал мятежника. Против Тупака Амару активно выступил знатный индеец Матео Пумакауа, а также некоторые влиятельные соотечественники. Они помогали испанцам людьми и средствами.
Вскоре в Куско прибыло долгожданное подкрепление, и испанские войска перешли в наступление. В феврале 1781 года отряды повстанцев были вынуждены оставить районы, прикрывавшие Куско с запада, севера и востока, стратегически важную крепость Паукартамбо и мост через реку Апуримак, по которому проходила связь с побережьем. Положение повстанцев еще более ухудшилось, когда к испанским войскам подошла 16-тысячная карательная армия во главе с фельдмаршалом Хосе дель Валье. Тупак Амару все больше терял инициативу, и повстанцы потерпели ряд сокрушительных поражений. Вся провинция Тинта была окружена королевскими войсками. После ожесточенных сражений сопротивление повстанцев было подавлено. Тупак Амару в результате предательства попал в плен. Он сам, его родственники и ближайшие соратники были выданы теми, кто надеялся получить прощение за участие в восстании.
Расправа с индейцами была жестокой: 67 сторонников Тупака Амару были повешены, а их отрубленные головы выставлены вдоль дорог, ведущих в Тинту.